Von einer Akademie in Helensburgh, Dumbarton, ging Frazer an die Glasgow University (1869), trat in das Trinity College in Cambridge (1874) ein und wurde Fellow (1879). 1907 wurde er zum Professor für Sozialanthropologie in Liverpool ernannt, kehrte aber nach einer Sitzung nach Cambridge zurück und blieb dort für den Rest seines Lebens.
Seine herausragende Stellung unter den Anthropologen wurde 1890 durch die Veröffentlichung von The Golden Bough: A Study in Comparative Religion (enlarged to 12 vol., 1911–15; gekürzte Ausgabe in 1 vol., 1922; supplementary vol. Nachwirkungen, 1936). Das zugrunde liegende Thema der Arbeit ist Frazers Theorie einer allgemeinen Entwicklung der Denkweisen vom Magischen zum Religiösen und schließlich zum wissenschaftlichen. Seine Unterscheidung zwischen Magie und Religion (Magie als Versuch, Ereignisse durch technische Handlungen zu kontrollieren, die auf fehlerhaftem Denken beruhen, Religion als Hilferuf an spirituelle Wesen) wurde seit seiner Zeit in vielen anthropologischen Schriften grundsätzlich angenommen. Obwohl die evolutionäre Abfolge von magischem, religiösem und wissenschaftlichem Denken nicht mehr akzeptiert wird und Frazers breite allgemeine psychologische Theorie sich als unbefriedigend erwiesen hat, ermöglichte ihm seine Arbeit, eine breitere Palette von Informationen über religiöse und magische Praktiken zu synthetisieren und zu vergleichen, als dies später von jedem anderen einzelnen Anthropologen erreicht wurde.
Der Goldene Ast lenkte die Aufmerksamkeit auf die Verbindung von priesterlichem und königlichem Amt in den „göttlichen Königtümern“, über die weithin aus Afrika und anderswo berichtet wurde. Nach Frazer, die Institution des göttlichen Königtums aus dem Glauben abgeleitet, dass das Wohlergehen der sozialen und natürlichen Ordnungen hing von der Vitalität des Königs, wer muss daher getötet werden, wenn seine Kräfte beginnen, ihn zu versagen und durch einen kräftigen Nachfolger ersetzt werden.
Frazer hatte einen großen Einfluss unter den Schriftstellern, indem er den europäischen Denkern seiner Zeit eine breite Palette primitiver Bräuche verständlich machte; und obwohl er selbst wenig reiste, stand er in engem Kontakt mit Missionaren und Verwaltern, die ihm Informationen zur Verfügung stellten und seine Interpretation schätzten. Zu seinen weiteren Werken gehören Totemismus und Exogamie (1910) und Volkskunde im Alten Testament (1918). Er wurde 1914 zum Ritter geschlagen.