Eugene Science Center fue fundado en 1961 como el Museo de Ciencia e Industria del Suroeste de Oregón (SWOMSI). SWOMSI recibió el apoyo inicial de su organización matriz, el Museo de Ciencia e Industria de Oregón (OMSI) de Portland, pero poco después se convirtió en un museo independiente con una junta directiva compuesta principalmente por educadores locales.
SWOMSI ocupó por primera vez la Oregon Electric Railway Station, actualmente el restaurante Oregon Electric Station, ubicado en la 5ª Avenida y la calle Willamette. Durante sus primeros años en la Estación de Ferrocarril Eléctrico de Oregón, SWOMSI ofreció exhibiciones y clases y realizó espectáculos de planetario en el Planetario Spitz, una instalación operada por OMSI.
En 1973, encontrando que la estación de ferrocarril era inadecuada y que el Planetario Spitz se acercaba al final de su vida útil, la Junta Directiva de SWOMSI se acercó a los Comisionados del Condado de Lane para pedir espacio en el recién creado Parque Alton Baker. Después de un descanso de OMSI, SWOMSI se convirtió en el Centro de Ciencia y Tecnología Willamette (WISTEC). Los principales fondos para el nuevo museo se obtuvieron bajo la Administración de Desarrollo Económico y cada uno de los miembros del consorcio (Lane Community College, Lane Education Service District, University of Oregon y WISTEC) contribuyeron sustancialmente al proyecto, financieramente y a través de servicios en especie. En ese momento, se vendió la Estación de Ferrocarril Eléctrico de Oregón y se invirtieron 50.000 dólares en fondos de WISTEC en la construcción del edificio actual en Alton Baker Park.
A partir de 1978-79 se construyó el edificio WISTEC y el nuevo planetario. Cuando la ciudad de Eugene tomó el control de la mayor parte del parque Alton Baker a mediados de la década de 1980, también tomó la propiedad del edificio WISTEC. WISTEC abrió sus puertas en su ubicación actual en 1980. El planetario estaba en ese momento funcional y financieramente separado del museo. El planetario finalmente se convirtió en responsabilidad exclusiva del Distrito de Servicios Educativos de Lane y se cerró en diciembre de 2002, después de una crisis de financiación. En enero de 2002, WISTEC cambió su nombre por el de Science Factory y, con la transferencia del planetario a la propiedad de Science Factory en 2003, se convirtió en el Science Factory Children’s Museum & Planetarium. El nombre volvió a Science Factory en 2016 y luego cambió formalmente a Eugene Science Center en enero de 2018.