Eines der grundlegendsten ethischen Prinzipien beim Experimentieren am Menschen ist, dass der Experimentator die Teilnehmer des Experiments keinem Verfahren aussetzen sollte, das sie nicht selbst durchführen würden. Diese Idee wurde erstmals 1947 im Nürnberger Kodex kodifiziert, der ein Ergebnis der Prozesse gegen NS-Ärzte bei den Nürnberger Prozessen war, denen vorgeworfen wurde, Opfer in wertlosen Experimenten ermordet und gefoltert zu haben. Mehrere dieser Ärzte wurden gehängt. Punkt fünf des Nürnberger Kodex schreibt vor, dass kein Experiment durchgeführt werden darf, das für die Probanden gefährlich ist, es sei denn, die Experimentatoren selbst nehmen ebenfalls teil. Der Nürnberger Kodex hat die Praxisregeln für medizinische Experimente auf der ganzen Welt beeinflusst, ebenso wie die Aufdeckung von Experimenten, die seitdem nicht mehr befolgt wurden, wie das berüchtigte Tuskegee Syphilis Experiment.
Ein weiteres ethisches Prinzip ist, dass Freiwillige einen gewissen Nutzen aus der Forschung ziehen müssen, auch wenn dies nur eine entfernte zukünftige Behandlungsmöglichkeit für eine Krankheit ist, an der sie nur eine geringe Chance haben. Tests an experimentellen Medikamenten werden manchmal an Patienten mit einer unbehandelbaren Erkrankung durchgeführt. Wenn der Forscher diese Bedingung nicht hat, kann es für ihn persönlich keinen möglichen Nutzen geben. Zum Beispiel sagte Ronald C. Desrosiers als Antwort darauf, warum er keinen AIDS-Impfstoff getestet habe, den er an sich selbst entwickelte, dass er kein AIDS-Risiko habe und daher unmöglich davon profitieren könne.
Ein wichtiges Element der Aufsicht einer Ethikkommission besteht darin, sicherzustellen, dass die Einwilligung der Probanden nach Aufklärung erteilt wurde. Informierte Zustimmung ist das Prinzip, dass die Freiwilligen im Experiment das Verfahren, das stattfinden wird, vollständig verstehen, sich aller damit verbundenen Risiken bewusst sein und ihre Zustimmung zur Teilnahme am Experiment im Voraus geben sollten. Das Prinzip der Einverständniserklärung wurde erstmals 1901 bei der Erforschung des Gelbfiebers in Kuba durch die US-Armee eingeführt. Zu diesem Zeitpunkt gab es jedoch keine allgemeine oder offizielle Anleitung. Das blieb der Fall, bis das Gelbfieberprogramm in der Ausarbeitung des Nürnberger Kodex erwähnt wurde. Dies wurde in der Erklärung von Helsinki 1964 von der Weltärztekammer weiterentwickelt, die seitdem die Grundlage für die Richtlinien der Ethikkommissionen bildet.
Die Einberufung von Ethikkommissionen zur Genehmigung des Forschungsprotokolls in Humanversuchen wurde erstmals in der ersten Revision der Erklärung von Helsinki (Helsinki II, 1975) in internationale Richtlinien geschrieben. Eine Kontroverse entstand über die vierte Revision (1996) zu Placebo-Studien in Entwicklungsländern. Es wurde behauptet, dass US-Versuche mit dem Anti-HIV-Medikament Zidovudin in Indien gegen diese Anforderung verstießen. Dies führte dazu, dass die US-amerikanische Food and Drug Administration die Aufnahme neuer Revisionen von Helsinki einstellte und stattdessen auf die Revision von 1989 verwies.
Ethikkommissionen werden auch in den Internationalen Ethikrichtlinien für biomedizinische Forschung am Menschen gefordert, die vom Rat für internationale Organisationen der medizinischen Wissenschaften (CIOMS), einem von der Weltgesundheitsorganisation eingerichteten Gremium, erstellt wurden. Die CIOMS-Richtlinien, die erstmals 1993 veröffentlicht wurden, haben keine Rechtskraft, waren jedoch einflussreich bei der Ausarbeitung nationaler Vorschriften für Ethikkommissionen. Die COIMS-Richtlinien konzentrieren sich auf die Praxis in Entwicklungsländern.