microRNA.org sitio web
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Resumen microRNA.org el sitio web es un recurso completo (base de datos) de predicciones de objetivos de microRNA y perfiles de expresión.
Las predicciones de objetivos se basan en un desarrollo del algoritmo miRanda que incorpora el conocimiento biológico actual sobre las reglas de objetivos y el uso de un compendio actualizado de microRNAs de mamíferos (véase más adelante…).
Los sitios objetivo predichos por miRanda se puntúan para la probabilidad de regulación descendente del ARNm utilizando mirSVR, un modelo de regresión que se entrena en las características de secuencia y contextuales del duplex de ARNm::Mirna predicho (ver a continuación…)
Los perfiles de expresión se derivan de un proyecto de secuenciación integral de un gran conjunto de tejidos y líneas celulares de mamíferos de origen normal y de enfermedad.
Este sitio web permite a los usuarios explorar:
1) El conjunto de genes que están potencialmente regulados por un microRNA en particular.
2) La co-aparición de sitios de destino previstos para múltiples ARNm en un ARNm.
3) Perfiles de expresión de microRNA en varios tejidos de mamíferos.
Nueva versión del algoritmo de predicción de objetivos miRanda
Las predicciones de objetivos se realizan utilizando el algoritmo miRanda que calcula la complementariedad de secuencias óptima entre un conjunto de microRNAs maduros y un ARNm dado utilizando un algoritmo de programación dinámica ponderada.
Para obtener información detallada adicional sobre la(s) predicción (es) Objetivo (s), consulte el documento: The microRNA.org recurso: objetivos y expresión. Betel D, Wilson M, Gabow A, Marks DS, Sander C., Nucleic Acids Res. 2008 Jan; 36 (Edición de la base de datos): D149-53.
Ha habido varias correcciones y simplificaciones menores en el código fuente de miRanda. Los cambios incluyen:
1) argumentos de línea de comandos predeterminados alterados a-sc 140-go -9-ge -4-en 1 (sin filtrado de energía);
2) Se ha eliminado el límite de longitud UTR;
3) Se ha ajustado el filtrado de solapamiento de los sitios de destino previstos; se requiere solapamiento en la región de inicio para filtrar; y
4) Se han corregido los desplazamientos en las líneas de salida «puntuación para este análisis» y en la salida-keyval.
Predicción de los sitios objetivo por miRanda —
Debido al filtrado más flexible de la interfaz del sitio web de los sitios objetivo previstos, los fabricantes han utilizado un umbral de puntuación de alineación de 120 en lugar del umbral anterior de 140.
De forma predeterminada, la interfaz del sitio web filtrará muchos de estos sitios de menor puntuación, pero tiene varios criterios que se pueden ajustar para permitirle verlos.
Puntuación de los sitios objetivo previstos por mirSVR
Los detalles del método de puntuación mirSVR se pueden encontrar en el documento: El modelado integral de objetivos de microRNA predice sitios funcionales no conservados y no canónicos. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genome Biology 2010 11: R90.
Brevemente, mirSVR es un ‘modelo de regresión’ que calcula una suma ponderada de un número de características de secuencia y contexto del duplex de miRNA::mRNA predicho. Las características se dividen ampliamente en tres (3) tipos:
1) Características dúplex que incluyen emparejamiento de base en la región semilla y extremo de 3′ del miRNA;
2) Características de secuencia que incluyen la composición A/U cerca de los sitios objetivo y la accesibilidad de la estructura secundaria; y
3) Características globales como la longitud de la UTR, la posición relativa del sitio objetivo en la UTR y la puntuación de conservación.
Las puntuaciones de regulación descendente de mirSVR se calibran para correlacionarse linealmente con el alcance de la regulación descendente y, por lo tanto, permiten una puntuación precisa de genes con múltiples sitios objetivo mediante la simple adición de las puntuaciones objetivo individuales.
Además, los puntajes pueden interpretarse como una probabilidad empírica de regulación descendente, lo que proporciona una guía significativa para seleccionar un punto de corte de puntuación.
Además, el enfoque compuesto de alineamientos generados por miRanda y puntajes mirSVR permite la predicción juiciosa de sitios no canónicos (aquellos con desajuste o oscilación de GU en la región semilla) sin inflar el número de predicciones falsas.
El lanzamiento de agosto de 2010 de microRNA.org incluye todas las predicciones del sitio objetivo que tengan un sitio de semilla de 6 mer o mejor, o una puntuación mirSVR = -0.1.
MirSVR tiene en cuenta la conservación al calcular una puntuación, por lo que ya no hay ningún límite predefinido para filtrar los sitios objetivo.
Sin embargo, los usuarios pueden restringir la visualización de la interfaz utilizando la conservación como criterio. La determinación de la puntuación de conservación para los sitios objetivo previstos ahora es sensible a los sitios que abarcan cruces intrones.
El lanzamiento de agosto de 2010 de microRNA.org contiene:
1) 16,228,619 sitios diana de microRNA previstos en 34.911 isoformas de 3’UTR distintas de 19.898 genes humanos.
2) 7,459,149 sitios diana de microRNA predichos en 28,287 3’UTR distintos de isoformas de 19,231 genes de ratón.
3) 586,068 sitios diana de microRNA predichos en 6,865 3’UTR distintos de isoformas de 6,256 genes de rata.
4) 345.671 sitios diana de microRNA previstos en 12.285 3’UTR distintos de isoformas de 10.532 genes de mosca de la fruta.
5) 230.901 sitios diana de microRNA previstos en 12.228 3’UTR distintos de isoformas de 10.124 genes de nematodos.
6) Sitios objetivo para 1.100 microRNAs humanos.
7) Sitios de destino para 717 microRNAs de ratón.
8) Sitios de destino para 387 microRNAs de rata.
9) Sitios objetivo para 186 microRNAs de mosca de la fruta.
10) Sitios de destino para 233 microRNAs de nematodos.
Nota: Las predicciones de destino de microRNA y los datos de expresión están disponibles como archivos delimitados por tabulaciones. Ver la pestaña Descargas en el microRNA.org sitio web.
Requisitos del sistema
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Fabricante
- Centro de Biología Computacional (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 USA
- Tel: +1 646 888 2602 o +1 646 888 2606
- Fax: +1 646 422 0717 1275
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Precio Contacto fabricante.
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