El hoatzin fue descrito originalmente en 1776 por el zoólogo alemán Statius Müller. Ha habido mucho debate sobre las relaciones de los hoatzin con otras aves. Debido a su distinción, se le ha dado su propia familia, los Opisthocomidae, y su propio suborden, los Opisthocomis. En varias ocasiones, se ha aliado con taxones como los tinamous, los Galliformes, los raíles, las avutardas, los seriemas, la ganga de arena, las palomas, los turacos y otros Cuculiformes, y los pájaros ratoneros. Un estudio de secuenciación del genoma completo publicado en 2014 sitúa al hoatzin como el taxón hermano de un clado compuesto por Gruiformes (grullas) y Charadriiformes (chorlitos).
En 2015, la investigación genética indicó que el hoatzin es el último miembro sobreviviente de una línea de aves que se ramificó en su propia dirección hace 64 millones de años, poco después del evento de extinción que mató a los dinosaurios no aviares.
Registro Fósileditar
Con respecto a otras pruebas materiales, un registro fósil indiscutible de un pariente cercano de hoatzin es el espécimen UCMP 42823, un solo cráneo en el dorso. Es de origen mioceno y se recuperó en el Valle superior del Río Magdalena, Colombia, en la conocida fauna de La Venta. Esto ha sido colocado en un género distinto, menos derivado, Hoazinoides, pero claramente sería colocado en la misma familia que la especie existente. Difiere notablemente en que el cráneo del hoatzin vivo es característico, siendo muy abovedado, redondeado y acortado, y que estas autapomorfías eran menos pronunciadas en el ave Miocena. Miller discutió estos hallazgos a la luz de la supuesta afiliación de los hoatzins y los Galliformes, que era la hipótesis preferida en ese momento, pero había sido controvertida casi desde su inicio. Advirtió ,sin embargo,» que Hoazinoides de ninguna manera establece un punto de unión filética con otros galiformes » por razones obvias, como sabemos hoy en día. Cualquier cosa que no sea los hallazgos primarios de Miller no es de esperar en ningún caso, ya que en la época de Hoazinoides, esencialmente todas las familias de aves modernas son conocidas o se cree que han estado presentes y distintas. Yendo más atrás en el tiempo, el Eoceno Tardío o el Oligoceno Temprano (hace unos 34 millones de años) Filholornis de Francia también se ha considerado «prueba» de un vínculo entre los hoatzin y los pájaros gamebirds. El fósil fragmentario Onicóptero del Eoceno de Argentina y el bastante completo pero no menos enigmático Foro panarium del Eoceno Medio Temprano (Ypresiano-Lutecio, hace unos 48 millones de años) se utilizan a veces para argumentar a favor de un enlace hoatzin-cuculiforme (incluyendo turacos). Pero como se demostró anteriormente, esto debe considerarse altamente especulativo, si no tan fuera de lugar como la relación con Cracidae discutida por Miller.
El registro más antiguo del orden Opisthocomiformes es Protoazin parisiensis, del último Eoceno (aproximadamente 34 millones de años) de Romainville, Francia. El holotipo y único espécimen conocido es NMB PG.70, que consiste en coracoides parciales, escápula parcial y falange pedalaria parcial. Según el análisis filogenético realizado por los autores, Namibiavis, aunque más tarde, es más basal que la protoazina. Los opistocomiformes parecen haber estado mucho más extendidos en el pasado, siendo la distribución sudamericana actual solo una reliquia. Entre Principios y Mediados del Mioceno, probablemente ya estaban extintos en Europa, ya que formaciones datadas en esta época y que representan ambientes paleoambientales fluviales o lacustres, en los que el hoatzin prospera hoy en día, han producido docenas de especímenes de aves, pero no opistocomiformes. Una posible explicación para explicar la extinción de la Protoazina entre el Eoceno Tardío y el Mioceno Temprano en Europa, y de Namibiavis después del Mioceno Medio del África Subsahariana, es la llegada de carnívoros arbóreos, depredación por la cual podría haber tenido un efecto devastador en los opistocomiformes locales, si fueran tan pobres voladores y tuvieran estrategias de anidación similares a las de los hoatzins de hoy en día. Los felinos y vivérridos llegaron por primera vez a Europa desde Asia después de que el mar de Turgai se cerrara, marcando el límite entre el Eoceno y el Oligoceno. Ninguno de estos depredadores, y para el caso, ningún depredador placentario estaba presente en Sudamérica antes del Gran Intercambio Americano de 3 millones de años, lo que podría explicar la supervivencia del hoatzin allí. Además de ser el registro fósil más antiguo de un opistocomiforme, la protoazina también fue el primer hallazgo de uno (1912), pero fue olvidado durante más de un siglo, siendo descrito solo en 2014.
Hoazinavis es un género extinto de depósitos opistocomiformes tempranos de finales del Oligoceno y Principios del Mioceno (aproximadamente 24-22 ma) de Brasil. Fue recolectado en 2008 en la Formación Tremembé de São Paulo, Brasil. Fue nombrado por Gerald Mayr, Herculano Alvarenga y Cécile Mourer-Chauviré en 2011 y la especie tipo es Hoazinavis lacustris.
Namibiavis es otro género extinto de opistocomoformo temprano de depósitos del Mioceno Medio temprano (aproximadamente 16 millones de años) de Namibia. Fue recolectado en Arrisdrift, al sur de Namibia. Fue nombrado por Cécile Mourer-Chauviré en 2003 y la especie tipo es Namibiavis senutae.