Juan Perón sufrió una serie de ataques cardíacos el 28 de junio de 1974; Isabel fue convocada a casa de una misión comercial europea y juró secretamente como presidenta en funciones al día siguiente. Juan Perón murió el 1 de julio de 1974, menos de un año después de su tercera elección al cargo. Como vicepresidenta, su viuda ascendió formalmente a la presidencia, convirtiéndose así en la primera mujer en el mundo en tener el título de «Presidenta», aunque no fue la primera mujer en dirigir un país. Era conocida popularmente como La Presidente.
Aunque carecía del carisma de Evita Perón, la viuda doliente al principio atrajo el apoyo de la nación. Se comprometió a defender las políticas de economía social de mercado encarnadas en el «Pacto Social» de 1973, así como el nacionalismo económico de larga data de su esposo; sus primeras decisiones importantes de política económica fueron la promulgación de una nueva ley de contratos de empleo a favor del trabajo y la concesión a YPF de un monopolio sobre las estaciones de servicio. Incluso grupos de izquierda, que se habían peleado con Juan Perón en meses anteriores, le ofrecieron públicamente su apoyo. Sin embargo, canceló reuniones con varios grupos políticos y constituyentes, y la simpatía resultante de la muerte de su esposo pronto se disipó. Su gobierno purgó a la mayoría de los izquierdistas de los puestos universitarios y de la administración, y (como lo habían hecho su esposo y otros presidentes argentinos) utilizó los poderes de intervención federal para derrocar a los gobernadores izquierdistas. Tras una serie de asesinatos políticos y una ruptura de los Montoneros con el gobierno, el 30 de septiembre Perón firmó la Ley Antiterrorista. Esta fue la primera de una serie de medidas que erosionaron los derechos constitucionales, aparentemente en aras de combatir la violencia de izquierda.
Otra fuente de disputa entre ella y los votantes fue la creciente impresión de que José López Rega, el Ministro de Bienestar Social, estableció la agenda para una amplia franja de las políticas de Perón, investigando casi toda la política interna y exterior. Su comportamiento público, que incluía acciones extrañas como pronunciar en silencio sus palabras mientras hablaba, comenzó a costarle al presidente el apoyo que tanto necesitaba entre el público argentino. Conocido por tener simpatías fascistas, López Rega también era notablemente corrupto y usó su posición para asegurar asociaciones comerciales con Otto Skorzeny, el líder libio Muammar Gaddafi y el fascista italiano Licio Gelli (a cuya logia P-2 pertenecía López Rega).
La mayor influencia de López Rega en la presidencia de Isabel Perón llegó a través de su recién formada Alianza Anticomunista Argentina (Triple A). Una fuerza paramilitar de derecha, entre finales de 1973 y finales de 1974, la Triple A ya había llevado a cabo casi 300 asesinatos, incluyendo el del Profesor Silvio Frondizi (hermano del ex Presidente Arturo Frondizi), el congresista Rodolfo Ortega Peña, el activista Padre Carlos Mugica, el Subdirector de Policía de la Provincia de Buenos Aires Julio Troxler, el ex Vicegobernador de Córdoba Atilio López y el ex jefe del Ejército chileno Carlos Prats. Otros funcionarios públicos prominentes, como el senador Hipólito Solari Yrigoyen de la UCR, y el presidente de izquierda de la Universidad de Buenos Aires, Rodolfo Puiggrós, sobrevivieron por poco a los ataques de Triple A; Puiggrós fue destituido de su cargo.
Extremistas de izquierda también cometieron atrocidades. Organizados en 1968, los Montoneros anarquistas asesinaron al ex jefe de Estado Pedro Aramburu, al popular Secretario General de la CGT José Ignacio Rucci, al dirigente sindical de los trabajadores de la construcción Rogelio Coria, al ex Ministro del Interior Arturo Mor Roig y a los EE.UU. El cónsul John Egan, entre otros asesinatos y secuestros. A lo largo de 1974, el surgimiento de un nuevo grupo trotskista casi igual de violento, el ERP, se sumó al ciclo de violencia. Habiendo ganado notoriedad después del asesinato del ejecutivo de FIAT Oberdan Sallustro, el ERP comenzó el año con un violento asalto al cuartel Azul. Asesinó, entre otros, a un juez de lo penal, Jorge Quiroga; al escritor Jordán Bruno Genta; y al editor del centrista de La Plata El Día, David Kraiselburd. El secuestro del ejecutivo de la Esso, Victor Samuelson, liberado por un rescate de 12 millones de dólares, encendió lo que se convertiría en una serie de crímenes de este tipo. Sin embargo, el gobierno y los paramilitares utilizaron este entorno para atacar y asesinar a muchos opositores legítimos del régimen, como se mencionó anteriormente.
