En el relato bíblico, después de la finalización de la conquista de Canaán por los israelitas, Josué asignó la tierra entre las doce tribus. Kenneth Kitchen, un conocido arqueólogo bíblico, data este evento un poco después de 1200 a. C., mientras que otros eruditos disputan la historicidad del Libro de Josué.
Neftalí se estableció en el lado oriental de Galilea (al oeste inmediato del Mar de Galilea), en las áreas ahora conocidas como la Baja Galilea y la Alta Galilea, bordeadas al oeste por Aser, al norte por Dan, al sur por Zabulón y al este por el río Jordán. La ciudad más importante fue Hazor.
Bordeando el Mar de Galilea, estaba la llanura altamente fértil de Genesaret, caracterizada por Josefo como la ambición de la naturaleza, un paraíso terrenal, y con la parte sur de la región actuando como un paso natural entre las tierras altas de Canaán, varias carreteras principales (como las de Damasco a Tiro y Acre) la atravesaban. La prosperidad que esta situación trajo está aparentemente profetizada en la Bendición de Moisés, aunque los eruditos textuales ven esto como una postdicción, datando el poema mucho después de que la tribu se hubiera establecido en la tierra.
Desde la conquista de la tierra por Josué hasta la formación del primer Reino de Israel en c. 1050 a. C., la Tribu de Neftalí fue parte de una confederación suelta de tribus israelitas. No existía un gobierno central, y en tiempos de crisis el pueblo estaba dirigido por líderes ad hoc conocidos como Jueces (véase el Libro de Jueces). Con el crecimiento de la amenaza de las incursiones filisteas, las tribus israelitas decidieron formar una fuerte monarquía centralizada para hacer frente al desafío, y la Tribu de Neftalí se unió al imperio nuevo con Saúl como primer rey. Después de la muerte de Saúl, todas las tribus excepto Judá permanecieron leales a la Casa de Saúl, pero después de la muerte de Is-boset, hijo de Saúl y sucesor al trono de Israel, la Tribu de Neftalí se unió a las otras tribus israelitas del norte para hacer a David, que entonces era el rey de Judá, rey de un Reino unido de Israel. Sin embargo, con el ascenso de Roboam, nieto de David, en c. 930 a. C., las tribus del norte se separaron de la Casa de David para reformar un Reino de Israel como el Reino del Norte.
En c. 732 a. C., Peka se alió con Rezín, rey de Aram, amenazó a Jerusalén, y Acaz, rey de Judá, apeló a Tiglat-Pileser III, rey de Asiria, en busca de ayuda. Después de que Acaz pagara tributo a Tiglat-Pileser, (2 Reyes 16:7-9) Tiglat-Pileser saqueó Damasco e Israel, anexionando Aram y una gran parte de Israel, «incluyendo toda la tierra de Neftalí.»Según 2 Reyes 16: 9 y 15: 29, la población de Aram y la parte anexionada de Israel fue deportada a Asiria. El reino de Israel continuó existiendo hasta el año 723 a. C., cuando fue invadido de nuevo por Asiria y el resto de la población deportada.
Desde entonces, la Tribu de Neftalí ha sido contada como una de las Diez Tribus Perdidas de Israel. Salmos 1: 24