Se conocen cinco tipos de zimógenos de pepsinas, proteinasas digestivas gástricas: pepsinógenos A, B y F, progastricsina y proquimosina. Hasta la fecha se han determinado las secuencias de aminoácidos y/o nucleótidos de más de 50 pepsinógenos distintos del pepsinógeno B. Los análisis filogenéticos basados en estas secuencias indican que la progastricsina divergió primero seguida de la proquimosina, y que los pepsinógenos A y F están más estrechamente relacionados. Las estructuras terciarias, clarificadas por cristalografía de rayos X, son comúnmente bilobales con una gran hendidura en el sitio activo entre los lóbulos. Dos aspartatos en el centro de la hendidura, Asp32 y Asp215, funcionan como residuos catalíticos, y por lo tanto los pepsinógenos se clasifican como proteinasas aspárticas. La conversión de pepsinógenos en pepsinas procede autocatalíticamente a pH ácido por dos vías diferentes, una vía de un solo paso para liberar el segmento de activación intacto directamente, y una vía paso a paso a través de una(s) pseudopepsina (s). La hendidura del sitio activo es lo suficientemente grande como para acomodar al menos siete residuos de un sustrato, formando así subsitios de S4 a S3. Los aminoácidos hidrófobos y aromáticos se prefieren en las posiciones P1 y P1′. Las interacciones en subsitios adicionales son importantes en algunos casos, por ejemplo con la escisión de κ-caseína por quimosina. Se conocen dos potentes inhibidores naturales: la pepstatina, un pentapéptido de Streptomyces, y un inhibidor proteico único de Ascaris. Los genes del pepsinógeno comprenden nueve exones y pueden ser múltiples, especialmente para el pepsinógeno A. Este último y la progastricsina predominan en animales adultos, mientras que el pepsinógeno F y la proquimosina son las formas principales en el feto / bebé. El cambio de expresión génica de pepsinógenos de tipo fetal/infantil a pepsinógenos de tipo adulto durante el desarrollo postnatal es notable, ya que está regulado por varios factores, incluidas las hormonas esteroides.