Cuando Itachi tenía cuatro años, Fugaku decidió llevar a Itachi a ver montañas de cadáveres resultantes de la Tercera Guerra Shinobi Warld, con la esperanza de que ayudara a su hijo a madurar rápidamente. Aunque tuvo éxito en su objetivo, la madurez de Itachi tomó una ruta diferente a la que Fugaku esperaba, convirtiendo al joven en un pacifista. Durante la Tercera Guerra Mundial Shinobi, un querido amigo de Fugaku murió en batalla , lo que le permitió despertar al Mangeky Sharingan, un hecho que decidió mantener oculto de todos. Después de la guerra, cuando su clan le preguntó acerca de que Kakashi Hatake había ganado el Sharingan de Obito Uchiha, Fugaku eligió respetar las acciones moribundas de Obito y permitir que Kakashi conservara su regalo. Cuando Hiruzen Sharutobi se preparaba para dimitir como Hokage, Fugaku estaba entre los shinobi considerados como el Cuarto Hokage. Cuando la esposa de Fugaku dio a luz a su segundo hijo, con la bendición de Hiruzen, Fugaku orgullosamente nombró al bebé Sasuke en honor al padre del Tercer Hokage.
Con el Ataque del Demonio de Nueve Colas Foxe, el pueblo acusó al clan Uchiha de orquestar el ataque, ya que no tomaron medidas contra la bestia de cola (en el anime, esto fue debido a las órdenes de Danzo Shimura de centrar todos los esfuerzos de los Uchiha únicamente en proteger a los aldeanos). Esto, combinado con el traslado de los Uchiha más lejos de la aldea, causó una ruptura entre la aldea y el clan Uchiha. A pesar de esto, los aldeanos todavía admiraban los esfuerzos de Fugaku y del Clan Uchiha por mantener la paz. Esto no detuvo a Fugaku de conspirar un golpe de Estado que permitiría al clan Uchiha tomar el control de la aldea por despecho. Finalmente, Fugaku colocó a Itachi como espía en el Anbu para pasar información al clan. Sin embargo, Itachi traicionó secretamente a los Uchiha y se convirtió en un agente doble, filtrando información de vuelta a la aldea.
Reconociendo la prodigiosa mente y el talento de Itachi, Fugaku comenzó a entrenarlo regularmente, asombrado cuando dominó la realización del Fuego: Gran técnica de bola de fuego en su primer intento después de presenciarla una sola vez. Viendo tal potencial en Itachi y siendo su hijo mayor, de ahí el sucesor del clan, Fugaku centró la mayor parte de su atención en él, incluso defendiendo a Itachi cuando era sospechoso de matar a Shisui Uchiha. Sin embargo, los dos tuvieron una pelea cuando Itachi perdió la esperanza en el clan, llevando a Fugaku a cambiar su atención a Sasuke, incluso enseñándole a usar las técnicas tradicionales de Liberación de Fuego de su clan, y quedó impresionado de cómo Sasuke fue capaz de dominar la técnica después de solo una semana. Sasuke finalmente pudo disfrutar de la compañía de su padre, pero Fugaku le aconsejó que no siguiera los pasos de Itachi.
Después de otra reunión del clan sobre el golpe de Estado, Fugaku llamó a Itachi para hablar con él en privado. Reveló que la tablilla de piedra dentro del Santuario Naka contenía secretos para un mundo mejor para todos, pero requería un Sharingan evolucionado para leerla, revelando la verdad sobre su adquisición de Mangekyō Sharingan. Sabiendo de la vacilación de su hijo por el derramamiento de sangre y la renuencia a atacar la aldea, expresó su deseo de que esta revolución terminara sin muertes, insistiendo en que con la ayuda de Itachi podrían lograrlo. Una prueba más de su punto, reveló que nunca le dijo a nadie en el clan de su Mangekyō Sharingan por temor a que le pidieran que usara su poder para tomar el control de los Nueve Colas para atacar a Konoha. Durante la Caída del Clan Uchiha , Fugaku rápidamente se dio cuenta de que Itachi estaba detrás de este ataque y se enfrentó a él a través de un clon, expresando sus respectivas opiniones.Itachi luego se enfrentó a sus padres, pero Fugaku y Mikoto no se resistieron y le dijeron a Itachi que todavía estaban orgullosos de él y que prometieran cuidar de Sasuke antes de dejar que Itachi los matara. Fugaku fue encontrado muerto encima del cadáver de su esposa.
Fugaku con su familia
Como líder de los Uchiha, Fugaku estaba centrado en el interés y el bienestar del clan y tenía un fuerte sentido de la responsabilidad. Su hijo, Sasuke, lo veía como un hombre severo e indiferente, mientras que el resto del clan lo veía como una figura paterna. Como Itachi era su sucesor como jefe del clan, Fugaku pasó gran parte de su tiempo centrándose en el desarrollo de su hijo mayor y poco tiempo con el más joven. Sasuke entrenaba constantemente para obtener la atención y aprobación de su padre. Cerca del final de su vida, Fugaku había cambiado su atención a Sasuke, habiendo perdido la esperanza en el caprichoso Itachi. Solo le impresionaban las grandes hazañas y rara vez elogiaba a nadie, teniendo grandes expectativas. Fugaku era muy serio, casi no sonreía la mayor parte del tiempo. A lo cual, mostró un notable disgusto hacia Itachi cuando eludía sus deberes como asistir a reuniones y misiones.
