VentajasedItar
Cuando TopHat salió por primera vez, era más rápido que los sistemas anteriores. Mapeó más de 2,2 millones de lecturas por hora de CPU. Esa velocidad permitió al usuario procesar y experimentar todo el RNA-Seq en menos de un día, incluso en una computadora de escritorio estándar. Tophat usa pajarita al principio para analizar las lecturas, pero luego hace más para analizar las lecturas que abarcan las uniones exón-exón. Si está utilizando TopHat para datos de ARN-Seq, obtendrá una lectura más alineada con el genoma de referencia.
Otra ventaja de TopHat es que no necesita depender de sitios de empalme conocidos al alinear lecturas con un genoma de referencia.
DesventajasedItar
TopHat se encuentra en una etapa de bajo mantenimiento y bajo soporte, y contiene errores de software que han generado software de posprocesamiento de terceros para corregir. Ha sido reemplazado por HISAT2, que es más eficiente y preciso y proporciona la misma funcionalidad de núcleo (alineación empalmada de lecturas de ARN-Seq).
Los protocolos más nuevos son más eficientes ahora, en comparación con TopHat, como gemelos, ESTRELLA y limma.
