Ernest Renan a grandi dans la province française mystique et catholique de Bretagne, où les mythes celtiques combinés au catholicisme profondément expérimenté de sa mère ont conduit cet enfant sensible à croire qu’il était destiné au sacerdoce. Il fait ses études au collège ecclésiastique de Tréguier, dont il sort diplômé en 1838, puis se rend à Paris, où il poursuit les études théologiques habituelles à St-Nicolas-du-Chardonnet et à St-Sulpice. Dans ses Souvenirs d’enfance et de jeunesse (1883), il raconte la crise spirituelle qu’il traverse alors que son intérêt croissant pour les études scientifiques de la Bible finit par rendre l’orthodoxie inacceptable ; il est bientôt conquis par la nouvelle » religion de la science « , une conversion favorisée par son amitié avec le chimiste P. E. M. Berthelot.
Renan abandonne le séminaire et obtient son doctorat en philosophie. À cette époque (1848), il écrivit Le Futur de la science, mais ne le publia qu’en 1890. Dans cette œuvre, il affirma sa foi dans les merveilles qui seront engendrées par une science non encore réalisée, mais dont il était sûr qu’elle viendrait.
Des expéditions archéologiques au Proche-Orient et d’autres études en Sémitique ont conduit Renan à un concept d’études religieuses qui sera plus tard connu sous le nom de religion comparée. Son point de vue anthropomorphe, publié pour la première fois dans Sa Vie de Jésus (1863), dans lequel il dépeint le Christ comme un phénomène historique ayant des racines historiques et nécessitant une explication rationnelle et non mystique. Avec sa souplesse d’intelligence caractéristique, cet agnostique profondément pieux écrivit une œuvre profondément irréligieuse qui lui perdit sa chaire de professeur dans l’atmosphère dominatrice catholique du Second Empire en France.
La Vie de Jésus est le premier volume de l’Histoire des Origines du christianisme de Renan (1863-1883), son œuvre la plus influente. Sa thèse fondamentale était que toutes les religions sont vraies et bonnes, car toutes incarnent les aspirations les plus nobles de l’homme: il invitait chacun à exprimer ces vérités à sa manière. Pour beaucoup, une lecture de cet ouvrage rendait la religion pour la première fois vérité vivante; pour d’autres, elle rendait impossible la conviction religieuse.
La défaite de la France dans la guerre franco-prussienne de 1870-1871 fut pour Renan, comme pour beaucoup de Français, une expérience profondément désillusionnante. Si l’Allemagne, qu’il vénérait, pouvait faire cela à la France, qu’il aimait, où se situait la bonté, la beauté ou la vérité ? Il est devenu profondément sceptique, mais avec une honnêteté douloureuse, il a refusé de nier ce qui semblait se trouver devant lui, prévenant au contraire que « la vérité est peut-être triste. »Il est resté sympathique au christianisme, l’exprimant peut-être de manière la plus émouvante dans sa Prière sur l’Acropole d’Athènes (1876), dans laquelle il réaffirmait sa foi inébranlable dans la vie grecque de l’esprit, mais avouait que son monde était inévitablement plus grand, avec des peines inconnues de la déesse Athéna; par conséquent, il ne pourrait jamais être un véritable fils de la Grèce, pas plus que tout autre moderne.