Vor der Staatlichkeit organisierten sich Baptistengemeinden in der Nähe von Natchez im September 1807 in einer Vereinigung in der Bethel Church auf Bayou Sara, obwohl sich im Vorjahr in der Salem Church sechs Kirchen zu demselben Zweck getroffen hatten. Die Mississippi Baptist Association angenommen ‚Artikel des Glaubens & Gospel order‘, und veröffentlichte ihre Verfahren in den folgenden Jahren mit vielen Hinweisen auf Thomas Mercer und David Cooper.
Eine zweite Organisation, gefolgt vom Titel der Konvention. Die erste Mississippi Baptist Convention dauerte nur fünf Jahre, vom Februar 1824, als sie sich zum ersten Mal in der Bogue Chitto Church in Pike County traf, bis 1829, nachdem sie auf so viel Widerstand gestoßen war, dass vereinbart wurde, sie 1828 aufzulösen.
Die zweite Konvention wurde am 23. und 4. Dezember 1836 gebildet. Sein erster Präsident war Ashley Vaughan (Ashley Vaughan) und sein erster korrespondierender Sscretary S. S. Lattimore (S. S. Lattimore). Lattimore war noch 1852 sein Präsident. Der entsprechende Sekretär in diesem Jahr war W. J. Denson, und der Aufnahmesekretär war J. T. Freman.
1857 gründete der Konvent eine Zeitung, The Mississippi Baptist, mit J. T. Freeman als Herausgeber.
Im selben Jahr äußerte sich der Konvent zur Abschaffung der Sklaverei und sagte, es handele sich um einen Versuch, „die sozialen, bürgerlichen und religiösen Privilegien der Sklavenbevölkerung zu beeinträchtigen“. Baptistenkirchen im Staat hatten seit einigen Jahren Segregation praktiziert. Der Konvent hatte 1938 berichtet, „dass einige wenige unserer Kirchen und einige unserer methodistischen Freunde den Plan angenommen haben, getrennte Treffen für die Schwarzen abzuhalten; und dass ein solcher Kurs allgemein mit einem erhöhten Interesse unter ihnen besucht wird“.
Frauengesellschaften gehörten zu den größten finanziellen Unterstützern des Konvents im frühen 19.Jahrhundert. 1875 erkannte die Konvention Frauenorganisationen offiziell an.