Als TopHat zum ersten Mal herauskam, war es schneller als frühere Systeme. Es hat mehr als 2,2 Millionen Lesevorgänge pro CPU-Stunde abgebildet. Diese Geschwindigkeit ermöglichte es dem Benutzer, das gesamte RNA-Seq-Experiment in weniger als einem Tag zu verarbeiten, selbst auf einem Standard-Desktop-Computer. Tophat verwendet Bowtie am Anfang, um die Lesevorgänge zu analysieren, tut dann aber mehr, um die Lesevorgänge zu analysieren, die Exon-Exon-Übergänge umfassen. Wenn Sie TopHat für RNA-Seq-Daten verwenden, erhalten Sie mehr Lesewerte, die gegen das Referenzgenom ausgerichtet sind.
Ein weiterer Vorteil von TopHat besteht darin, dass es beim Ausrichten von Lesevorgängen auf ein Referenzgenom nicht auf bekannte Spleißstellen angewiesen ist.
Nachteilebearbeiten
TopHat befindet sich in einer wartungsarmen Phase mit geringem Support und enthält Softwarefehler, die zur Korrektur von 3rd-Party-Nachbearbeitungssoftware geführt haben. Es wurde von HISAT2 abgelöst, das effizienter und genauer ist und die gleiche Kernfunktionalität bietet (gespleißte Ausrichtung von RNA-Seq-Lesevorgängen).
Neuere Protokolle wie cufflinks, STAR und limma sind jetzt effizienter als TopHat.
