Ernest Renan creció en la mística y católica provincia francesa de Bretaña, donde los mitos celtas combinados con el catolicismo profundamente experimentado de su madre llevaron a este niño sensible a creer que estaba destinado al sacerdocio. Se educó en el colegio eclesiástico de Tréguier, graduándose en 1838, y luego se fue a París, donde realizó los estudios teológicos habituales en St-Nicolas-du-Chardonnet y en St-Sulpice. En sus Recuerdos de la Infancia y la Juventud (1883), relató la crisis espiritual que atravesó a medida que su creciente interés en los estudios científicos de la Biblia finalmente hizo inaceptable la ortodoxia; pronto fue ganado a la nueva «religión de la ciencia», una conversión fomentada por su amistad con el químico P. E. M. Berthelot.
Renan abandonó el seminario y obtuvo su doctorado en filosofía. En este momento (1848) escribió El Futuro de la ciencia, pero no lo publicó hasta 1890. En esta obra afirmó una fe en las maravillas que produciría una ciencia aún no realizada, pero de la que estaba seguro que llegaría.
Las expediciones arqueológicas al Cercano Oriente y otros estudios en Semítica llevaron a Renan a un concepto de estudios religiosos que más tarde se conocería como religión comparada. Su visión era antropomórfica, publicada por primera vez en su Vida de Jesús (1863), en la que retrató a Cristo como un fenómeno histórico con raíces históricas y que necesitaba una explicación racional y no mística. Con su flexibilidad intelectual característica, este agnóstico profundamente piadoso escribió una obra profundamente irreligiosa que le hizo perder su cátedra en la atmósfera predominantemente católica del Segundo Imperio en Francia.
La vida de Jesús fue el volumen de apertura de la Historia de los Orígenes del cristianismo de Renan (1863-1883), su obra más influyente. Su tesis fundamental era que todas las religiones son verdaderas y buenas, porque todas encarnan las aspiraciones más nobles del hombre: invitó a cada hombre a expresar estas verdades a su manera. Para muchos, la lectura de esta obra hizo que la religión viviera por primera vez la verdad; para otros, hizo imposible la convicción religiosa.
La derrota de Francia en la Guerra Franco-Prusiana de 1870-1871 fue para Renan, como para muchos franceses, una experiencia profundamente decepcionante. Si Alemania, a la que veneraba, pudiera hacerle esto a Francia, a la que amaba, ¿dónde yacía la bondad, la belleza o la verdad? Se volvió profundamente escéptico, pero con dolorosa honestidad se negó a negar lo que parecía estar ante él, afirmando en cambio que «la verdad es quizás triste.»Permaneció simpático con el cristianismo, quizás expresándolo de manera más conmovedora en su Oración en la Acrópolis de Atenas (1876), en la que reafirmó su fe permanente en la vida de la mente griega, pero confesó que la suya era inevitablemente un mundo más grande, con dolores desconocidos para la diosa Atenea; por lo tanto, nunca podría ser un verdadero hijo de Grecia, más que cualquier otro moderno.