Eugene Science Center è stato fondato nel 1961 come Southwest Oregon Museum of Science and Industry (SWOMSI). SWOMSI ha ricevuto il sostegno iniziale dalla sua organizzazione madre, Oregon Museum of Science and Industry (OMSI) di Portland, ma poco dopo è diventato un museo indipendente con un consiglio di amministrazione composto principalmente da educatori locali.
SWOMSI occupò per la prima volta la Oregon Electric Railway Station, attualmente l’Oregon Electric Station restaurant, situato tra la 5th Avenue e Willamette Street. Durante i suoi primi anni nella Oregon Electric Railway Station, SWOMSI offriva mostre e lezioni e organizzava spettacoli planetari nello Spitz Planetarium, una struttura gestita da OMSI.
Nel 1973, trovando la stazione ferroviaria inadeguata e il Planetario di Spitz vicino alla fine della sua vita utile, il Consiglio di amministrazione di SWOMSI si rivolse ai commissari della contea di Lane per chiedere spazio nel nuovo Alton Baker Park. Dopo una pausa da OMSI, SWOMSI divenne il Willamette Science and Technology Center (WISTEC). Importanti finanziamenti per il nuovo museo sono stati ottenuti sotto l’Amministrazione dello sviluppo economico e ciascuno dei membri del consorzio (Lane Community College, Lane Education Service District, University of Oregon e WISTEC) ha contribuito in modo sostanziale al progetto, finanziariamente e attraverso servizi in natura. A quel tempo, l’Oregon Electric Railway Station fu venduta e 5 50.000 in fondi WISTEC furono messi in costruzione dell’attuale edificio ad Alton Baker Park.
Dal 1978-79 fu costruito l’edificio WISTEC e il nuovo planetario. Quando la città di Eugene ha preso il controllo della maggior parte di Alton Baker Park a metà degli anni 1980, ha anche preso la proprietà dell’edificio WISTEC. WISTEC ha aperto nella sua posizione attuale nel 1980. Il planetario era a quel tempo funzionalmente e finanziariamente separato dal museo. Il planetario alla fine divenne l’unica responsabilità del Lane Education Service District e fu chiuso nel dicembre 2002, dopo una crisi di finanziamento. Nel gennaio 2002, WISTEC ha cambiato il suo nome in Fabbrica della scienza e con il trasferimento del planetario alla proprietà della fabbrica della scienza nel 2003, è diventato il Museo dei bambini della fabbrica della Scienza & Planetario. Il nome è tornato a Science Factory nel 2016 e poi formalmente cambiato in Eugene Science Center nel gennaio 2018.