Das Eugene Science Center wurde 1961 als Southwest Oregon Museum of Science and Industry (SWOMSI) gegründet. SWOMSI erhielt erste Unterstützung von seiner Mutterorganisation, Oregon Museum of Science and Industry (OMSI) von Portland, wurde aber bald darauf ein unabhängiges Museum mit einem Verwaltungsrat, der sich hauptsächlich aus lokalen Pädagogen zusammensetzte.
SWOMSI besetzte zuerst die Oregon Electric Railway Station, derzeit das Oregon Electric Station Restaurant, an der 5th Avenue und Willamette Street. Während seiner frühen Jahre in der Oregon Electric Railway Station, SWOMSI bot Exponate und Kurse an und veranstaltete Planetariumsshows im Spitz Planetarium, eine von OMSI betriebene Einrichtung.
1973, als der Bahnhof unzureichend war und sich das Spitz Planetarium dem Ende seiner Nutzungsdauer näherte, wandte sich der Verwaltungsrat von SWOMSI an die Lane County Commissioners, um um Platz im neu geschaffenen Alton Baker Park zu bitten. Nach einer Pause von OMSI wurde SWOMSI zum Willamette Science and Technology Center (WISTEC). Die Hauptfinanzierung für das neue Museum wurde von der Economic Development Administration erhalten, und jedes der Mitglieder des Konsortiums (Lane Community College, Lane Education Service District, University of Oregon und WISTEC) trug finanziell und durch Sachleistungen wesentlich zum Projekt bei. Zu dieser Zeit wurde die Oregon Electric Railway Station verkauft und WISTEC-Mittel in Höhe von 50.000 US-Dollar in den Bau des heutigen Gebäudes im Alton Baker Park gesteckt.
1978-79 wurde das WISTEC-Gebäude und das neue Planetarium errichtet. Als die Stadt Eugene Mitte der 1980er Jahre die Kontrolle über den größten Teil des Alton Baker Parks übernahm, übernahm sie auch das WISTEC-Gebäude. WISTEC wurde 1980 am heutigen Standort eröffnet. Das Planetarium war damals funktional und finanziell vom Museum getrennt. Das Planetarium wurde schließlich in die alleinige Verantwortung des Lane Education Service District und wurde im Dezember 2002 nach einer Finanzierungskrise geschlossen. Im Januar 2002 änderte WISTEC seinen Namen in Science Factory und mit der Übertragung des Planetariums in den Besitz der Science Factory im Jahr 2003 wurde es zum Science Factory Children’s Museum & Planetarium. Der Name kehrte 2016 in Science Factory zurück und wurde im Januar 2018 offiziell in Eugene Science Center geändert.