Ernest Renan wuchs in der mystischen, katholischen französischen Provinz Bretagne auf, wo keltische Mythen in Verbindung mit dem tief erfahrenen Katholizismus seiner Mutter dieses sensible Kind glauben ließen, er sei für das Priestertum bestimmt. Er wurde an der kirchlichen Hochschule in Tréguier erzogen, Abschluss im Jahre 1838, und ging dann nach Paris, wo er auf den üblichen theologischen Studien in St-Nicolas-du-Chardonnet und in St-Sulpice durchgeführt. In seinen Erinnerungen an Kindheit und Jugend (1883) erzählte er von der spirituellen Krise, die er durchmachte, als sein wachsendes Interesse an wissenschaftlichen Studien der Bibel schließlich die Orthodoxie inakzeptabel machte; Er wurde bald für die neue „Religion der Wissenschaft“ gewonnen, eine Bekehrung, die durch seine Freundschaft mit dem Chemiker PEM Berthelot gefördert wurde.
Renan verließ das Seminar und promovierte in Philosophie. Zu dieser Zeit (1848) schrieb er Die Zukunft der Wissenschaft, veröffentlichte sie aber erst 1890. In dieser Arbeit bekräftigte er den Glauben an die Wunder, die durch eine Wissenschaft hervorgebracht werden sollten, die noch nicht verwirklicht war, von der er aber sicher war, dass sie kommen würde.
Archäologische Expeditionen in den Nahen Osten und weitere semitische Studien führten Renan zu einem Konzept der Religionswissenschaft, das später als vergleichende Religion bekannt wurde. Seine anthropomorphe Sichtweise wurde erstmals in seinem Leben Jesu (1863) veröffentlicht, in dem er Christus als historisches Phänomen mit historischen Wurzeln darstellte und eine rationale, nichtmystische Erklärung benötigte. Mit seiner charakteristischen Geschmeidigkeit des Intellekts schrieb dieser zutiefst fromme Agnostiker ein zutiefst irreligiöses Werk, das ihm seine Professur in der dominant katholischen Atmosphäre des Zweiten Reiches in Frankreich verlor.
Das Leben Jesu war der Eröffnungsband von Renans Geschichte der Ursprünge des Christentums (1863-1883), seinem einflussreichsten Werk. Seine grundlegende These war, dass alle Religionen wahr und gut sind, denn alle verkörpern die edelsten Bestrebungen des Menschen: Er lud jeden Menschen ein, diese Wahrheiten auf seine eigene Weise auszudrücken. Für viele machte eine Lektüre dieses Werkes die Religion zum ersten Mal zur lebendigen Wahrheit; für andere machte es religiöse Überzeugung unmöglich.
Die Niederlage Frankreichs im Deutsch-Französischen Krieg von 1870-1871 war für Renan wie für viele Franzosen eine zutiefst ernüchternde Erfahrung. Wenn Deutschland, das er verehrte, Frankreich, das er liebte, dies antun könnte, wo läge Güte, Schönheit oder Wahrheit? Er wurde zutiefst skeptisch, aber mit schmerzhafter Ehrlichkeit weigerte er sich zu leugnen, was vor ihm zu liegen schien, stattdessen averring, dass „die Wahrheit vielleicht traurig ist.“ Er blieb dem Christentum sympathisch und drückte es vielleicht am bewegendsten in seinem Gebet auf der Akropolis von Athen (1876) aus, in dem er seinen bleibenden Glauben an das griechische Leben des Geistes bekräftigte, aber gestand, dass er unvermeidlich eine größere Welt war, mit Sorgen, die der Göttin Athene unbekannt waren; Daher konnte er niemals ein wahrer Sohn Griechenlands sein, genauso wenig wie jeder andere moderne.