La Comisión del Río Misisipi se estableció en 1879 para facilitar la mejora del río Misisipi desde la Cabecera de los Pasos cercanos a su desembocadura hasta sus cabeceras. La misión declarada de la Comisión era desarrollar e implementar planes para corregir, ubicar permanentemente y profundizar el canal del río Mississippi, mejorar la seguridad y la facilidad de navegación, y prevenir inundaciones destructivas. y promover y facilitar el comercio, el comercio, y el servicio postal.
Durante casi medio siglo, el MRC funcionó como un órgano ejecutivo que dependía directamente del Secretario de Guerra de los Estados Unidos. La Gran Inundación de Mississippi de 1927 cambió la misión del MRC. La consiguiente Ley de Control de Inundaciones de 1928 creó el Proyecto del Río Mississippi y sus Afluentes (MR&T). La ley asignó la responsabilidad de desarrollar e implementar el Proyecto del Río Mississippi y sus Afluentes (MR&T) a la Comisión del Río Mississippi. El proyecto MR& T prevé el control de las inundaciones del río Misisipi desde la Cabecera de los Pasos hasta las proximidades de Cabo Girardeau, Missouri, el control de las inundaciones de los afluentes y salidas del río Misisipi, ya que se ven afectados por sus remansos, y la mejora de la navegación del río Misisipi desde Baton Rouge, Luisiana, a Cairo, Illinois. Esto incluye mejoras en ciertos puertos y mejoras para la navegación de los ríos Old y Atchafalaya desde el río Mississippi hasta Morgan City, Luisiana.
También incluye la estabilización de las orillas del río Mississippi desde la Cabecera de los Pasos hasta El Cairo, Illinois, la preservación, restauración y mejora de los recursos ambientales, incluidas, entre otras, medidas para la pesca y la vida silvestre, un mayor suministro de agua, recreación, recursos culturales y otros programas de desarrollo de recursos hídricos relacionados, y viajes de inspección semestrales para observar las condiciones del río y facilitar la coordinación con los intereses locales en la implementación de proyectos. Durante más de un siglo, las inspecciones y audiencias se han llevado a cabo a bordo del M/V Mississippi y sus predecesores.
La comisión tiene siete miembros. El actual Presidente de la Comisión del Río Mississippi es el General de División Kaiser del Cuerpo de Ingenieros del Ejército de los Estados Unidos. La misión se ejecuta a través de los Distritos de la División del Valle del Mississippi del Cuerpo de Ingenieros del Ejército de los Estados Unidos en St.Paul, Rock Island, St. Louis, Memphis, Vicksburg y Nueva Orleans.
La sede de la operación se encuentra en el centro Histórico de Vicksburg, en el Edificio de la Comisión del Río Mississippi.