Quand Itachi avait quatre ans, Fugaku décida d’emmener Itachi voir des montagnes de cadavres résultant de la Troisième Guerre de guerre Shinobi, espérant que cela aiderait son fils à mûrir rapidement. Alors qu’il a réussi son but, la maturité d’Itachi a pris une voie différente de celle espérée par Fugaku, transformant le jeune garçon en pacifiste. Pendant la Troisième Guerre mondiale Shinobi, un ami cher de Fugaku est mort au combat, ce qui lui a permis de réveiller le Mangeky Sharingan, un fait qu’il a décidé de garder caché à tout le monde. Après la guerre, interrogé par son clan sur le fait que Kakashi Hatake a obtenu le Sharingan d’Obito Uchiha, Fugaku a choisi de respecter les actions mourantes d’Obito et de permettre à Kakashi de garder son don. Lorsque Hiruzen Sharutobi se préparait à démissionner de son poste de Hokage, Fugaku faisait partie des shinobi considérés comme le Quatrième Hokage. Lorsque la femme de Fugaku a donné naissance à leur deuxième fils, avec la bénédiction de Hiruzen, Fugaku a fièrement nommé le bébé Sasuke d’après le père du Troisième Hokage.
Avec l’attaque du Démon à Neuf queues Foxe, le village a accusé le clan Uchiha d’avoir orchestré l’attaque car ils n’ont pas agi contre la bête à queue (dans l’anime, c’était à cause des ordres de Danzo Shimura de concentrer tous les efforts des Uchiha uniquement sur la protection des villageois). Ceci, combiné au déplacement des Uchiha plus loin du village, a provoqué une rupture entre le village et le clan Uchiha. Malgré cela, les villageois admiraient toujours les efforts de Fugaku et du clan Uchiha pour maintenir la paix. Cela n’empêcha pas Fugaku de conspirer un coup d’État qui permettrait au clan Uchiha de prendre le contrôle du village par dépit. Finalement, Fugaku a placé Itachi comme espion dans l’Anbu pour transmettre des informations au clan. Cependant, Itachi a secrètement trahi l’Uchiha et est devenu un agent double, divulguant des informations directement au village.
Reconnaissant l’esprit et le talent prodigieux d’Itachi, Fugaku commença à l’entraîner régulièrement, étonné de maîtriser le Feu.: Grande technique de boule de feu à son premier essai après en avoir été témoin une seule fois. Voyant un tel potentiel chez Itachi et étant son fils aîné, donc le successeur du clan, Fugaku a concentré la majeure partie de son attention sur lui, même en défendant Itachi lorsqu’il a été soupçonné d’avoir tué Shisui Uchiha. Cependant, les deux se sont disputés quand Itachi a perdu espoir dans le clan, ce qui a amené Fugaku à porter son attention sur Sasuke, lui apprenant même à utiliser les techniques traditionnelles de Libération du feu de leur clan, et a été impressionné par la façon dont Sasuke a pu maîtriser la technique après seulement une semaine. Sasuke a finalement pu profiter de la compagnie de son père, mais Fugaku lui a conseillé de ne pas suivre les traces d’Itachi.
Après une autre réunion du clan sur le coup d’État, Fugaku a appelé Itachi pour lui parler en privé. Il a révélé que la tablette de pierre dans le sanctuaire de Naka contenait des secrets pour un monde meilleur pour tous, mais nécessitait un Sharingan évolué pour le lire, révélant la vérité sur son acquisition de Mangekyō Sharingan. Connaissant l’hésitation de son fils pour l’effusion de sang et la réticence à attaquer le village, il a exprimé son désir que cette révolution se termine sans mort, insistant sur le fait qu’avec l’aide d’Itachi, ils pourraient y parvenir. Prouvant encore son point de vue, il a révélé qu’il n’a jamais dit à personne dans le clan de son Mangekyō Sharingan de peur qu’ils lui demandent d’utiliser son pouvoir pour prendre le contrôle des Neuf Queues pour l’utiliser pour attaquer Konoha. Lors de la chute du clan Uchiha, Fugaku s’est rapidement rendu compte qu’Itachi était derrière cette attaque et l’a confronté via un clone, exprimant leurs points de vue respectifs.Itachi a alors confronté ses parents, mais Fugaku et Mikoto n’ont pas résisté et ont dit à Itachi qu’ils étaient toujours fiers de lui et de promettre de prendre soin de Sasuke avant de laisser Itachi les tuer. Fugaku a ensuite été retrouvé mort gisant sur le cadavre de sa femme.
Fugaku avec sa famille
En tant que chef des Uchiha, Fugaku était concentré sur les intérêts et le bien-être du clan et avait un fort sens des responsabilités. Son fils, Sasuke, le voyait comme un homme sévère et insouciant alors qu’il était considéré comme une figure paternelle pour le reste du clan. Comme Itachi était son successeur à la tête du clan, Fugaku passait une grande partie de son temps à se concentrer sur le développement de son aîné et peu de temps avec son cadet. Sasuke s’entraînait constamment afin d’attirer l’attention et l’approbation de son père. Vers la fin de sa vie, Fugaku avait tourné son attention vers Sasuke, ayant perdu espoir dans le capricieux Itachi. Il n’était impressionné que par de grands exploits et félicitait rarement quiconque, ayant de grandes attentes. Fugaku était très sérieux, souriant à peine la plupart du temps. Ce à quoi, il montra un dégoût notable à Itachi lorsqu’il se soustrayait à ses tâches, comme assister à des réunions et à des missions.
