Eugene Science Center a été fondé en 1961 sous le nom de Musée des sciences et de l’Industrie du sud-ouest de l’Oregon (SWOMSI). SWOMSI a reçu le soutien initial de son organisation mère, l’Oregon Museum of Science and Industry (OMSI) de Portland, mais est rapidement devenu un musée indépendant avec un conseil d’administration composé principalement d’éducateurs locaux.
SWOMSI a d’abord occupé la gare de l’Oregon Electric, actuellement le restaurant de l’Oregon Electric Station, situé sur la 5e avenue et la rue Willamette. Au cours de ses premières années dans la gare électrique de l’Oregon, SWOMSI a offert des expositions et des cours et a présenté des spectacles de planétarium au planétarium Spitz, une installation exploitée par OMSI.
En 1973, jugeant la gare insuffisante et le planétarium Spitz presque en fin de vie utile, le conseil d’administration de SWOMSI a approché les commissaires du comté de Lane pour demander un espace dans le parc Alton Baker nouvellement créé. Après une pause de l’OMSI, SWOMSI est devenu le Willamette Science and Technology Center (WISTEC). Un financement important pour le nouveau musée a été obtenu sous l’administration du développement économique et chacun des membres du consortium (Lane Community College, Lane Education Service District, University of Oregon et WISTEC) a contribué de manière substantielle au projet, financièrement et par le biais de services en nature. À cette époque, la gare électrique de l’Oregon a été vendue et 50 000 dollars de fonds WISTEC ont été investis dans la construction du bâtiment actuel à Alton Baker Park.
De 1978 à 1979, le bâtiment WISTEC et le nouveau planétarium ont été construits. Lorsque la ville d’Eugene a pris le contrôle de la majeure partie d’Alton Baker Park au milieu des années 1980, elle a également pris possession du bâtiment WISTEC. WISTEC a ouvert ses portes à son emplacement actuel en 1980. Le planétarium était à l’époque fonctionnellement et financièrement séparé du musée. Le planétarium est finalement devenu la seule responsabilité du district de services éducatifs de Lane et a été fermé en décembre 2002, après une crise de financement. En janvier 2002, WISTEC a changé son nom pour The Science Factory et avec le transfert du planétarium à la propriété de Science Factory en 2003, il est devenu le Planétarium du Musée des enfants de Science Factory &. Le nom est revenu à Science Factory en 2016, puis a officiellement changé pour Eugene Science Center en janvier 2018.