Avant le statut d’État, les congrégations baptistes près de Natchez se sont organisées en septembre 1807 en une association à l’église Bethel de Bayou Sara, bien que l’année précédente à l’église de Salem, six églises s’étaient réunies dans le même but. La Mississippi Baptist Association a adopté « articles of faith & gospel order » et a publié ses actes les années suivantes avec de nombreuses références à Thomas Mercer et David Cooper.
Une deuxième organisation suivie du titre de convention. La première Convention baptiste du Mississippi n’a duré que cinq ans, de février 1824, lorsqu’elle s’est réunie pour la première fois à l’église Bogue Chitto dans le comté de Pike, à 1829, après avoir rencontré tant de résistance qu’il a été convenu qu’elle soit dissoute en 1828.
La deuxième convention a été formée les 23 et 4 décembre 1836. Son premier président était Ashley Vaughan et son premier secrétaire S.s. Lattimore correspondant. Lattimore en était toujours le président en 1852. Le secrétaire correspondant cette année-là était W. J. Denson, et le secrétaire d’enregistrement était J. T. Freman.
En 1857, la convention créa un journal, Le Mississippi Baptist, avec J. T. Freeman comme rédacteur en chef.
La même année, la convention a exprimé son opinion sur l’abolition de l’esclavage, affirmant qu’il s’agissait d’une tentative « de porter atteinte aux privilèges sociaux, civils et religieux de la population esclave ». Les églises baptistes de l’État pratiquaient la ségrégation depuis quelques années. La Convention avait rapporté en 1938 « que quelques-unes de nos Églises, et certains de nos amis méthodistes, avaient adopté le plan de tenir des réunions séparées pour les Noirs; et qu’un tel cours soit suivi en général avec un intérêt accru parmi eux « .
Les sociétés de femmes étaient parmi les plus grands partisans financiers de la convention au début du 19e siècle. En 1875, la convention reconnaît officiellement les organisations de femmes.