Die Rückkehr von Aguinaldo und die Eroberung von Manila
Am 4. Mai sandte Dewey ein Telegramm aus, das am 7. Mai in Washington einging: „Ich kontrolliere die Bucht vollständig und kann die Stadt jederzeit einnehmen, aber ich habe nicht genügend Männer, um sie zu halten.“ Der Kreuzer USS Charleston und der Dampfer USS Peking sollten mit Munition, Vorräten und Truppen sofort nach Manila geschickt werden. Generalmajor. Wesley Merritt, der das Kommando über die Bodenoperation erhielt, forderte zunächst eine Streitmacht von etwa 14.000 Mann, erhöhte diese jedoch später auf 20.000. Am 25. Mai Brigadegeneral TM Anderson und die 2.491 US-Truppen unter seinem Kommando segelte in drei Transporte von San Francisco und schloss sich einem Konvoi mit der USS Charleston in Honolulu.
Während die Amerikaner ihre Kräfte sammelten, kündigte der philippinische Widerstandsführer Emilio Aguinaldo die Erneuerung seines Kampfes gegen Spanien an. Aguinaldo hatte im Rahmen eines Abkommens mit den spanischen Behörden im selbst auferlegten Exil gelebt, aber er wandte sich an die Amerikaner und bot seine Unterstützung bei ihrem Feldzug an. Transportiert von Hong Kong von einem amerikanischen Schiff, Aguinaldo landete bei Cavite am Mai 19, sammelte seine Anhänger, und fuhr sofort fort, mehrere Städte südlich von Manila zu erfassen. Er erklärte die Unabhängigkeit der Philippinen am 12. Juni und wurde zum Präsidenten der Philippinischen Republik ausgerufen. Aguinaldos Aktionen wurden von den Amerikanern nicht sanktioniert, aber sie konnten wenig tun, um seinen Fortschritt zu verlangsamen. An der Spitze einer beträchtlichen aufständischen Armee leitete Aguinaldo eine enge Belagerung von Manila ein.
Am 20. Juni machte der USS Charleston-Konvoi eine Pause, um die Insel Guam zu bombardieren und in Besitz zu nehmen, bevor er seine Reise fortsetzte und am 30.Juni in der Bucht von Manila ankam. Eine zweite Abteilung, 3.586 Truppen unter Brigadegeneral F.V. Greene, traf am 17. Juli ein, und Merritt, der zum Generalgouverneur ernannt worden war, erreichte am 25. Juli die Bucht von Manila. Fünf weitere Transporte mit 4.847 Mann kamen am 31. Juli an und brachten die gesamte amerikanische Truppenstärke in Manila auf fast 11.000, wobei 5.000 weitere unterwegs waren. Merritt zog sofort seine Kräfte von Cavite und verschanzte sich innerhalb von 1.000 Yards (914 Meter) der spanischen Position in Manila. In der Nacht des 31. Juli setzten die Spanier die amerikanischen Linien intensivem Gewehr- und Artilleriefeuer aus, töteten 10 und verwundeten 43.
In den nächsten Nächten wurde häufig von den spanischen Linien geschossen. Am 7. August wurde eine gemeinsame Notiz von Dewey und Merritt an den spanischen Gouverneur Fermín Jáudenes geschickt, in der er ihm 48 Stunden Zeit gab, Nichtkombattanten aus Manila zu evakuieren. Jáudenes antwortete, dass er von Aguinaldos Armee umgeben sei und dass es keinen Zufluchtsort für die Kranken und für die Frauen und Kinder gebe. Eine zweite gemeinsame Notiz, in der die Kapitulation gefordert wurde, wurde vom spanischen Kommandanten abgelehnt, der anbot, sie an Madrid zu verweisen. Dies wurde abgelehnt, und es wurden Vorbereitungen für einen Angriff getroffen.
Innerhalb der Stadtbefestigung befanden sich 13.000 spanische Truppen, aber da Deweys Flotte die Bucht kontrollierte und Amerikaner und Aufständische an Land belagerten, war der Widerstand hoffnungslos. Als der kombinierte Boden- und Marineangriff am 13.August durchgeführt wurde, gab es keinen großen Widerstand, und um 11:00 Uhr wurde eine weiße Flagge gehisst, ungefähr anderthalb Stunden nachdem die Flotte das Feuer eröffnet hatte. Am nächsten Tag wurde eine formelle Kapitulation unterzeichnet.