En 1975, después de la muerte de Franco, el lugar fue designado por el Gobierno interino, asegurado por el Príncipe Juan Carlos y el Primer Ministro Carlos Arias Navarro, como el lugar de entierro de Franco. Según su familia, Franco no quería ser enterrado en el Valle, sino en la ciudad de Madrid. Sin embargo, la familia accedió a la solicitud del Gobierno interino de enterrarlo en el Valle, y ha mantenido la decisión.
Antes de su muerte, nadie esperaba que Franco fuera enterrado en el Valle. Además, la tumba tuvo que ser excavada y preparada en dos días, forzando cambios de última hora en el sistema de fontanería de la Basílica. A diferencia de los caídos de la Guerra Civil que fueron enterrados en tumbas especiales detrás de las capillas a los lados de la basílica, Franco fue enterrado detrás del altar mayor, en la nave central. Su tumba está marcada por una sencilla lápida grabada con solo su nombre cristiano y su primer apellido, en el lado del coro del altar mayor principal (entre el altar y el ábside de la Iglesia; detrás del altar, desde la perspectiva de una persona de pie en la puerta principal).
Franco es la única persona enterrada en el Valle que no murió en la Guerra Civil. El argumento dado por los defensores de su tumba es que en la Iglesia Católica el desarrollador de una iglesia puede ser enterrado en la iglesia que ha promovido. Por lo tanto, Franco estaría en el Valle como promotor de la construcción de la basílica.
Franco fue la segunda persona enterrada en la basílica de Santa Cruz. Franco había enterrado anteriormente a José Antonio Primo de Rivera, el fundador del movimiento de la Falange, que fue ejecutado por el gobierno republicano en 1936 y fue enterrado por el gobierno franquista bajo una modesta lápida en el lado de la nave del altar. Primo de Rivera murió el 20 de noviembre de 1936, exactamente 39 años antes que Franco. Su tumba está en la posición correspondiente al otro lado del altar. En consecuencia, el 20 de noviembre es conmemorado anualmente por grandes multitudes de partidarios de Franco y varios movimientos e individuos sucesores de Falange, que acuden a las Misas de Réquiem celebradas para el descanso de las almas de sus líderes políticos.
Exhumación y remoción de Restos de Franquoeditar
El 29 de noviembre de 2011 la Comisión de Expertos para el Futuro del Valle de los Caídos, formada por el gobierno del Partido Socialista Obrero Español (PSOE) de José Luis Rodríguez Zapatero el 27 de mayo de 2011 en virtud de la Ley de Memoria Histórica y encargada de asesorar para convertir el Valle en un «centro de memoria que dignifique y rehabilite a las víctimas de la Guerra Civil y el posterior franquismo», emitió un informe recomendando como su propuesta principal para el fin declarado de la Comisión la remoción de los restos de Franco del Valle para volver a enterrarlo en un lugar elegido por su familia, pero solo después de obtener un amplio consenso parlamentario para tal acción. La Comisión basó su decisión en que Franco no había muerto en la Guerra Civil y en el objetivo de la Comisión de que el Valle fuera exclusivamente para aquellos de ambos lados que habían muerto en la Guerra Civil. Con respecto a Primo de Rivera, la Comisión recomendó que, como víctima de la Guerra Civil, sus restos permanecieran en el Valle, pero se reubicaran en el mausoleo de la Basílica en pie de igualdad con los restos de otras personas que murieron en el conflicto. La Comisión condicionó además su recomendación de retirar los restos de Franco del Valle y reubicar los restos de Primo de Rivera dentro del mausoleo de la Basílica al consentimiento de la Iglesia Católica, ya que «cualquier acción dentro de la Basílica requiere el permiso de la Iglesia.»Tres miembros de la comisión de doce personas emitieron una opinión disidente conjunta en contra de la recomendación de retirar los restos de Franco del Valle, alegando que tal acción solo dividiría y estresaría aún más a la sociedad española.»La Comisión propuso además para su informe la creación de un «centro de meditación» en el Valle para aquellos que no son de fe católica, los nombres que se muestran en la explanada que conduce al mausoleo de la Basílica de todas las víctimas de la Guerra Civil enterradas en el Valle que pueden ser identificadas y se construirá un «centro interpretativo» para explicar cómo y por qué existe el Valle. El coste total de los cambios propuestos en el Valle fue estimado por la Comisión en 13 millones de euros. El 20 de noviembre, nueve días antes de la emisión del informe de la Comisión e irónicamente en el 36 aniversario de la muerte de Franco, el conservador Partido Popular (PP) ganó en las Elecciones Generales de 2011 mayorías absolutas en la cámara baja, el Congreso de los Diputados y el Senado de España.
