Er begann seine Karriere in der Werbung und Lehre, und landete kleine Rollen im Theater, Erscheinen in Produktionen von A Midsummer Night’s Dream und Hamlet. Anschließend spielte er Hauptrollen im National Theatre und in der Royal Shakespeare Company und gründete 1974 zusammen mit dem Regisseur Max Stafford-Clark die Joint Stock Theatre Company.
Freeman gab 1978 sein Fernsehdebüt in der Serie Will Shakespeare (1978). Er spielte auch im ATV-Dokudrama Death of a Princess, einem Film über die Hinrichtung von Misha’al bint Fahd al Saud aus Saudi-Arabien. Freeman begann seine Spielfilmkarriere 1980, als er in The Long Good Friday und The Dogs of War auftrat. 1981 spielte er in der TV-Show Winston Churchill: The Wilderness Years.
Im selben Jahr wählten Steven Spielberg und George Lucas Freeman, um den französischen Archäologen René Belloq, den rakischen Erzrivalen von Dr. Indiana Jones, in dem Abenteuerfilm Raiders of the Lost Ark zu spielen. Der Film führte dazu, dass Freeman in bösartigen Rollen typisiert wurde, vor allem Nazis. Bewaffnet mit einem anderen Akzent, diesmal Deutsch, spielte er in der vierten Staffel von Falcon Crest, die 1984/85 ausgestrahlt wurde, den hinterhältigen Weinbaron Gustav Riebmann.
Paul Freeman spielte 1987 als Martin Daniels in der romantischen Dramaserie Yesterday’s Dreams, in der auch Judy Loe die Hauptrolle spielte.
1988 spielte er Professor Moriarty in der Komödie Without a Clue mit Michael Caine als Sherlock Holmes und Ben Kingsley als Watson. 1995 wurde er als Bösewicht Ivan Ooze in Mighty Morphin Power Rangers: The Movie besetzt.
Freeman gastierte in Fernsehshows wie Monarch of the Glen, ER, Falcon Crest und Den Young Indiana Jones Chronicles. Er spielte auch in mehreren Miniserien, darunter Murderers Among Us: The Simon Wiesenthal Story (1989) und The Final Cut (1995). Im Jahr 2004 spielte Freeman Angus, Bobby Jones ‚Caddie, in Bobby Jones: Ein Geniestreich. In den Jahren 2006 und 2007 spielte er neben John Hannah in dem BBC-TV-Rechtsdrama New Street Law die Hauptrolle. Ebenfalls 2007 spielte er Rev. Philip Shooter von Sandford in Hot Fuzz, neben Simon Pegg und Nick Frost. Er ist auch in mehreren 2007-09 Travelers Insurance TV-Werbespots zu sehen.
Unter seinen Fernseharbeiten ist Freeman in einer Episode von Midsomer Murders mit dem Titel „Down Among the Dead Men“ aufgetreten. Er trat auch im Fernsehkrimidrama Waking The Dead in der Folge „Straw Dog“ auf und spielte Adam Kingsley in der BBC-TV-Adaption von Minette Walters „The Dark Room“. Er war auch in Agatha Christies Poirot in der Folge „Termin mit dem Tod“ als Colonel Carbury zu sehen.
Er trat 2008 als George Aaranow in der Londoner Wiederbelebung von David Mamets Glengarry Glen Ross auf.
2012 spielte er Thomas Erpingham in der BBC-Adaption von William Shakespeares Henry V aus der Hollow Crown-Serie.