Tras el asesinato del Jefe de Policía de Buenos Aires Alberto Villar (uno de los colaboradores más cercanos de López Rega en la Triple A) y su esposa, así como en medio de la creciente actividad del ERP en la provincia de Tucumán, Perón fue persuadido para declarar el estado de sitio el 6 de noviembre (suspendiendo, entre otros derechos, el habeas corpus). La censura también aumentó notablemente, culminando con el cierre por decreto de uno de los principales diarios de América Latina (Crónica) y varias otras publicaciones, así como la prohibición de figuras de la televisión argentina como la presentadora de programas de entrevistas Mirtha Legrand y el comediante Tato Bores.
La Operación Independencia comenzó en Tucumán el 5 de febrero de 1975. Esta campaña militar, aunque exitosa desde un punto de vista militar, ganó notoriedad por su brutalidad; además de perseguir a los insurgentes, atacó a funcionarios electos, magistrados, profesores de la Universidad de Tucumán e incluso maestros de secundaria.
El gobierno se volvió contra el movimiento obrero, el pilar del peronismo durante la mayor parte de un cuarto de siglo, clasificándolo como «subversivo» y sujeto a represalias. La elección de noviembre de 1974 de un delegado sindical de izquierda en una fábrica de acero de Villa Constitución y su desaprobación por el líder de los trabajadores siderúrgicos Lorenzo Miguel (una figura líder en la CGT de paramount), dio lugar a un brutal asalto policial el 20 de marzo de 1975 a la instalación. La redada, llevada a cabo conjuntamente con la Triple A, llevó a la «desaparición» de muchos de los 300 trabajadores arrestados.
Acumulando a la Secretaría de Inteligencia del Estado (SIDE) con fascistas leales a él, López Rega aceleró una intriga sin precedentes, que culminó con el secuestro de Jorge y Juan Born, prominentes ejecutivos locales que pagaron 60 millones de dólares por su liberación (un récord mundial en ese momento). Usando contactos de los muchos agentes dobles de los Montoneros, la agencia mantuvo a los hermanos Nacidos en una conocida casa de seguridad LATERAL durante nueve meses hasta su liberación en junio de 1975 sin sospecha pública de participación del LADO, una exitosa operación de bandera falsa que llevó a otros (aunque menos ambiciosos) en los meses siguientes. López Rega, mientras tanto, arregló el despido de muchos de los políticos más competentes que Perón había heredado de la breve presidencia de su esposo; en mayo de 1975, tanto el Ministro de Economía José Ber Gelbard como el presidente del Banco Central Alfredo Gómez Morales habían sido reemplazados por partidarios derechistas de López Rega.
Isabel Perón mantuvo inicialmente el Pacto Social heredado de su marido, y logró reforzarlo con reformas como la promulgación en diciembre de 1974 de impuestos sobre la nómina para fortalecer el Sistema de Jubilación Pública. Cediendo a la presión del trabajo, ignoró el aspecto de la política de ingresos del Pacto Social, sin embargo, y mientras la economía se mantuvo estable, se produjo una espiral de precios/salarios con un aumento de la inflación de un mínimo del 12% anual en el apogeo del Pacto Social en mayo de 1974 al 80% un año después. El Pacto Social también se enfrentó a una creciente oposición por parte de los empleadores, particularmente después de que los miembros conservadores del Consejo Económico General (CGE) se separaran del CGE conciliador en marzo de 1975 para formar el APEGE más combativo; este grupo adoptaría más tarde la táctica de organizar cierres patronales recurrentes contra la administración.
Ante déficits comerciales y presupuestarios récord, el nuevo Ministro de Economía, Celestino Rodrigo, procedió a aplicar terapia de choque económico en junio. Estas medidas duplicaron las tasas y tarifas y ordenaron una sorprendente reducción a la mitad del valor del peso, lo que, al obligar a los que podían a ir en estampida hacia el dólar estadounidense, destruyó el frágil equilibrio financiero que se había mantenido hasta ese momento. Los precios al consumidor se duplicaron solo entre mayo y agosto de 1975, y aunque se habían negociado fuertes aumentos salariales obligatorios entre el gobierno, los trabajadores y los empleadores, el choque resultante (conocido como el Rodrigazo) encendió protestas en toda Argentina, incluida una huelga general de dos días de la CGT (la primera en la historia contra una administración peronista). Tras las protestas frente a sus oficinas, el ahora odiado José López Rega fue nombrado rápidamente Embajador en España y embarcó en un vuelo al exilio.