Mientras que exteriormente Fugaku parecía estricto y negligente hacia sus hijos mayores y menores, respectivamente, junto con su devoción y enfoque en el bienestar de su clan lo llevaron a parecer odioso y no negociable, seguía siendo un individuo muy cuidadoso con sus hijos. Según Mikoto, cuando ella y Fugaku estaban solos, Fugaku hablaba sobre todo, si no solo, de Sasuke. Mientras siempre trataba de motivar a Sasuke a mejorar, no pudo ver el deseo de Sasuke de ser reconocido como su hijo en lugar de compararlo con Itachi. Amaba tanto a sus dos hijos que cuando vio a Itachi masacrar a su clan, le dio a Itachi la oportunidad de una explicación. Después de darse cuenta de que estaba haciendo esto para salvaguardar la vida de Sasuke, en lugar de resistirse a la muerte, ya que no quería lastimar a su hijo mayor, él y su esposa permitieron voluntariamente que Itachi los ejecutara a cambio de asegurar el futuro de Sasuke y simplemente pedirle a Itachi que cuidara a su hijo menor. Fugaku también demostró gran remordimiento por el giro que le había dado la vida a Itachi, culpándose a sí mismo por el dolor que Itachi tuvo que soportar después de reflexionar que Itachi podría haber sido el primer Hokage Uchiha, admitiendo tristemente que su carga con la misión del Clan Uchiha le había robado el futuro a su hijo.
En el anime, Fugaku heredó gran parte de la Voluntad de Fuego. Realmente quería preservar la paz en Konoha, aceptando la reubicación a pesar de las protestas del Clan Uchiha para no dejar que la situación en Konoha empeorara. Incluso llegó a dar instrucciones a sus compañeros de clan para que dejasen en paz a Kakashi, a quien recientemente le habían implantado un Sharingan de Obito. También le pidió a Hiruzen que nombrara a su segundo hijo en honor al padre de Hiruzen. También era mucho más sabio que su clan, dispuesto a cooperar con la reubicación si la aldea calmaba sus sospechas con el tiempo, pero finalmente perdió la paciencia. Incluso después de estar de acuerdo con el deseo de revolución de su clan, expresó su consternación por hacerlo de una manera que implicaba el derramamiento de sangre de civiles, con la esperanza de ponerle fin rápidamente y con el menor daño posible. Incluso eligió mantener su Mangekyō Sharingan en secreto para su clan por temor a que los llevara a buscar un mayor poder a través de medios amorales.
Fugaku en su atuendo jōnin
Fugaku tenía el pelo corto y castaño que llegaba hasta sus hombros y ojos de color onice, con pliegues visibles debajo de ellos que se hacían más pronunciados cada vez que adoptaba una mirada severa (la última de las cuales Itachi heredó de él). Llevaba un sencillo kimono con pantalones grises que tenía el símbolo del clan en la espalda cuando no estaba de servicio.
Mientras estaba de servicio, llevaba la chaqueta antiaérea estándar, junto con una camisa negra con el símbolo de la Policía Militar de Konoha en los hombros, espinilleras y un delantal negro abierto con diamantes blancos en la parte inferior.
Fugaku enseña la firma del clan Sasuke
Como líder tanto del clan Uchiha como de la Fuerza de Policía Militar Konoha, Fugaku era probablemente un formidable shinobi y bien versado en todas las técnicas de su clan. Las habilidades de Fugaku eran muy apreciadas por sus compañeros del clan, ya que sentían que Fugaku debería haber sido un contendiente para el Cuarto Hokagalongside Minato Namikaze y Orochimaru. Sus habilidades eran tan avanzadas que incluso su hijo mayor Itachi, un miembro prominente de su clan en ese momento, esperaba evitar luchar contra un oponente así.Estaba entre los shinobi presentes en la cima de la Academia para la inauguración de Minato como Hokage, lo que sugiere que era un individuo muy respetado entre la aldea. Su inteligencia fue notada por Danzo Shimura como una de las más grandes en generaciones. También se demostró que era muy observador, capaz de determinar rápidamente cuándo estaba siendo espiado desde lejos.
Mangekyō Sharingan de Fugaku
Fugaku también tenía algún conocimiento sobre el Mangegyo Sharingan, después de decirle a Sasuke que necesita un gran sacrificio para despertar. En el anime, Fugaku despertó al Mangekyō Sharingan durante la Tercera Gran Guerra Shinobi después de que su amigo se sacrificara para salvarlo. Su Mangekyō Sharingan tiene tres puntos seguidos de tres curvas en espiral en sentido contrario a las agujas del reloj alrededor de la pupila.
Aunque no se sabe mucho sobre su Mangekyō Sharingan, Fugaku confiaba en que era lo suficientemente fuerte como para controlar completamente a los Nueve Colas.