La aplicación móvil Clue calcula y predice el período, la ventana fértil y el síndrome premenstrual de un usuario. También informa a las usuarias sobre el momento más o menos probable de quedar embarazadas y les permite realizar un seguimiento de más de 30 categorías de salud, que incluyen sexo, sueño, dolor, ejercicio, cabello, piel, digestión, emociones y energía. La aplicación también puede explicar cómo las dosis de píldoras afectan la fertilidad e incluye un sistema de alarma para permitir recordatorios para tomar píldoras.
En 2015, la compañía cerró una ronda de financiación de la Serie A y anunció planes para utilizar las ganancias para ampliar las funciones de la aplicación móvil y contratar más personal. Clue también se asoció con universidades como Stanford, la Universidad de Columbia, la Universidad de Washington y la Universidad de Oxford para avanzar en la investigación sobre la salud femenina.
Clue integrado con Apple Inc.HealthKit para iOS 9 en septiembre de 2015, que permite obtener datos como la temperatura corporal, la calidad del moco cervical, la menstruación, los resultados de las pruebas de ovulación, la actividad sexual y el manchado directamente en la aplicación.
En 2016, Clue estaba disponible en 15 idiomas tanto en iOS como en Android. Ese mismo año, Clue introdujo una función de intercambio de ciclos y en 2017 una opción de seguimiento de píldoras.
En febrero de 2018, Clue puso a disposición su aplicación en el smartwatch Fitbit Ionic.