La banda fue formada en 1987 por Leonardo de Lozanne y Francisco «Paco» Huidobro, hermano de Micky Huidobro de Molotov. La formación original consistía en Lozanne, Huidobro, el bajista Javier ‘ Chá!’Ramírez, el tecladista Iñaki Vázquez, y Gabriel Kuri a la batería. Kuri fue reemplazado más tarde por Jorge ‘Chiquis’ Amaro, quien fue seguido por el multiinstrumentista Jay de la Cueva, (cantante principal de la banda mexicana de glam metal Moderatto).
Fobia fue una de las bandas originales que surgieron del boom del rock en español / Rock en tu idioma de finales de la década de 1980, junto a Caifanes, Maná, Neón, Maldita Vecindad y los Hijos del Quinto Patio y Los Amantes de Lola; todos los cuales siguieron los pasos de Soda Stereo, que a finales de la década de 1980 había acumulado un gran número de seguidores en las Américas. En diciembre de 1987, RCA Ariola de México realizó un concurso de «Rock en tu idioma» en la Ciudad de México. Fobia fue eliminado al principio y Los Amantes de Lola ganó el concurso. A pesar de su eliminación temprana, los ejecutivos de Ariola decidieron programar una cita con Fobia. Según la leyenda, la banda se perdió su reunión con Ariola porque no pudieron entrar al edificio debido a problemas de seguridad. Tras el incidente, la suerte de la banda mejoró. Saúl Hernández de Caifanes produjo sus primeras demos y Ariola finalmente las firmó.
El sonido temprano de Fobia, como muchos del género, fue fuertemente influenciado por la new wave de los 80 con algunas excepciones notables: David Bowie y KISS. La música de Fobia siempre ha abrazado lo fantástico y excéntrico y contiene grandes dosis de ironía y humor. Fobia se alejó de los temas políticos y culturales que abrazaban sus contemporáneos. Según Lozanne, » Creo que fue más una estrategia de las compañías discográficas. Nunca nos sentimos parte de un movimiento. No nos vestíamos como las otras bandas. No cantábamos sobre las cosas sobre las que cantaban».
El nombre Fobia fue elegido porque describía las inseguridades, miedos y obsesiones personales de los miembros de la banda. Estos se transformaron en melodías y música, y se materializaron en sus primeras canciones; «El microbito», «La iguana» y «El crucifijo», que tocaron en pequeños bares y en fiestas en casa.
El álbum debut homónimo de Fobia, Fobia, consolidó su reputación como un grupo innovador y original de rock en español. Producido por Marteen, su álbum homónimo produjo clásicos como «El Microbito», «El Crucifijo» y «La Iguana». En 1990, Fobia realizó una gira con Caifanes, Maná y Maldita Vecindad y los Hijos del Quinto Patio como parte de una gira promocional para el grupo emergente de bandas de rock mexicano.
Al año siguiente, Fobia lanzó Mundo Feliz, que se grabó en la Ciudad de México y en la Central Eléctrica de la Ciudad de Nueva York, de nuevo con Marteen. Mundo Feliz produjo «Camilla» y «El Diablo». El álbum contó con un cameo de la diva mexicana de rock/pop Alejandra Guzmán.
En 1993, Fobia lanzó Leche, un álbum decididamente más experimental, que combina ritmos latinos y rock alternativo. El álbum de producción propia se convirtió en el álbum menos exitoso de Fobia hasta la fecha. El primer sencillo, «Los Cibernoides», fue una crítica al conglomerado de medios mexicanos Televisa. Sin tener en cuenta las ventas, Leche fue un éxito de crítica. Leche vio la salida del baterista original Gabriel Kuri.
Para Amor Chiquito de 1995, Fobia reclutó al famoso productor y compositor argentino Gustavo Santaolalla, quien tuvo una larga serie de créditos de producción durante la década de 1990, produciendo álbumes para grupos mexicanos como Café Tacuba, Caifanes, Molotov y Julieta Venegas. El álbum fue mezclado por Jim Kerr y Tony Peluso, ex guitarrista de The Carpenters. Para Amor Chiquito, el baterista original Gabriel Kuri fue reemplazado por Jorge (Chiquis) Amaro, ex baterista de Neón.
Amor Chiquito fue un álbum de sonido más directo. El primer sencillo «Revolución sin Manos» fue un pedal de 4/4 impulsado por guitarra. Amor volvió a poner a Fobia en la cima de la cadena alimenticia rock en español. Fobia realizó una gira por Estados Unidos y América Latina. Tras el lanzamiento del álbum, Kuri fue reemplazado por Jay de la Cueva, actualmente de Moderatto, quien en ese momento había trabajado con el grupo de pop adolescente Micro Chips y tocaba la batería para Las Víctimas del Doctor Cerebro.
En 1997, Fobia participó en un álbum tributo a Queen con «Presionando». Ese mismo año Fobia lanzó el álbum en vivo Fobia on Ice. Fobia se disolvió en 1997.