Im biblischen Bericht teilte Josua nach Abschluss der Eroberung Kanaans durch die Israeliten das Land unter den zwölf Stämmen auf. Kenneth Kitchen, ein bekannter biblischer Archäologe, datiert dieses Ereignis etwas nach 1200 v. Chr., während andere Gelehrte die Historizität des Buches Josua bestreiten.
Naphtali besiedelte die Ostseite Galiläas (unmittelbar westlich des Sees Genezareth), in den Gebieten, die heute als Unteres Galiläa und Oberes Galiläa bekannt sind und im Westen an Asser, im Norden an Dan, im Süden an Sebulon und im Osten an den Jordan grenzen. Die bedeutendste Stadt war Hazor.
Angrenzend an den See Genezareth befand sich die sehr fruchtbare Ebene von Genezareth, die von Josephus als das Reich der Natur, ein irdisches Paradies, charakterisiert wurde, und mit dem südlichen Teil der Region, der als natürlicher Pass zwischen dem Hochland von Kanaan fungierte, mehrere Hauptstraßen (wie die von Damaskus nach Tyrus und Akko) durchliefen es. Der Wohlstand, den diese Situation mit sich brachte, wird anscheinend im Segen Moses prophezeit, obwohl Textwissenschaftler dies als Postdiktion betrachten, Dating das Gedicht zu lange nachdem der Stamm im Land gegründet worden war.
Von der Eroberung des Landes durch Josua bis zur Bildung des ersten Königreichs Israel um 1050 v. Chr. war der Stamm Naphtali Teil einer losen Konföderation israelitischer Stämme. Es gab keine Zentralregierung, und in Krisenzeiten wurden die Menschen von Ad-hoc-Führern geführt, die als Richter bekannt waren (siehe das Buch der Richter). Mit der wachsenden Bedrohung durch Einfälle der Philister beschlossen die israelitischen Stämme, eine starke zentralisierte Monarchie zu bilden, um der Herausforderung gerecht zu werden, und der Stamm Naphtali schloss sich dem neuen Königreich mit Saul als erstem König an. Nach dem Tod Sauls blieben alle Stämme außer Juda dem Haus Sauls treu, aber nach dem Tod von Ish-bosheth, Sauls Sohn und Nachfolger auf dem Thron Israels, schloss sich der Stamm Naphtali den anderen nordisraelischen Stämmen an, um David, den damaligen König von Juda, zum König eines wieder vereinigten Königreichs Israel zu machen. 930 v. Chr. spalteten sich die nördlichen Stämme jedoch vom Haus David ab, um ein Königreich Israel als Nordreich zu reformieren.
In c. 732 v. Chr., Pekah verbündet mit Rezin, König von Aram, bedroht Jerusalem, und Ahas, König von Juda, appellierte an Tiglath-Pileser III, der König von Assyrien, um Hilfe. Nachdem Ahas Tiglath-Pileser Tribut gezollt hatte (2 Könige 16: 7-9), entließ Tiglath-Pileser Damaskus und Israel und annektierte Aram und einen großen Teil Israels, „einschließlich des ganzen Landes Naphtali.“ Gemäß 2 Könige 16: 9 und 15: 29 wurde die Bevölkerung von Aram und dem annektierten Teil Israels nach Assyrien deportiert. 723 v. Chr., als es erneut von Assyrien überfallen und der Rest der Bevölkerung deportiert wurde.
Seit dieser Zeit zählt der Stamm Naphtali zu den zehn verlorenen Stämmen Israels. Psalm 1:24