COMMENTAIRE
L’épidémie de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), qui cause la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), est la plus grande pandémie de notre génération, avec 16 millions de personnes infectées et 650 000 décès dans le monde à ce jour (1) . L’un des grands mystères de cette pandémie est la raison pour laquelle certaines personnes tombent gravement malades tandis que d’autres présentent des symptômes relativement légers, même lorsque les patients partagent des facteurs de risque similaires.
Il devient évident que des infections bactériennes secondaires surviennent chez de nombreux patients atteints de COVID-19 et peuvent être associées à de pires résultats. Dans une étude multicentrique comprenant 476 patients atteints de COVID-19, des infections bactériennes secondaires étaient significativement associées à la gravité des résultats (2). Dans cette étude, les patients ont été divisés en 3 groupes (modérément malades, gravement malades et gravement malades). Les patients gravement malades présentaient le pourcentage le plus élevé de co-infection bactérienne (34,5%) par rapport aux patients des groupes modérément malades et gravement malades (3,9% et 8,3%, respectivement) (2). Plus préoccupant, ce taux plus élevé de co-infections chez les patients critiques s’est produit bien que la majorité d’entre eux (92,9%) aient reçu des traitements antibiotiques par rapport à 59,4% et 83,3% dans les groupes modérément malades et gravement malades. Zhou et ses collègues (3) ont également constaté que parmi 191 patients atteints de COVID-19, des co-infections bactériennes se sont produites dans 15% de tous les cas, y compris 50% des non-survivants, même si 95% des patients ont reçu des antibiotiques. Encore plus troublant, 27/28 patients COVID-19 atteints de coinfections ont succombé (3). Dans les deux études, d’autres comorbidités étaient également associées à la mortalité; il est donc difficile de déterminer l’impact exact des coinfections. Une troisième étude (4) a utilisé la PCR en temps réel pour détecter des agents pathogènes spécifiques responsables des coinfections COVID-19. Ils ont constaté que 243 (94.2%) les patients ont été co-infectés par au moins 1 des 39 agents pathogènes différents. Les co-infections bactériennes étaient prédominantes (91,8 %) par rapport aux infections virales (31,5 %) et fongiques (23,3). Bien que les auteurs n’aient trouvé aucune association significative entre les taux de coinfection et la gravité ou la mortalité des résultats, ils ont décrit des schémas de coinfection intéressants dans différents groupes cliniques (asymptomatiques et légèrement, modérément et gravement / gravement malade). Par exemple, les virus Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, Haemophilus influenzae, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Aspergillus et Epstein-Barr (EB) ont été détectés dans les quatre groupes cliniques, tandis que Pseudomonas aeruginosa, adénovirus humain, rhinovirus humain et virus de l’herpès simplex n’ont été détectés que chez des patients symptomatiques quelle que soit la gravité de la maladie. Fait intéressant, les co-infections par le virus de la grippe A, le virus de la grippe B ou le coronavirus n’étaient pas fréquentes chez ces patients atteints de COVID-19, bien que des échantillons aient été prélevés pendant la saison grippale (4). Dans l’ensemble, ces premières données suggèrent que les agents pathogènes coinfecteurs spécifiques peuvent aggraver le pronostic de la maladie et justifier une enquête plus approfondie.
Bien qu’il ne soit pas clair si les coinfections aggravent définitivement les résultats des patients atteints de COVID-19, les données historiques sur les pandémies et la grippe saisonnière suggèrent que les coinfections bactériennes peuvent aggraver les maladies virales (5-13). Au cours de la première épidémie de CoV-SRAS en 2003, jusqu’à 30% des patients ont reçu un diagnostic d’infections bactériennes secondaires et la co-infection était associée positivement à la gravité de la maladie (5, 6). Des co-infections bactériennes sont également présentes pendant les saisons grippales régulières dans 2 % à 65 % des cas et sont associées à la morbidité et à la mortalité (7-9). De plus, pendant les saisons grippales entre 2004 et 2007 aux États-Unis, les taux de co-infection bactérienne chez les enfants ont dangereusement augmenté, passant de 6 % (2004 à 2005) à 15 % (2005 à 2006) et à 34 % (2006 à 2007) (9). Les taux croissants de co-infections bactériennes survenant pendant les saisons grippales régulières soulignent le besoin urgent d’étudier ce phénomène de manière plus approfondie, en particulier en ce qui concerne le COVID-19.
