Die drei Teenager wurden wegen Mordes und Verschwörung zum Mord angeklagt. Ein Richter entschied, dass sie als Erwachsene vor Gericht gestellt werden sollten. Sie wurden sechs Monate lang inhaftiert, als die Staatsanwälte sich darauf vorbereiteten, sie vor Gericht zu stellen. Als Treadways Prozess jedoch im Januar 1999 beginnen sollte, fanden verspätete DNA-Tests drei Tropfen Stephanies Blut auf einem Hemd von Tuite. Auf der Grundlage der neuen Beweise wurden die Anklagen gegen die Jungen unbeschadet abgewiesen (was es ermöglichen würde, die Anklagen gegen die Jungen zu einem späteren Zeitpunkt wieder aufzunehmen).
Verlegen über die Umkehrung ließen die Polizei von Escondido und der Bezirksstaatsanwalt von San Diego den Fall zwei Jahre lang ohne Anklage schmachten. Im Jahr 2001 beantragten der Bezirksstaatsanwalt und das San Diego County Sheriff’s Department, dass der Fall vom kalifornischen Justizministerium übernommen wird. Im Mai 2002 beschuldigte der Generalstaatsanwalt Tuite, Stephanie ermordet zu haben. Der Prozess begann im Februar 2004. Am ersten Tag der Auswahl der Jury, Tuite ging während der Mittagspause aus dem Gerichtssaal, nachdem er sich von Handschellen befreit hatte; er verließ das Gerichtsgebäude und stieg in einen Bus. Er wurde Stunden später gefasst. Bei der Verhandlung verband die Staatsanwaltschaft Tuite mit Stephanies Tötung, indem sie sowohl Indizien als auch physische Beweise vorlegte, einschließlich Beweise dafür, dass Stephanies Blut auf seiner Kleidung war. Tuites Verteidigungsteam argumentierte, dass die Jungen Stephanie getötet hatten und dass Stephanies Blut auf Tuites Kleidung als Folge einer Kontamination durch unvorsichtige Polizeiarbeit gefunden wurde. Am 26. Mai 2004 sprach die Jury Tuite des Mordes frei, verurteilte ihn jedoch wegen der geringeren Straftat des freiwilligen Totschlags. Die Jury stellte auch fest, dass er eine tödliche Waffe, ein Messer, benutzte. Das Gericht verurteilte Tuite zu dreizehn Jahren Gefängnis. Anschließend hatte er vier weitere Jahre wegen seines Fluchtversuchs zu der Strafe hinzugefügt.
Die Familien aller drei Jungen verklagten die Städte Escondido und Oceanside. Die Crowes erzielten 2011 einen Vergleich in Höhe von 7,25 Millionen US-Dollar. Im Jahr 2012 traf der Richter des Obersten Gerichtshofs, Kenneth So, die seltene Entscheidung, dass Michael Crowe, Treadway und Houser faktisch unschuldig an den Anklagen waren, und wies das Strafverfahren gegen sie dauerhaft ab.
Tuite legte beim kalifornischen Berufungsgericht Berufung gegen seine Verurteilung ein und erhob mehrere Ansprüche, darunter die Behauptung, dass seine Rechte an der sechsten Änderung verletzt wurden, weil er daran gehindert wurde, einen Zeugen der Staatsanwaltschaft vollständig ins Kreuzverhör zu nehmen. Am 14.Dezember 2006 bestätigte das Berufungsgericht in einer langen, unveröffentlichten Stellungnahme. Das Gericht stellte fest, dass der Prozessrichter bei der Begrenzung des Kreuzverhörs einen Verfassungsfehler begangen hatte, hielt den Fehler jedoch für harmlos und bestätigte die Verurteilung. Der Oberste Gerichtshof von Kalifornien lehnte eine Überprüfung ab. Das Bundesgericht lehnte Tuites Antrag auf Habeas Corpus ab. Am 8. September 2011 stimmte ein Gremium des US-Berufungsgerichts für den Neunten Kreis mit 2: 1 dafür, Tuites Verurteilung wegen Totschlags aufzuheben, und entschied, dass der Prozess unfair sei, weil der Prozessrichter das Kreuzverhör eines Zeugen der Staatsanwaltschaft beschränkte. Das Gremium erklärte in seiner Stellungnahme: „Angesichts des Mangels an Beweisen, die Tuite mit dem Verbrechen in Verbindung bringen, der Probleme mit den DNA-Beweisen, des festgefahrenen und kompromisslosen Urteils der Jury sowie des Gewichts und der strategischen Position von Mccrarys Aussage ist dieser Fall einer dieser “ ungewöhnlichen“ Umstände, unter denen wir uns hinsichtlich der Unbedenklichkeit des Fehlers „in virtuellem Gleichgewicht “ befinden.‘ O’Neil gegen Mcaninch, 513 US 432, 435 (1995). Wir müssen den Fehler so behandeln, dass er das Urteil beeinflusst, und wir sind gezwungen, den Schriftsatz zu erteilen.“ Tuite v. Martel, Nr. 09-56267. Es wurde darauf hingewiesen, dass die Staatsanwaltschaft während des Prozesses weder Spuren des Hauses auf der Kleidung oder der Person des Beklagten vorweisen konnte noch Spuren der Person oder der Kleidung des Beklagten im Haus gefunden wurden, Tatsachen, die das Berufungsgericht anführte, was dazu führte, dass das Gericht den Mangel an Beweisen feststellte.
Tuite erhielt ein Wiederaufnahmeverfahren, das am 24.Oktober 2013 begann. In abschließenden Argumenten, Sein Anwalt, Brad Patton, sagte den Geschworenen, dass Tuite noch nie im Crowe House gewesen sei, und wäre nicht in der Lage gewesen, Stephanies Schlafzimmer im dunklen Haus zu finden. Darüber hinaus fanden die Ermittler keine Fingerabdrücke oder DNA in der Residenz. Patton sagte, Stephanie müsse unter einer Bettdecke festgehalten worden sein, um sie ruhig zu halten, während jemand anderes sie erstach. Er sagte auch, dass Experten aussagten, dass die Blutflecken auf Tuites Hemden nicht da waren, als diese Hemden ursprünglich ausgewertet wurden, und durch Kontamination während der Tatortanalyse dorthin gelangten. Die Staatsanwältin, stellvertretende Generalstaatsanwältin Alana Butler, sagte während ihres Schlussplädoyers, Tuite sei in der Nacht, in der Stephanie getötet wurde, im Bereich des Crowe-Hauses gewesen. Er klopfte an Türen und suchte eine Frau namens Tracy, auf die er wütend war, weil sie ihn ein paar Jahre zuvor abgewiesen hatte. Er sei „besessen und wahnhaft“. Butler sagte, Tuite sei gegen 10 Uhr durch eine offene Tür in das Crowe-Haus gewandert. Einmal kam er ins Haus, Sie konnte nicht genau sagen, was passiert war, aber er ging in Stephanies Schlafzimmer und stach sie mindestens neun Mal, und ihr Blut wurde auf zwei Hemden gefunden, die er trug, als er am nächsten Tag von der Polizei kontaktiert wurde.
Am 5. Dezember 2013 sprach die Jury ein Urteil von nicht schuldig. Danach, Ein Geschworener sagte, es gebe keine Beweise dafür, dass Tuite in dieser Nacht jemals in der Crowe-Residenz war, und dass die Geschworenen besorgt waren, dass das Blut des Opfers durch Kontamination auf seine Hemden gelangt sein könnte, Also schauten sie sich diese Möglichkeit genau an.