El 17 de julio de 2012, Soraya Sáenz de Santamaría, Vicepresidenta y Portavoz del gobierno declaró durante un interrogatorio parlamentario que el gobierno del Presidente Mariano Rajoy del PP no tenía intención de seguir las recomendaciones de la Comisión de Expertos con respecto a la remoción de los restos de Franco, la reubicación de los restos de Primo de Rivera dentro de la Basílica o de otra manera, ya que el gobierno considera que el informe carece de validez, ya que la Comisión era «monocolor» para la que el PP no fue invitado ni involucrado y que a la luz de la actual situación económica de España crisis, discusión y opinión en cuanto al Valle no se considerarían en este momento.
El 10 de octubre de 2012, una moción del Senador del Partido Nacionalista Vasco (PNV), Iñaki Anasagasti, presentada ante el pleno del Senado pidiendo la retirada de los restos de Franco del Valle recomendada por la Comisión de Expertos, fue rechazada por la mayoría del PP. Junto a la moción para retirar los restos de Franco, la mayoría del PP también rechazó una enmienda del PSOE para la creación de una comisión parlamentaria que buscara un consenso para la implementación de las recomendaciones de la Comisión de Expertos. En un discurso en su momento ante el Senado en defensa de los votos de su partido, el senador del PP Alejandro Muñoz-Alonso argumentó que no había consenso en la actualidad en España para implementar las recomendaciones de la Comisión de Expertos e incluso la Comisión de Expertos formada unilateralmente por el gobierno de Zapatero no fue unánime, y el asunto estaba ahora totalmente agotado por haber sido planteado ocho veces ante el Parlamento; y, luego, cerró sus comentarios citando de la Biblia diciendo, «que los muertos entierren a los muertos» por instar al Senado a la luz de la crisis económica de España a volver a abordar los «problemas de los vivos».»
El 8 de julio de 2013, una moción ante el Senado del Acuerdo Catalán de Progreso (ECP) para implementar todas las recomendaciones hechas por unanimidad por la Comisión de Expertos; es decir, todas las recomendaciones con la excepción de la remoción de los restos de Franco del Valle, fue rechazada por la mayoría del PP.
El 5 de agosto de 2013, el Gobierno del PP, mediante carta dirigida al diputado y ex ministro del PSOE, Ramón Jauregui, reafirmó su posición de que las recomendaciones de la Comisión de Expertos no se llevarían a la práctica, ya que hacerlo sin que, a juicio del gobierno del PP, un consenso en España para tal acción «reabriera innecesariamente viejas heridas». En relación con el gasto de casi 300.000 euros para restaurar la fachada de la Basílica, también cuestionado por el ex ministro Jáuregui, el gobierno de Rajoy declaró además en su correspondencia que dichos gastos están justificados, ya que tienen como objetivo garantizar que el monumento esté bien conservado y evitar el deterioro y los posibles riesgos para los visitantes.
