Nachdem die Panamakanalgesellschaft 1888 unter Betrugsvorwürfen bankrott gegangen war, blieb Bunau-Varilla in Panama gestrandet. Er bemühte sich, einen neuen Weg zu finden, um den Kanal zu bauen. Als die neue Panamakanalgesellschaft in seiner Heimat Frankreich aufkam, segelte Bunau-Varilla nach Hause, nachdem er eine große Menge an Aktien gekauft hatte. Wie die Firma von de Lesseps zuvor gab die Neue Panamakanalgesellschaft jedoch bald die Bemühungen auf, den Kanal zu bauen. Es verkaufte das Land in Panama an die Vereinigten Staaten, in der Hoffnung, dass das Unternehmen nicht ganz scheitern würde. US-Präsident Grover Cleveland, ein Antiimperialist, vermied die Kanalfrage. Als der unterstützendere Theodore Roosevelt 1901 Präsident wurde, wurde die Kanalplanung in den Vereinigten Staaten wieder aufgenommen. Bunau-Varilla förderte energisch einen Kanal in Panama. Mit Hilfe des New Yorker Anwalts der New Panama Canal Company, William Nelson Cromwell, überzeugte er die Regierung, Panama als Kanalstandort zu wählen, im Gegensatz zu der beliebten Alternative Nicaragua. Als Gegner ihr Interesse am Bau eines Kanals durch Nicaragua bekundeten, Das war eine weniger politisch volatile Nation, Bunau-Varilla setzte sich aktiv für die Vereinigten Staaten ein, zum Beispiel durch Verteilung nicaraguanischer Briefmarken mit aufstoßenden Vulkanen an Senatoren. Durch Lobbyarbeit von Geschäftsleuten, Regierungsbeamten und der amerikanischen Öffentlichkeit überzeugte Bunau-Varilla den US-Kongress, der neuen Panamakanalgesellschaft 40 Millionen US-Dollar gemäß dem Spooner Act von 1902 zuzuweisen. Die Mittel waren abhängig von der Aushandlung eines Vertrags mit Kolumbien über die Bereitstellung von Land für den Kanal in seinem Hoheitsgebiet Panama.
Trennung Panamas von Kolumbienbearbeiten
Kolumbien unterzeichnete 1903 den Hay-Herrán-Vertrag, in dem Land in Panama an die Vereinigten Staaten für den Kanal abgetreten wurde, aber der Senat von Kolumbien lehnte die Ratifizierung ab. Bunau-Varillas Firma war in Gefahr, die 40 Millionen Dollar des Spooner Act zu verlieren, und er entwarf Pläne mit panamaischen Juntas in New York für den Krieg. Am Vorabend des Krieges hatte Bunau-Varilla bereits die Verfassung, die Flagge und das militärische Establishment der neuen Nation entworfen und versprochen, die gesamte Regierung auf seinem eigenen Scheckbuch zu schweben. Bunau-Varillas Flaggenentwurf wurde später vom panamaischen Revolutionsrat mit der Begründung abgelehnt, dass er von einem Ausländer entworfen wurde. Obwohl er sich auf einen kleinen Bürgerkrieg vorbereitete, war die Gewalt begrenzt. Wie versprochen, hat Präsident Roosevelt einen US-Präsidenten eingesetzt. flotte zwischen den kolumbianischen Streitkräften südlich der Landenge und panamaischen Separatisten.
Kontrolle der USA über das Kanalgebietbearbeiten
Bunau-Varilla wurde als Botschafter Panamas in den Vereinigten Staaten von Präsident Manuel Amador mit Bevollmächtigungsbefugnissen ausgestattet. In Ermangelung der formellen Zustimmung der Regierung Panamas nahm er Verhandlungen mit dem amerikanischen Außenminister John Hay auf, um die Kontrolle über das Panamakanalgebiet an die USA zu übertragen. Keine Panamaer unterzeichneten den daraus resultierenden Hay-Bunau-Varilla-Vertrag, obwohl er am 2. Dezember 1903 in Panama ratifiziert wurde. Bunau-Varilla hatte seine Botschafterschaft durch finanzielle Unterstützung der Rebellen erhalten, er hatte siebzehn Jahre lang nicht in Panama gelebt und kehrte nie zurück, was zu der Anklage führte, er sei „per Kabel zum Minister ernannt“ worden. Die Panamaer ärgerten sich lange über sein verratenes Vertrauen, das ihm die neuen panamaischen Behörden entgegenbrachten. Der Vertrag wurde schließlich 1977 durch die Torrijos–Carter-Verträge rückgängig gemacht.