Alors qu’extérieurement Fugaku semblait strict et négligent envers ses fils aîné et cadet respectivement, couplé avec son dévouement et sa concentration sur le bien-être de son clan le conduisaient à paraître haineux et non négociable, il était toujours un individu très attentionné envers ses fils. Selon Mikoto, quand elle et Fugaku étaient seuls, Fugaku parlait surtout, sinon seulement, de Sasuke. Tout en essayant toujours de motiver Sasuke à s’améliorer, il n’a pas vu le désir de Sasuke d’être reconnu comme son fils plutôt que comparé à Itachi. Il aimait tellement ses deux fils que lorsqu’il a vu Itachi massacrer leur clan, il a donné à Itachi une chance d’explication. Après avoir réalisé qu’il faisait cela pour protéger la vie de Sasuke, plutôt que de résister à la mort car il ne voulait pas blesser son fils aîné, lui et sa femme ont volontairement permis à Itachi de les exécuter en échange d’assurer l’avenir de Sasuke et de demander simplement à Itachi de prendre soin de son plus jeune enfant. Fugaku a également démontré de grands remords pour le tournant que la vie d’Itachi avait pris, se blâmant pour la douleur qu’Itachi a dû endurer après avoir réfléchi qu’Itachi aurait pu être le premier Hokage Uchiha, admettant tristement que son fardeau Itachi avec la mission du clan Uchiha lui avait volé l’avenir de son fils.
Dans l’anime, Fugaku a hérité d’une grande partie de la Volonté du Feu. Il voulait vraiment préserver la paix à Konoha, allant de pair avec le déménagement malgré les protestations du clan Uchiha pour ne pas laisser la situation à Konoha s’aggraver. Il est même allé jusqu’à demander à ses collègues membres du clan de laisser Kakashi tranquille, qui avait récemment été implanté avec un Sharingan d’Obito. Il a également demandé à Hiruzen de nommer son deuxième fils d’après le père de Hiruzen. Il était également beaucoup plus sage que son clan, prêt à coopérer avec le déménagement si le village étouffait leurs soupçons au fil du temps, mais a finalement perdu patience. Même après avoir accepté le désir de révolution de son clan, il a exprimé sa consternation de s’y prendre d’une manière qui impliquait l’effusion de sang de civils, espérant y mettre fin rapidement et avec le moins de mal possible. Il choisit même de garder son Mangekyō Sharingan secret auprès de son clan, craignant que cela ne les pousse à rechercher un plus grand pouvoir par des moyens amoraux.
Fugaku en tenue de jōnin
Fugaku avait des cheveux courts et bruns qui atteignaient ses épaules et des yeux de couleur onyx, avec des plis visibles en dessous d’eux rendus plus prononcés chaque fois qu’il adoptait un regard sévère (ce dernier dont Itachi a hérité de lui). Il portait un simple kimono avec un pantalon gris qui portait le symbole du clan dans le dos lorsqu’il n’était pas en service.
Pendant son service, il portait la veste flak standard, ainsi qu’une chemise noire avec le symbole de la Force de police militaire de Konoha sur les épaules, des protège-tibias et un tablier noir ouvert sur le devant avec des diamants blancs sur le bas.
Fugaku enseigne à Sasuke la signature du clan
En tant que chef du clan Uchiha et de la Police militaire de Konoha, Fugaku était probablement un formidable shinobi et connaissait toutes les techniques de son clan. Les compétences de Fugaku étaient tenues en haute estime par ses camarades de clan car ils estimaient que Fugaku aurait dû être un candidat pour le Quatrième Hokagalongside Minato Namikaze et Orochimaru. Ses capacités étaient si avancées que même son fils aîné Itachi, un membre éminent de leur clan à l’époque, espérait éviter de combattre un tel adversaire.Il était parmi les shinobi présents au sommet de l’Académie pour l’inauguration de Minato en tant que Hokage, ce qui suggère qu’il était un individu très respecté dans le village. Son intelligence a été considérée par Danzo Shimura comme l’une des plus grandes de générations. Il s’est également montré très observateur, capable de déterminer rapidement quand il était espionné de loin.
Mangekyō Sharingan de Fugaku
Fugaku avait également des connaissances sur le Mangegyo Sharingan, après avoir dit à Sasuke qu’il avait besoin d’un grand sacrifice pour se réveiller. Dans l’anime, Fugaku a réveillé le Mangekyō Sharingan pendant la Troisième Grande Guerre Shinobi après que son ami se soit sacrifié pour le sauver. Son Mangekyō Sharingan a trois points suivis de trois courbes en spirale dans le sens antihoraire autour de la pupille.
Bien que l’on ne sache pas grand-chose de son Mangekyō Sharingan, Fugaku était convaincu qu’il était assez fort pour contrôler complètement les Neuf queues.