1256 erhielt Laurentius von St. Martin, Bischof von Rochester, die Heiligsprechung Wilhelms von Papst Alexander IV. Ein Anfang wurde sofort mit seinem Heiligtum gemacht, das sich zuerst in der Krypta, dann im nordöstlichen Querschiff befand und Pilgermassen anzog. Zur gleichen Zeit wurde am Ort des Mordes eine kleine Kapelle errichtet, die später Palmersdene hieß. Überreste dieser Kapelle sind noch in der Nähe des heutigen St. William’s Hospital zu sehen, an der Straße, die von der Horsted Farm nach Maidstone führt.
Das Heiligtum des heiligen Wilhelm von Perth wurde nach dem Heiligtum des Heiligen Thomas Becket in Canterbury zu einem Wallfahrtsort, der viele tausend mittelalterliche Pilger in die Kathedrale brachte. Ihre Schritte zermürbten die ursprünglichen steinernen Pilgerstufen, und heute sind sie mit Holzstufen bedeckt. Margaret Darcy aus Essex äußerte in ihrem Testament den Wunsch, dass ihre Dienerin Margaret Staunford nach „Seint Willyam of Rowchester“ pilgern sollte.
Am 18. und 19.Februar 1300 schenkte König Eduard I. dem Heiligtum zwei Spenden in Höhe von sieben Schilling. Opfergaben am Schrein wurden auch für Königin Philippa (1352) aufgezeichnet. Am 29. November 1399 gewährte Papst Bonifatius IX. denjenigen, die das Heiligtum an bestimmten Tagen besuchten und Almosen gaben, einen Ablass. Die lokale Bevölkerung setzte fort, Vermächtnisse durch das 15. und 16.Jahrhundert zu machen.
Das Wappen des Bischofs von Rochester besteht aus dem Andreaskreuz mit einer Jakobsmuschel in der Mitte, die William darstellen soll; Andrew ist der Schutzpatron Schottlands und Jakobsmuscheln das Symbol der Pilgerfahrt. St. William ist in einem Wandgemälde dargestellt, das 1883 in der Frindsbury Church in der Nähe von Rochester entdeckt wurde und um 1256-1266 gemalt worden sein soll.
Sein offizieller Festtag ist der 23.Mai, obwohl es einen anderen Festtag gibt, der am 22.April gefeiert wird. Er ist der Schutzpatron der adoptierten Kinder. In dem Film St. Vincent wird St. William in einem Schulbericht von einer der Hauptfiguren, Oliver, vorgestellt, der ihn vor allem deshalb interessant findet, weil er selbst adoptiert ist.
Die St. William of Perth Primary School in Rochester ist nach ihm benannt.