Caída de Powereditar
López Rega abandonó el país el 19 de julio. Poco después, Perón despidió a sus protegidos en el Ministerio de Economía, Celestino Rodrigo, y en el Alto Mando de las Fuerzas Armadas, el General Alberto Numa Laplane, a quien reemplazó en agosto con el General Jorge Videla, un oficial de carrera tranquilo con un historial militar sin incidentes. El nombramiento por parte de la presidenta de un economista pragmático, el caballo de batalla peronista Antonio Cafiero, y su anuncio de licencia el 13 de septiembre, aliviaron a amplios sectores de la sociedad, desde los sindicatos hasta los negocios. Designando al presidente del Senado Ítalo Lúder, un peronista moderadamente conservador, en su lugar, se esperaba ampliamente que su licencia se convirtiera en permanente; pero no fue así.
Limitado en gran medida al asesinato de fuerzas de seguridad y figuras públicas durante 1974, la violencia política se intensificó durante 1975 para incluir objetivos blandos en la población en general, ya que los trotskistas ERP y los extremistas fascistas de la Triple A comenzaron a tomar rayos de medianoche unos contra otros y objetivos civiles como bancos, autobuses, yates, estacionamientos y restaurantes. Se perdieron más de 700 vidas a causa de la violencia política durante los primeros 15 meses de gobierno de la Sra. Perón, de los cuales más de la mitad eran subversivos y la mayoría del resto eran fuerzas de seguridad; en marzo de 1976, la mitad de las 1.358 muertes atribuibles a este conflicto eran civiles. Los Montoneros, además, iniciaron una serie de ataques audaces contra instalaciones militares, incluyendo la dinamita de agosto del destructor casi terminado Santísima Trinidad cerca del puerto de La Plata y la Operación Primicia, un ataque terrorista contra una base militar en la provincia de Formosa el 5 de octubre. Ansiosa por aplacar al exasperado público, a los militares, a los líderes obreros de línea dura (particularmente a Lorenzo Miguel, de los siderúrgicos) y a la mayoría de los peronistas, el 6 de octubre ella y Lúder firmaron nuevas medidas que otorgaban inmunidad general a las Fuerzas Armadas para que pudieran (en sus palabras) «aniquilar a elementos subversivos en todo el país», en efecto una extensión a nivel nacional del estado de sitio que se había impuesto en Tucumán. La medida le ganó el apoyo suficiente para regresar de la «baja por enfermedad» y el 17 de octubre (el Día de Lealtad históricamente central de los Peronistas), Perón apareció en el balcón de la Casa Rosada, de vuelta en su puesto.
Su salud seguía siendo frágil, sin embargo, y una afección de la vesícula biliar la obligó a tomar una segunda licencia más corta en noviembre. La propuesta del ministro del Interior, Ángel Robledo, de que las elecciones (programadas para marzo de 1977) se celebraran en noviembre de 1976, fue aprobada por el presidente durante esta licencia, lo que trajo una renovada esperanza de que aún se pudiera evitar un golpe de Estado cada vez más rumoreado.
La ansiedad por la inflación, mientras tanto, continuó dominando la vida diaria. La inflación mensual se desaceleró desde el (entonces récord) 35% registrado en julio, pero se mantuvo en 10-15% mensual entre septiembre y enero de 1976. Sin embargo, una caída repentina de la inversión empresarial había llevado a la economía a una fuerte recesión. El crecimiento del PIB ya se había desacelerado de una tasa de 6,8% en el cuarto trimestre de 1974 a 1,4% en el segundo trimestre; después de la crisis de Rodrigazo, la economía se contrajo 4,4% en el primer trimestre de 1976, con la inversión fija cayendo en una sexta parte y la producción de automóviles en una tercera parte. La recesión de mediados de año había frenado significativamente el crecimiento de las importaciones; pero debido a que las exportaciones continuaron cayendo, el déficit comercial alcanzó un récord de mil millones de dólares en 1975, casi agotando las reservas de divisas. El presupuesto del gobierno para 1975 se había descarrilado debido a la crisis y a los compromisos anteriores de cancelar su entonces modesta deuda externa, algo que aun así le costó a Argentina 2.500 millones de dólares ese año, solo. Los déficits presupuestarios resultantes (más de US billion 5 mil millones, en 1975) y una serie de cierres patronales en los sectores agrícola y comercial comenzaron a reafirmar la presión sobre los precios después de noviembre, lo que llevó al acaparamiento y la escasez.