Nous utilisons davantage d’antibiotiques dans notre lutte pour sauver les patients atteints de COVID-19 des co-infections bactériennes, et il est important d’examiner comment cela pourrait affecter la prévalence des bactéries résistantes aux antibiotiques dans le monde. Au cours de la première flambée de CoV-SRAS, des analyses d’isolats prélevés sur des patients de l’unité de soins intensifs (USI) de l’Hôpital Prince of Wales (Hong Kong) du 12 mars au 31 mai 2003 ont montré que les taux d’acquisition de S. aureus résistant à la méthicilline ont considérablement augmenté pendant la flambée, passant de 3,53% avant le SRAS à 25.30 % pendant la flambée de SRAS, malgré les précautions étendues de contrôle des infections (10). D’autres pathogènes ont été trouvés dans des échantillons pulmonaires post mortem de patients de Hong Kong et de Singapour, notamment S. aureus, P. aeruginosa, Klebsiella spp., et S. pneumoniae, qui sont toutes bien connues pour leur résistance élevée à un large spectre de médicaments (14, 15). Il n’est pas clair si l’épidémie de COVID-19 entraînera une augmentation des taux de bactéries résistantes aux antibiotiques, car l’utilisation d’antibiotiques n’entraîne pas toujours une augmentation des taux de souches résistantes aux médicaments (16), mais il sera important de continuer à surveiller les taux d’infections bactériennes résistantes aux antibiotiques.
Ces données de la pandémie actuelle de COVID-19, des pandémies précédentes et de la grippe saisonnière soulèvent d’importantes questions qui doivent faire l’objet d’une enquête. Premièrement, existe-t-il des interactions synergiques entre le virus SARS-CoV-2 et certaines bactéries co-infectantes? Deuxièmement, la coinfection avec des bactéries résistantes aux antibiotiques affecte-t-elle la gravité de la maladie? En effet, certains des agents pathogènes détectés chez les patients COVID-19 peuvent être résistants aux antibiotiques, ce qui pourrait réduire l’efficacité des traitements administrés aux patients. Malheureusement, dans les deux premières études, où les coinfections étaient associées à des résultats pires (2, 3), les agents pathogènes coinfecteurs spécifiques détectés n’ont pas été décrits et aucune étude jusqu’à présent n’a analysé les taux de coinfection par des bactéries résistantes aux antibiotiques. Ainsi, il est impossible de déterminer à partir des données disponibles si certaines espèces bactériennes ou si des souches résistantes aux antibiotiques sont en corrélation avec la gravité des résultats ou la mortalité. Cependant, la présence de bactéries résistantes aux antibiotiques pourrait potentiellement expliquer les taux élevés de co-infections bactériennes chez les patients gravement malades malgré des traitements antibiotiques extensifs dans ces cohortes. Enfin, la lutte contre le COVID-19 pourrait accélérer l’aggravation de notre situation déjà désastreuse en ce qui concerne les agents pathogènes résistants aux antibiotiques. Le nombre croissant de bactéries multirésistantes et notre capacité décroissante à les éradiquer nous rendent non seulement plus vulnérables aux infections bactériennes, mais nous affaiblissent également lors des pandémies virales. Pour s’attaquer à ce grave problème, nous devons d’urgence étudier les effets des co-infections bactériennes lors d’infections virales et trouver de nouveaux composés antimicrobiens pour éradiquer les agents pathogènes multirésistants.