El 4 de noviembre de 2013, la Vicepresidenta Soraya Sáenz de Santamaría volvió a declarar que, debido a la falta de consenso entre los españoles sobre el futuro del Valle, el gobierno del PP rechazaría cualquier legislación o solicitud que buscara retirar los restos de Franco del Valle para volver a enterrarlos en un lugar que elegiría su familia y cuestionó además la urgencia de que la legislación entonces presentada al Parlamento pidiera la eliminación de los restos de Franco, ya que durante todo el mandato de siete años del gobierno de Zapatero no se intentó cambia el Valle.
El 23 de noviembre de 2014, el gobierno del PP reafirmó una vez más su posición de que, dado que no existía un consenso social y político para hacerlo, no podía haber cambios o modificaciones en el Valle.
El 17 de diciembre de 2014, los miembros del PP y del Foro Asturias (FAC) de la Comisión de Cultura del Congreso de los Diputados rechazaron conjuntamente una propuesta de ley presentada por el PSOE para «redefinir» el Valle para reflejar una «cultura de coexistencia», y la enmienda de Izquierda Unida para exhumar los restos de Franco y Primo de Rivera, identificar los restos de todas las víctimas de la Guerra Civil enterradas en el mausoleo de la basílica, y atender las reclamaciones de los descendientes cuyos antepasados fueron enterrados allí sin el consentimiento de la familia. Durante el debate parlamentario sobre la propuesta del PSOE, la diputada del PP Rocío López argumentó «que los muertos descansen en paz «y el Valle es una iglesia y un cementerio concebidos como un lugar pacífico» sin significado político «para el encuentro y la reconciliación de ambos bandos de la Guerra Civil que no debe cambiarse ni modificarse, mientras que en apoyo de la propuesta, el diputado del PSOE Odón Elorza sostuvo que el monumento es en cambio un» símbolo de desprecio y exclusión » para los españoles.
El 9 de febrero de 2017, el PSOE presentó en la Comisión de la Comisión Constitucional del Congreso de los Diputados una moción no vinculante que pedía la retirada de los restos de Franco del Valle y la creación de una «comisión de la verdad» para investigar los años de Franco (1939-1975). El 8 de marzo de 2017, la moción del PSOE fue debatida y votada en comisión con solo el voto del PP no y la abstención de la Unión Popular Navarra (UPN), y todos los demás partidos votaron sí. El 3 de abril de 2017, la Comisión Constitucional del Senado rechazó una moción presentada por el PNV para volver a designar el Valle como centro de interpretación de la Guerra Civil.
El 11 de mayo de 2017, el Congreso de los Diputados aprobó en sesión plenaria, con 198 votos a favor, 1 en contra y 140 abstenciones, una moción no vinculante presentada por el PSOE para que se retiraran los restos de Franco del Valle y se reubicaran los restos de Primo de Rivera en un lugar menos prominente dentro del mausoleo de la Basílica. Diputados tanto del PP como de Izquierda Republicana de Cataluña (ERC) se abstuvieron con un voto sin haber sido realizado por error por un diputado del PP. La moción pedía además la creación de una comisión de la verdad, la declaración del 11 de noviembre como día de recuerdo de las víctimas del fascismo, que el gobierno emprendiera las acciones necesarias para localizar y exhumar las tumbas e identificar los restos de las víctimas de la Guerra Civil y la dictadura, y que el Valle se convirtiera de un «hito franquista y Nacional católico» en un «espacio de reconciliación y memoria colectiva y democrática, destinado a dignificar y reconocer a las víctimas de la Guerra Civil española y de la dictadura». El gobierno del PP respondió que no actuaría sobre la moción del PSOE en cuanto al Valle porque consideraba que el Valle ya no era un monumento franquista, ya que se regía por normas generalmente aplicables a lugares de culto y cementerios públicos y por ley se prohibían en el Valle actos de carácter político o exaltación de la Guerra Civil, sus protagonistas, o Franco y la Ley de Memoria Histórica no contemplaba ni pedía el desinterés de nadie.
