Morgan war Ginsbergs persönlicher Archivar und Bibliograph von Anfang der 80er Jahre bis zum Tod des Autors an Krebs im Jahr 1997. Im Laufe ihrer 20-jährigen beruflichen Beziehung kam Morgan Ginsberg sehr nahe und hat ausführlich über die Beat Generation und ihre Schlüsselfiguren geschrieben.
Bill Morgans Interesse an den Beats geht auf die frühen 1970er Jahre zurück, als er an der University of Pittsburgh zur Schule ging. Für seine Masterarbeit erstellte er eine Bibliographie der Werke von Lawrence Ferlinghetti, Dichter und Inhaber von City Lights Books, dem berühmten Buchladen in San Francisco und einem der wichtigsten Verleger der frühen Beat-Autoren, Allen voran Allen Ginsberg. Nach Abschluss seiner Dissertation wurde Morgan von den Herausgebern der University of Pittsburgh Press ermutigt, dieses Projekt im Hinblick auf eine spätere Veröffentlichung zu verfolgen. In der Tat setzte er seine Forschung fort und arbeitete eng mit Ferlinghetti als seinem persönlichen Bibliographen zusammen, und nach einem Jahrzehnt der Forschung veröffentlichte er Lawrence Ferlinghetti: Eine umfassende Bibliographie (New York: Garland Publishing, 1982).
1980 zog Morgan nach New York City. Während er noch am Ferlinghetti-Buch arbeitete, hatte ihn der Dichter aus San Francisco an Allen Ginsberg verwiesen, dessen persönliche Bibliothek und Archiv unschätzbare Informationsquellen über die Beats waren. Frühe Konsultationen mit dem Dichter entwickelten sich zu einer dauerhaften Beziehung, die von den frühen 1980er Jahren bis zu Ginsbergs Tod 1997 dauerte. Während dieser Jahre diente Morgan als Ginsbergs Archivar und Bibliograph und half dem Dichter, seine ständig wachsende Bibliothek und Aufzeichnungen zu organisieren und zu pflegen. Als Ginsbergs Bibliograph verbrachte Morgan fünfzehn Jahre damit, mit zahlreichen Verlegern, Herausgebern, Wissenschaftlern und Bibliotheksbeständen zu korrespondieren und diese zu besuchen, um ausreichende Informationen zu sammeln, um die Geschichte von Ginsbergs erstaunlichem Werk und die weltweite Aufmerksamkeit, die es auf sich gezogen hat, zu dokumentieren. Die Ergebnisse seiner Forschung erschienen in einer zweibändigen Bibliographie: The Works of Allen Ginsberg, 1941-1994: A Descriptive Bibliography und The Response to Allen Ginsberg, 1926-1994: A Bibliography of Secondary Sources (Westport, Conn.: Greenwood Press, 1995, 1997). Im Jahr 2006 veröffentlichte Morgan Ich feiere mich: Das etwas private Leben von Allen Ginsberg (New York: Viking, 2006). 2010 folgte The Typewriter Is Holy: The Complete, Uncensored History of the Beat Generation (New York, NY: Free Press, 2010).
Morgan hat auch ein halbes Dutzend anderer Werke im Zusammenhang mit dem Dichter verfasst oder herausgegeben, darunter Sammlungen von Ginsbergs Essays (Absichtliche Prosa: Ausgewählte Essays, 1952-1995, New York: HarperCollins, 2000), der letzten Gedichte des Dichters (Tod & Ruhm: Gedichte, 1993-1997; zusammen mit Bob Rosenthal und Peter Hale herausgegeben, New York: HarperFlamingo, 1999) Gregory Corsos Korrespondenz (Eine zufällige Autobiographie: Die ausgewählten Briefe von Gregory Corso, New York: New Directions, 2003). Durch City Lights in San Francisco, er hat zwei Führer veröffentlicht, Die Beat Generation in New York: Ein Spaziergang durch Jack Kerouacs Stadt (1997) und die Beat Generation in San Francisco: Eine literarische Tour (2003). Letzteres erschien während der fünfzigsten Jubiläumsfeier von City Lights, zu der Morgan auch mit einer Reihe von kostenlosen Spaziergängen durch den North Beach-Abschnitt von San Francisco beitrug, einst ein Zentrum des böhmischen Lebens in der Stadt und Heimat vieler der Beats in den 1950er und 1960er Jahren.
Im Laufe seiner jahrzehntelangen Forschung zu den Beats sammelte Morgan die vielleicht größten privaten Sammlungen von Druckwerken von und über Ferlinghetti und Ginsberg in privaten Händen. Er fand es immer schwieriger, diese beiden sehr großen und wertvollen Sammlungen in seiner New Yorker Wohnung zu erhalten, und beschloss widerwillig, sich von ihnen zu trennen. Da er wusste, dass Ferlinghetti ein UNC-Chapel Hill-Alumnus war, beschloss er im Herbst 2001, seine Sammlung des Dichters von San Francisco der University of North Carolina in den Chapel Hill Libraries anzubieten. Gespräche mit Bibliotheksbeamten führten im Dezember dieses Jahres zur Übertragung der Sammlung nach Chapel Hill, teilweise als Verkauf und teilweise als Geschenk. Mit dem Ergebnis zufrieden, Morgan bot dann ein ähnliches Arrangement für seine noch umfangreichere Allen Ginsberg-Sammlung an. Die Materialien wurden im August 2002 an die Rare Book Collection in der Wilson Library geliefert.