La influencia de las condiciones aeróbicas y anaeróbicas en la supervivencia de los enteropatógenos Escherichia coli O157:H7 y Salmonella serovar Typhimurium se investigaron en microcosmos con caldo, estiércol de ganado o purines. Estos sustratos fueron inoculados con una cepa transformada de proteína fluorescente verde de los enteropatógenos a 107 células g−1 de peso seco. Los datos de supervivencia se ajustaron al modelo Weibull. Las curvas de supervivencia en condiciones aeróbicas generalmente mostraron una curvatura cóncava, mientras que la curvatura fue convexa en condiciones anaeróbicas. Los tiempos de supervivencia estimados mostraron que E. coli O157: H7 sobrevivió significativamente más tiempo en condiciones anaeróbicas que en condiciones aeróbicas. La supervivencia osciló entre aproximadamente. 2 semanas para estiércol aeróbico y purines a más de seis meses para estiércol anaeróbico a 16 °C. En promedio, en el 56,3% de los muestreos, el número de células de E. coli O157:H7 recuperadas mediante incubación anaeróbica de placas de Petri fue significativamente mayor (p < 0,05) en comparación con la incubación aeróbica. La supervivencia de la Salmonella serovar Typhimurium no fue diferente entre el almacenamiento aeróbico y anaeróbico de caldo de LB o estiércol, así como entre la incubación aeróbica y anaeróbica de placas de Petri. La importancia de los cambios en la comunidad microbiana y la composición química del estiércol y los purines se distinguió por la supervivencia de E. coli O157:H7 en diferentes condiciones de oxígeno.