La Ley de Banderas y Emblemas (Exhibición) (Irlanda del Norte) de 1954 prohibió la exhibición de cualquier bandera que «pudiera causar un quebrantamiento del orden público», y otorgó a la policía poderes para ocuparse de ella. Sin embargo, excluyó específicamente la bandera de la Unión de sus disposiciones. En 1964, la Royal Ulster Constabulary se mudó para quitar un tricolor irlandés de la ventana de una oficina en Belfast, después de que Ian Paisley hubiera dicho públicamente que si no lo hacían, lo haría personalmente. Esto dio lugar a disturbios graves. La Ley fue derogada en 1987.
En algunas zonas leales, el enarbolar banderas en apoyo de los paramilitares leales ha resultado controvertido. Grupos como la Asociación de Defensa del Ulster, la Fuerza de Voluntarios del Ulster, los Jóvenes Ciudadanos Voluntarios, el Comando Mano Roja y la Fuerza de Voluntarios Leales tienen sus propias banderas únicas y, aunque estas banderas generalmente aparecen junto a murales, ocasionalmente se pueden ver volando desde farolas en pueblos y ciudades o volando desde casas en el período previo al Duodécimo.
Algunos consejos locales han debatido el uso del Tricolor. En 2002, el Ayuntamiento de Belfast exhibió el Tricolor junto con la Bandera de la Unión en el salón del Alcalde durante el mandato del Alcalde del Sinn Féin Alex Maskey. Se adoptó un enfoque diferente en 1997; cuando Alban Maginness, del Partido Socialdemócrata y Laborista (SDLP), fue Alcalde, no se exhibió ninguna bandera. En septiembre de 2003, el Consejo de la Ciudad de Belfast discutió la posibilidad de flying el Tricolor junto a la Bandera de la Unión en ocasiones designadas.
En junio de 2007, el designado Partido nacionalista Socialdemócrata y Laborista se quejó de la representación artística de IKEA Belfast que incluía la Bandera de la Unión y la bandera del Ulster como dos de las tres banderas frente a la tienda. Después de ser etiquetado como «un salón naranja de lujo» por la fiesta, IKEA aseguró a los clientes y compañeros de trabajo que solo se vería la bandera sueca fuera de la tienda real.
El estandarte del Ulster continuó siendo utilizado por algunos gobiernos locales, como el predominantemente unionista Castlereagh, que lo voló fuera de sus oficinas.
Una decisión en diciembre de 2012 de fly la bandera de la Unión sobre el Ayuntamiento de Belfast solo en ciertos días designados, en lugar de todo el año como anteriormente, llevó a las protestas por la bandera del Ayuntamiento de Belfast, que incluyeron disturbios en los que los agentes de policía resultaron heridos.
La controversia de las banderas de Irlanda del Norte ha llevado a Unicode a no poder lanzar un emoji de país equivalente para Irlanda del Norte, como lo ha hecho para Escocia, Inglaterra, Gales y la República de Irlanda.