Los tres adolescentes fueron acusados de asesinato y conspiración para cometer asesinato. Un juez dictaminó que debían ser juzgados como adultos. Fueron encarcelados durante seis meses mientras los fiscales se preparaban para juzgarlos. Sin embargo, cuando el juicio de Treadway estaba a punto de comenzar en enero de 1999, las pruebas de ADN tardías encontraron tres gotas de sangre de Stephanie en una camisa perteneciente a Tuite. Sobre la base de las nuevas pruebas, los cargos contra los niños fueron desestimados sin perjuicio (lo que permitiría que se repitieran los cargos contra los niños en una fecha posterior).
Avergonzados por la reversión, la policía de Escondido y el Fiscal de Distrito del Condado de San Diego dejaron que el caso languideciera sin cargos durante dos años. En 2001, el Fiscal de Distrito y el Departamento del Sheriff del Condado de San Diego pidieron que el caso fuera asumido por el Departamento de Justicia de California. En mayo de 2002, el Fiscal General acusó a Tuite de asesinar a Stephanie. El juicio comenzó en febrero de 2004. En el primer día de la selección del jurado, Tuite se alejó del tanque de retención de la sala del tribunal durante la hora del almuerzo después de liberarse de las esposas; salió del juzgado y se subió a un autobús. Fue capturado horas después. En el juicio, la fiscalía vinculó a Tuite con el asesinato de Stephanie al presentar pruebas circunstanciales y físicas, incluida la evidencia de que la sangre de Stephanie estaba en su ropa. El equipo de defensa de Tuite argumentó que los chicos habían matado a Stephanie, y que la sangre de Stephanie se encontró en la ropa de Tuite como resultado de la contaminación causada por el trabajo policial descuidado. El 26 de mayo de 2004, el jurado absolvió a Tuite de asesinato, pero lo condenó por el delito menos grave de homicidio voluntario. El jurado también encontró que usó un arma mortal, un cuchillo. El tribunal sentenció a Tuite a trece años de prisión. Posteriormente, se le añadieron cuatro años más a la sentencia debido a su intento de vuelo.
Las familias de los tres niños demandaron a las ciudades de Escondido y Oceanside. Los Crowes alcanzaron un acuerdo de 7,25 millones de dólares en 2011. En 2012, el juez de la Corte Superior Kenneth So dictaminó que Michael Crowe, Treadway y Houser eran inocentes de los cargos, desestimando permanentemente el caso penal en su contra.
Tuite apeló su condena ante el Tribunal de Apelaciones de California y planteó varias reclamaciones, incluida una reclamación de que se habían violado sus derechos en virtud de la Sexta Enmienda porque se le impidió interrogar completamente a un testigo de cargo. El 14 de diciembre de 2006, la Corte de Apelaciones confirmó en una extensa opinión no publicada. El tribunal consideró que el juez de primera instancia había cometido un error constitucional al limitar el contrainterrogatorio, pero consideró que el error era inofensivo y confirmó la condena. La Corte Suprema de California negó la revisión. El tribunal federal de distrito rechazó la petición de hábeas corpus de Tuite. El 8 de septiembre de 2011, un panel de la Corte de Apelaciones de Estados Unidos para el Noveno Circuito votó 2-1 para anular la condena por homicidio involuntario de Tuite, dictaminando que el juicio fue injusto porque el juez de primera instancia limitó el contrainterrogatorio de un testigo de cargo. El panel declaró en su opinión: «Dada la falta de pruebas que vinculen a Tuite con el crimen, los problemas con las pruebas de ADN, el punto muerto y el veredicto de compromiso del jurado, y el peso y la posición estratégica del testimonio de McCrary, este caso es una de esas circunstancias ‘inusuales’ en las que nos encontramos ‘en equilibrio virtual en cuanto a la inocuidad del error. O’Neil v.McAninch, 513 U. S. 432, 435 (1995). Debemos tratar el error como si afectara al veredicto, y estamos obligados a conceder la orden.»Tuite v. Martel, No. 09-56267. Se señaló que durante el juicio la fiscalía no pudo presentar pruebas de la casa en la ropa o la persona del acusado, ni tampoco se encontraron pruebas de la persona o la ropa del acusado en la casa, hechos citados por el Tribunal de Apelaciones que llevaron al Tribunal a determinar la falta de pruebas.
A Tuite se le concedió un nuevo juicio, que comenzó el 24 de octubre de 2013. En los alegatos finales, su abogado, Brad Patton, le dijo a los miembros del jurado que Tuite nunca había estado en la casa Crowe, y que no habría podido encontrar el dormitorio de Stephanie en la casa oscura. Además, los investigadores no encontraron sus huellas dactilares ni su ADN en la residencia. Patton dijo que Stephanie debió haber sido sujetada bajo un edredón para mantenerla callada, mientras alguien más la apuñalaba. También dijo que los expertos declararon que las manchas de sangre en las camisas de Tuite no estaban allí cuando se evaluaron originalmente esas camisas, y llegaron allí a través de la contaminación durante el análisis de la escena del crimen. La fiscal, la Fiscal General Adjunta Alana Butler, dijo durante su alegato final que Tuite estaba en el área de la casa de Crowe la noche en que Stephanie fue asesinada. Estaba llamando a las puertas y buscando a una mujer llamada Tracy, con la que estaba enojado porque ella lo había rechazado un par de años antes. «Estaba obsesionado y delirante». Butler dijo que Tuite entró en la casa de Crowe alrededor de las 10 p. m.a través de una puerta abierta. Una vez que entró en la casa, ella no pudo decir exactamente lo que pasó, pero entró en la habitación de Stephanie y la apuñaló al menos nueve veces, y su sangre se encontró en dos camisas que llevaba puestas cuando la policía se puso en contacto con ella al día siguiente.
El 5 de diciembre de 2013, el jurado emitió un veredicto de no culpable. Después, un miembro del jurado dijo que no había evidencia de que Tuite hubiera estado alguna vez en la residencia Crowe esa noche, y que los miembros del jurado estaban preocupados de que la sangre de la víctima pudiera haber llegado a sus camisas a través de la contaminación, por lo que estudiaron detenidamente esa posibilidad.