Advantesedit
da TopHat først kom ud, var det hurtigere end tidligere systemer. Det kortlagt mere end 2.2 millioner læser pr CPU time. Denne hastighed tillod brugeren at behandle og hele RNA-sek eksperiment på mindre end en dag, selv på en standard stationær computer. Tophat bruger Butterfly i starten til at analysere læsningerne, men gør derefter mere for at analysere de læsninger, der spænder over ekson-ekson-kryds. Hvis du bruger TopHat til RNA-Sekv-data, får du mere læst justeret mod referencegenomet.
en anden fordel for TopHat er, at den ikke behøver at stole på kendte splejsningssteder, når den tilpasser læsninger til et referencegenom.
Ufordelesedit
TopHat er i en lav vedligeholdelse, lav support fase, og indeholder fejl, der har affødt 3.parts efterbehandling program til at rette. Det er blevet erstattet af HISAT2, som er mere effektiv og præcis og giver den samme kernefunktionalitet (splejset justering af RNA-sek læser).
nyere protokoller er mere effektive nu sammenlignet med TopHat som manchetknapper, stjerne og limma.
