La maladie cœliaque (MC) est une maladie complexe liée au système immunitaire avec une très forte composante génétique. De multiples découvertes génétiques au cours de la dernière décennie ont ajouté à l’influence déjà connue du CMH de nombreuses variantes génétiques associées à la sensibilité à la CD. À l’heure actuelle, il est bien établi que 6 locus du CMH et 39 locus non du CMH, y compris un nombre plus élevé de variantes génétiques indépendantes, sont associés au risque de maladie. De plus, d’autres régions ont été récemment impliquées dans la maladie, ce qui augmenterait le nombre de locus impliqués. Ensemble, les variantes génétiques fermement décrites représentent environ 31% de l’héritabilité de la CD, dont 25% s’expliquent par l’influence du CMH. Ces nouveaux variants représentent des marqueurs de risque de maladie et font de l’identification des gènes causaux et des variants causaux à l’intérieur des loci associés, ainsi que de leur rôle biologique précis sur la maladie, un défi majeur dans la recherche sur la CD. De nombreuses études ont été développées dans ce but montrant l’impact élevé des variants à risque sur l’expression des gènes. Ces études indiquent également un rôle central des lymphocytes T CD4+ dans la pathogenèse de la CD et indiquent que les lymphocytes B sont des acteurs importants, ce qui est conforme aux étapes clés mises en évidence par les modèles immunologiques de la pathogenèse. Nous résumons de manière exhaustive les connaissances actuelles sur l’architecture génétique de la CD, caractérisée par de multiples variantes à faible risque situées dans divers locus qui affectent très probablement des gènes ayant des fonctions immunitaires. Ces résultats mènent à une meilleure compréhension de la pathogenèse de la CD et aident à la conception de nouveaux traitements. Le répertoire des cibles médicamenteuses potentielles pour la CD s’est largement élargi ces dernières années, nous rapprochant d’un traitement alternatif ou complémentaire au régime sans gluten à vie, le seul traitement efficace à ce jour. L’épigénétique et le microbiote apparaissent comme de puissants facteurs modulant le risque de maladie et affectant potentiellement la manifestation de la maladie, qui sont également explorés comme cibles thérapeutiques.