El 18 de junio de 2018, el gobierno del PSOE del Primer ministro Pedro Sánchez, que llegó al poder el 2 de junio de 2018 tras una moción de censura contra el gobierno del PP de Mariano Rajoy, anunció su intención de retirar los restos de Franco del Valle. Dado que el PSOE solo tiene 85 diputados en un parlamento de 350, cualquier legislación para retirar los restos de Franco requeriría el apoyo de otros grupos. El 29 de junio de 2018, la Arquidiócesis de Madrid advirtió al gobierno español contra cualquier plan de exhumar los restos de Franco sin obtener previamente el acuerdo de las partes interesadas y declaró formalmente que está en contra de cualquier movimiento de los restos de Franco sin el consentimiento de su familia y antes de consultar con la Iglesia Católica. Además de su declaración, la Arquidiócesis de Madrid reafirmó su posición de que, aunque el Valle es oficialmente un monumento nacional, la Iglesia Católica debe ser consultada sobre asuntos relacionados con el entierro en virtud de acuerdos entre el Estado español y el Vaticano. El anuncio de la Archidiócesis de Madrid se hizo después de que Sánchez confirmara su intención de retirar los restos de Franco a finales de julio.
El 24 de agosto de 2018 el Gabinete del gobierno del PSOE aprobó un decreto que modifica dos aspectos de la ley de Memoria Histórica de 2007 para permitir la exhumación. Para que el decreto se convierta en ley, debe ser aprobado por votación del Congreso de los Diputados. El PP y el partido de centro-derecha Ciudadanos anunciaron que no apoyarían el decreto. El PP declaró además que apelaría la medida ante el Tribunal Constitucional argumentando que el uso de un decreto para cambiar la Ley de Memoria Histórica no es válido porque las modificaciones propuestas no responden a una situación de necesidad urgente. En el momento en que el gabinete aprobó el decreto, la Viceprimera Ministra Carmen Calvo declaró que el decreto ley requiere que la exhumación de los restos de Franco se realice entre 30 días y 12 meses de aprobación por el Congreso de los Diputados y que la familia de Franco tendría dos semanas para designar un lugar para volver a enterrar sus restos, y si no lo hacen, el gobierno español elegiría un lugar «digno y respetuoso» para volver a enterrar sus restos.
El 13 de septiembre de 2018 el Congreso de los Diputados aprobó por 176 votos a favor, 165 abstenciones y 2 votos en contra la propuesta de decreto del gobierno del PSOE para modificar dos aspectos de la ley de Memoria Histórica de 2007 para permitir la exhumación de los restos de Francisco Franco del Valle de los Caídos. Todos los diputados del Partido Socialista Obrero Español, Podemos, ERC, PNV, Partido Democrático Europeo Catalán (PDeCAT), EH Bildu, Coalició Compromís y la Coalición Canaria (CC) votaron a favor del decreto, mientras que los 165 votos de abstención fueron emitidos por diputados del PP y del Partido Ciudadano (C), con 2 votos de diputados del PP que se dice que se cometieron «por error».»Después de la votación, el PP reafirmó que apelaría la legalidad del decreto sobre la base de la falta de necesidad extraordinaria y urgente necesaria para tal decreto ley ante el Tribunal Constitucional.
El 15 de febrero de 2019, el Consejo de Ministros acordó seguir adelante con la exhumación y dio a la familia Franco 15 días para decidir dónde volver a enterrar sus deseos de que los restos de Franco fueran enterrados nuevamente, pero se prohibió el reingreso en la Catedral de La Almudena en Madrid por razones expuestas por el Consejo de Ministros de «orden público y seguridad», y anunció además que en caso de que la familia de Franco no respondiera dentro del período de 15 días, el Gobierno continuaría con la exhumación y el Consejo de Ministros decidir el lugar para el re-entierro de Los restos de Franco. La familia de Franco había manifestado previamente su intención de apelar ante el Tribunal Supremo la decisión del Gobierno.
