Antes de la estadidad, las congregaciones bautistas cerca de Natchez se organizaron en septiembre de 1807 en una asociación en la iglesia Bethel en Bayou Sara, aunque el año anterior en la iglesia de Salem seis iglesias se habían reunido con el mismo propósito. La Asociación Bautista de Mississippi adoptó «artículos de fe & orden evangélica», y publicó sus actas los años siguientes con muchas referencias a Thomas Mercer y David Cooper.
Una segunda organización seguida del título de la convención. La primera Convención Bautista de Mississippi duró solo cinco años, desde febrero de 1824, cuando se reunió por primera vez en la Iglesia Bogue Chitto en el condado de Pike, hasta 1829, después de encontrar tanta resistencia que se acordó que se disolviera en 1828.
La segunda convención se formó del 23 al 4 de diciembre de 1836. Su primer presidente fue Ashley Vaughan y su primer secretario correspondiente, S. S. Lattimore. Lattimore todavía era su presidente en 1852. El secretario correspondiente ese año fue W. J. Denson, y el Secretario de Grabación fue J. T. Freman.
En 1857, la convención estableció un periódico, El Bautista de Mississippi, con J. T. Freeman como editor.
En el mismo año, la convención expresó su opinión sobre la abolición de la esclavitud, diciendo que era un intento de «restar valor a los privilegios sociales, civiles y religiosos de la población esclava». Las iglesias bautistas en el estado habían practicado la segregación durante algunos años. La Convención había informado en 1938 «que algunas de nuestras Iglesias, y algunos de nuestros amigos metodistas, han adoptado el plan de celebrar reuniones separadas para los negros; y que un curso de este tipo es de carácter general al que asisten con un mayor interés entre ellos».
Las sociedades de mujeres fueron algunas de las que más financiaron la convención a principios del siglo XIX. En 1875, la convención reconoció formalmente a las organizaciones de mujeres.