microRNA.org webseite
Kategorie Cross-Omics>Wissensbasen/Datenbanken/Tools
Zusammenfassung Der microRNA.org die Website ist eine umfassende Ressource (Datenbank) für microRNA-Zielvorhersagen und Expressionsprofile.
Zielvorhersagen basieren auf einer Entwicklung des miRanda-Algorithmus, der aktuelles biologisches Wissen über Zielregeln und die Verwendung eines aktuellen Kompendiums von Säugetier-microRNAs einbezieht (siehe unten…).
Die von miRanda vorhergesagten Zielstellen werden mit mirSVR, einem Regressionsmodell, das auf Sequenz- und Kontextmerkmalen des vorhergesagten miRNA :: mRNA-Duplex trainiert wird, auf die Wahrscheinlichkeit einer mRNA-Herunterregulierung bewertet (siehe unten…)
Expressionsprofile werden aus einem umfassenden Sequenzierungsprojekt eines großen Satzes von Säugetiergeweben und Zelllinien normalen und Krankheitsursprungs abgeleitet.
Auf dieser Website können Benutzer Folgendes erkunden:
1) Der Satz von Genen, die möglicherweise von einer bestimmten microRNA reguliert werden.
2) Das gleichzeitige Auftreten von vorhergesagten Zielstellen für mehrere microRNAs in einer mRNA.
3) microRNA-Expressionsprofile in verschiedenen Säugetiergeweben.
Neue Version des miRanda-Zielvorhersagealgorithmus —
Zielvorhersagen werden unter Verwendung des miRanda-Algorithmus durchgeführt, der eine optimale Sequenzkomplementarität zwischen einem Satz reifer microRNAs und einer gegebenen mRNA unter Verwendung eines gewichteten dynamischen Programmieralgorithmus berechnet.
Weitere Detailinformationen zur Zielvorhersage (en) finden Sie in der Veröffentlichung: The microRNA.org ressource: Ziele und Ausdruck. Betel D, Wilson M, Gabow A, Marks DS, Sander C., Nukleinsäuren Res. 2008 Jan; 36 (Datenbank-Ausgabe): D149-53.
Es gab einige kleinere Korrekturen und Vereinfachungen am miRanda-Quellcode. Zu den Änderungen gehören:
1) Standardbefehlszeilenargumente geändert in -sc 140 -go -9 -ge -4 -en 1 (keine Energiefilterung);
2) Begrenzung der UTR-Länge entfernt;
3) Überlappungsfilterung der vorhergesagten Zielstellen verschärft; erfordert Überlappung in der Seed-Region zum Filtern; und
4) Offsets in den Ausgabezeilen „score for this scan“ und -keyval korrigiert.
Vorhersage von Zielwebsites durch miRanda —
Aufgrund der flexibleren Filterung der vorhergesagten Zielwebsites durch die Website-Oberfläche haben die Hersteller einen Ausrichtungs-Score-Schwellenwert von 120 anstelle des vorherigen Schwellenwerts von 140 verwendet.
Standardmäßig filtert die Website-Oberfläche viele dieser Websites mit niedrigerer Bewertung heraus, aber Sie haben mehrere Kriterien, die angepasst werden können, damit Sie sie anzeigen können.
Bewertung der vorhergesagten Zielorte durch mirSVR —
Details zur mirSVR-Bewertungsmethode finden Sie im Papier: Eine umfassende Modellierung von microRNA-Targets prognostiziert funktionelle, nicht konservierte und nicht kanonische Standorte. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genombiologie 2010 11: R90.
Kurz gesagt, mirSVR ist ein ‚Regressionsmodell‘, das eine gewichtete Summe einer Anzahl von Sequenz- und Kontextmerkmalen des vorhergesagten miRNA :: mRNA-Duplex berechnet. Die Merkmale sind im Großen und Ganzen in drei (3) Typen unterteilt:
1) Duplexmerkmale, die die Basenpaarung im Seed-Bereich und das 3′-Ende der miRNA umfassen;
2) Sequenzmerkmale, die eine A / U-Zusammensetzung in der Nähe der Zielstellen und die Zugänglichkeit der Sekundärstruktur umfassen; und
3) Globale Merkmale wie Länge der UTR, relative Position der Zielstelle in der UTR und Erhaltungsbewertung.
mirSVR Down-Regulation Scores sind kalibriert, um linear mit dem Ausmaß der Down-Regulation zu korrelieren und somit eine genaue Bewertung von Genen mit mehreren Zielstellen durch einfache Addition der einzelnen Zielwerte zu ermöglichen.
Darüber hinaus können die Scores als empirische Wahrscheinlichkeit einer Herunterregulierung interpretiert werden, die eine aussagekräftige Anleitung für die Auswahl eines Score-Cutoffs bietet.
Darüber hinaus ermöglicht der zusammengesetzte Ansatz von miRanda-generierten Alignments und mirSVR-Scores die vernünftige Vorhersage von nicht-kanonischen Sites (solche mit Mismatch oder GU-Wobble in der Seed-Region), ohne die Anzahl der falschen Vorhersagen aufzublähen.
Die Veröffentlichung von August 2010 microRNA.org enthält alle Ziel-Site-Vorhersagen, die entweder eine 6-mer oder bessere Seed-Site oder einen mirSVR-Score = -0,1 haben.
MirSVR berücksichtigt die Erhaltung bei der Berechnung eines Scores, sodass es keinen vordefinierten Grenzwert mehr für das Filtern von Zielseiten gibt.
Benutzer können jedoch die Anzeige der Schnittstelle einschränken, indem sie die Konservierung als Kriterium verwenden. Die Bestimmung des Erhaltungswerts für vorhergesagte Zielstandorte ist jetzt empfindlich für Standorte, die Intronübergänge überspannen.
Die Veröffentlichung von August 2010 microRNA.org enthält:
1) 16,228,619 vorhergesagte microRNA-Zielstellen in 34.911 verschiedenen 3’UTR aus Isoformen von 19.898 menschlichen Genen.
2) 7.459.149 vorhergesagte microRNA-Zielstellen in 28.287 verschiedenen 3’UTR aus Isoformen von 19.231 Mausgenen.
3) 586.068 vorhergesagte microRNA-Zielstellen in 6.865 verschiedenen 3’UTR aus Isoformen von 6.256 Rattengenen.
4) 345.671 vorhergesagte microRNA-Zielstellen in 12.285 verschiedenen 3’UTR aus Isoformen von 10.532 Fruchtfliegengenen.
5) 230.901 vorhergesagte microRNA-Zielstellen in 12.228 verschiedenen 3’UTR aus Isoformen von 10.124 Nematodengenen.
6) Zielstellen für 1.100 menschliche microRNAs.
7) Zielstellen für 717 Maus-microRNAs.
8) Zielstellen für 387 Ratten-microRNAs.
9) Zielstellen für 186 Fruchtfliegen-microRNAs.
10) Zielstellen für 233 Nematodenmikrornas.
Hinweis: Die microRNA-Zielvorhersagen und Expressionsdaten sind als tabulatorgetrennte Dateien verfügbar. Siehe die Registerkarte Downloads auf der microRNA.org webseite.
Systemvoraussetzungen
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Hersteller
- Computational Biology Center (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Krebszentrum
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 USA
- Tel: +1 646 888 2602 oder +1 646 888 2606
- Faxnummer: +1 646 422 0717 1275
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G6G Artikelnummer 20748
G6G Herstellernummer 104331