El 8 de marzo de 2019 el Tribunal Supremo admitió el recurso de la familia Franco impugnando la constitucionalidad del acuerdo del Gobierno adoptado el 15 de febrero de 2019. Para su apelación, la familia también impugnó la constitucionalidad del rechazo por parte del gobierno de cualquier reingreso en la Catedral de La Almudena. El 12 de marzo de 2019, la Comunidad Benedictina de la Abadía del Valle de los Caídos apeló ante el Tribunal Supremo la constitucionalidad del acuerdo del Gobierno para la exhumación, alegando que la exhumación no puede llevarse a cabo sin «autorización eclesiástica».»Además, la apelación de la Comunidad Benedictina cuestionó la constitucionalidad del Decreto-Ley de octubre de 2018 por el motivo de que la Comunidad Benedictina sostiene que también requeriría la remoción de los restos de 20 monjes benedictinos enterrados en el Valle, pero que tampoco murieron en la Guerra Civil.
El 15 de marzo de 2019, el gobierno de Pedro Sánchez anunció que Franco sería exhumado y vuelto a enterrar en el Cementerio de Mingorrubio en El Pardo con su esposa Carmen Polo, y que la exhumación tendría lugar el 10 de junio de 2019, suponiendo que la Corte Suprema no emitiera una orden cautelar que impidiera la exhumación hasta que se adoptara una decisión sobre las apelaciones de la familia Franco y la Comunidad Benedictina que actualmente tiene ante sí.
El 19 de marzo de 2019 la Fundación Nacional Francisco Franco interpuso un recurso ante el Tribunal Supremo impugnando el acuerdo de febrero del Consejo de Ministros para que la exhumación sea «nula y sin efecto» por violar «abiertamente» no solo la Constitución, sino también el real decreto que modifica la ley de Memoria Histórica y «todas las normas que conforman el régimen jurídico» de la B, además de las leyes y reglamentos europeos. La Fundación Franco pidió además al Tribunal Supremo que suspendiera cualquier acción para retirar los restos de Franco durante la tramitación de su apelación.
El 4 de junio de 2019, los cinco magistrados de la Cuarta Sala de lo Contencioso Administrativo de la Corte Suprema suspendieron por unanimidad la exhumación en espera de una decisión final para los recursos de oposición a la exhumación interpuestos por la Familia Franco, la Comunidad Benedictina, la Fundación Franco y la Asociación para la Defensa del Valle de los Caídos.
El 24 de septiembre de 2019, el Tribunal Supremo se pronunció unánimemente a favor de la exhumación y rechazó los argumentos presentados por la familia de Franco. Se informó de que la exhumación podría tener lugar antes de las elecciones españolas del 10 de noviembre de 2019 y que los restos de inter Franco en el Cementerio de El Pardo se encontrarían.
El 21 de octubre de 2019, el gobierno anunció que los restos de Franco serían exhumados el 24 de octubre de 2019 del Valle y enterrados de nuevo en el Cementerio de Mingorrubio.
El 24 de octubre de 2019, en presencia de los familiares de Franco y de Dolores Delgado, Ministra de Justicia de España, el ataúd que contenía los restos de Franco fue exhumado de la basílica en el Valle de los Caídos. El ataúd fue llevado a la plaza por miembros de la familia del dictador, quienes exclamaron: ‘¡Viva España! ¡Viva Franco!¡Viva España! ¡Viva Franco!’) mientras lo bajaban en un coche fúnebre. Luego fue asegurado en un helicóptero de espera, que lo transportó al cementerio municipal de Mingorrubio-El Pardo, donde Franco fue enterrado de nuevo junto a su esposa, Carmen Polo. La familia Franco eligió a Ramón Tejero, un párroco andaluz, e hijo del teniente coronel de la Guardia Civil Antonio Tejero, que irrumpió violentamente en el Parlamento español durante el fallido golpe militar del 23 de febrero de 1981, para celebrar la misa en la ceremonia de reinterpretación.