El nombramiento del General de Brigada Héctor Fautario, un leal de Perón, al alto mando de la rama, alimentó un mayor apoyo en la Fuerza Aérea para la acción contra su administración, y el 18 de diciembre, el General Jesús Capellini intentó un golpe de Estado al tomar el Aeropuerto y la Base Aérea de Morón. Los jefes militares, sin embargo, que obtuvieron la destitución de Fautario, detuvieron la mano del motín, concluyendo en secreto que el momento era prematuro. En parte en respuesta, el ERP casi derrotado el 23 de diciembre sitió la importante Armería de Monte Chingolo, que se cobró la vida de seis militares y 85 miembros de la guerrilla; esta derrota marcó el fin de la violenta campaña del ERP.
En agosto surgieron acusaciones de que Perón había malversado grandes sumas de la Cruzada de Solidaridad, una organización benéfica administrada por el gobierno, en sus cuentas personales en España. Una investigación del Congreso iniciada en noviembre sobre las acusaciones de malversación de fondos de caridad había disipado su apoyo restante en el Congreso, lo que provocó la salida del segundo partido más grande de la alianza FREJULI, el MID centrista, y dividió el caucus peronista en facciones «vericalistas» y «Rebeldes». Su administración recibió nuevos golpes políticos desde dentro de su propio partido con una ruptura en diciembre con el gobernador de Buenos Aires Victorio Calabró, quien declaró que «no lo lograremos» y con la renuncia en enero de 1976 del Ministro del Interior Ángel Robledo, su principal punto de referencia legislativo y militar.
Isabel Perón otorgó concesiones de política cada vez más significativas a los militares en gran parte conservadores en los primeros meses de 1976, desde asuntos de seguridad hasta económicos. El ministro de Economía, Antonio Cafiero, apoyado por los trabajadores, fue despedido en febrero, y su reemplazo, Eugenio Mondelli, anunció nuevas medidas de terapia de choque similares al Rodrigazo del año anterior, el Mondelazo. Estas medidas incluyeron fuertes subidas en las tarifas de los servicios públicos y una nueva devaluación del ya destrozado peso, lo que provocó que los precios se duplicaran en los próximos tres meses (la inflación alcanzó un nuevo récord de más del 700% en abril) y lideró una nueva ola de huelgas y cierres patronales.
La UCR inició un proceso de destitución contra el Presidente en febrero con el apoyo de la facción peronista «Rebelde» en el Congreso. A punto de ser derrotados, aunque todavía activos, los Montoneros detonaron una bomba en el cuartel general del Ejército el 15 de marzo, matando a uno e hiriendo a 29 personas. El jefe de la CGE, Julio Broner, salió de Argentina con su familia, por completo; el Secretario General de la CGT, Casildo Herreras, hizo lo mismo, anunciando desde el exilio que se había «borrado» a sí mismo. El líder de la opositora UCR, Ricardo Balbín, mientras se esforzaba por formar un comité de crisis multipartidista en el Congreso, celebró una reunión privada en febrero con el Jefe de Estado Mayor del Ejército, Videla, y le dijo: «Si planeas organizar un golpe de Estado, hazlo lo antes posible, no esperes aplausos de nosotros, pero tampoco obstáculos.»Para entonces, los medios de comunicación estaban contando abiertamente los días para el esperado golpe de Estado, y varios periódicos publicaron editoriales pidiendo el derrocamiento de Perón. A pesar de que el estado mayor conjunto profesaba lealtad a La Presidente, el Alto Mando de las Fuerzas Armadas ya había dado la aprobación final a un golpe de estado, llamado en clave «Operación Aries», cuando la presidenta regresó de su ausencia en octubre de 1975.
Después de trabajar hasta altas horas de la noche del 23 de marzo de 1976, con la esperanza de evitar un nuevo cierre patronal, Perón celebró el cumpleaños de su asistente ejecutiva con el personal. Alertada de ejercicios militares sospechosos, abordó el helicóptero presidencial poco después de la medianoche. No la llevó a la residencia presidencial de la Quinta de Olivos, sino a una base de la Fuerza Aérea en el cercano Aeropuerto Internacional Jorge Newbery, donde fue formalmente depuesta y arrestada.