Cumulativement, le grand nombre d’échantillons rassemblés ici, combiné à la disponibilité de phylogénies paternelles très résolues remontant à plusieurs générations, ont permis de formuler certaines inférences sur la lignée fondatrice de l’haplogroupe lévite ashkénaze R1a avec un haut degré de confiance. Un total de 71 individus déclarant un héritage paternel ashkénaze lévite ou ashkénaze non lévite ont été déterminés au début de l’étude comme appartenant à l’haplogroupe R1a-M582, et sur la base de leurs profils STR, pour représenter un large éventail de la variation trouvée au sein de cet haplogroupe. De manière frappante, les 71 chromosomes Y pourraient être réassignés à un seul clade en expansion imbriqué dans R1a-M582 et étiqueté ici R1a-Y2619, suivant l’une des six variantes trouvées à ce niveau (Fig. 2 et Figure supplémentaire S1). Les seuls échantillons précédemment signalés qui partageaient ce clade étaient cinq échantillons d’héritage juif ashkénaze pour lesquels le statut de lévite n’a pas été rapporté26. En conséquence, tous les individus R1a-Y2619, qu’ils s’affilient en tant que Juifs ou non Juifs, qu’ils soient ashkénazes ou non, qu’ils soient Lévites ou non, sont les descendants mâles directs de la lignée paternelle d’un ancêtre mâle commun qui a vécu ~ 1 743 ans (tableau 1). Comme les mâles contemporains de toutes les branches de R1a-Y2619 échantillonnées jusqu’à présent portent l’un des nombreux noms de famille lévites, on peut affirmer avec force que cet ancêtre mâle s’est auto-affilié en tant que Lévite et a peut-être porté le nom patronymique Lévite. L’ampleur de l’événement fondateur peut être estimée en calculant le nombre d’individus contemporains susceptibles de porter un chromosome Y R1a-Y2619. Deux groupes d’échantillons indépendants de Juifs ashkénazes dans lesquels le statut de Lévite était inconnu ont également estimé le pourcentage de l’haplogroupe paternel R1a-Y2619, R1a-M17/M198, dans la population ashkénaze à 9.6% 20 et 11,5%, respectivement 27. L’ancien document indiquait que l’haplogroupe R1a-M582 représentait 7,9 % de la population ashkénaze totale20. Ici, nous montrons que tous les échantillons ashkénazes appartenant à l’haplogroupe R1a-M582 peuvent être reclassés en R1a-Y2619. Sur la base d’une population ashkénaze d’environ 4 000 00013 hommes, dont environ 7,9% sont R1a-Y2619, il y aurait environ 300 000 hommes ashkénazes descendant sur leur lignée masculine directe d’un seul ancêtre relativement récent, beaucoup de ces hommes s’auto-affiliant en tant que Lévites.
Deux facteurs nous ont permis d’obtenir des âges de coalescence et des intervalles de confiance plus précis que ceux précédemment calculés pour la lignée de lévite ashkénaze R1a18,20. Premièrement, le grand nombre de chromosomes Y entiers disponibles (Tableau supplémentaire S1), et deuxièmement, les données disponibles du pedigree Horowitz qui ont permis un point d’étalonnage interne (Fig. 3). Les documents généalogiques bien documentés du pedigree de Horowitz démontrent à quel point des séquences entières du chromosome Y peuvent être robustes dans la reconstruction des ancêtres paternels. Le point d’étalonnage était basé sur trois échantillons Horowitz avec des généalogies bien documentées coalescant 402 ybp. Deux autres individus, auto-affiliés à la dynastie Horowitz, mais sans généalogies claires, se sont regroupés étroitement avec ces trois échantillons. Aucun des échantillons des clades frères immédiats ne s’est auto-identifié comme faisant partie de la dynastie Horowitz. De manière frappante, l’âge moléculaire du nœud comprenant les cinq échantillons d’Horowitz a été calculé à ~ 690 ybp, tandis que le temps de coalescence généalogique suggère qu’il est de 546 ybp. Cela suggère que le nœud de Horowitz R1a-YP268 (g.23133909G >A) pourrait représenter la séquence entière reconstruite du fondateur nommé de ce pedigree (Fig. 3b). Cependant, il est important de noter que les âges de coalescence estimés sont approximatifs, car quelques variations méthodologiques peuvent conduire à des résultats quelque peu différents. Par exemple, l’application de notre méthodologie de coalescence aux données obtenues à partir de la seule plate-forme Illumina aurait donné un âge de coalescence de ~ 1 398 ans pour le clade Lévite ashkénaze R1a-Y2619 et de ~ 645 ans pour le clade R1a-YP268. De telles différences pourraient être attribuables à la capacité d’utiliser de plus longues étendues chevauchantes du chromosome Y lors de la comparaison d’échantillons séquencés par les mêmes machines et paramètres. Nous n’avons pas calculé de temps de coalescence basé sur les variations STR, comme nous l’avons montré précédemment, elles ne fournissent aucune autre information pour les clades récemment coalescents6.
L’origine proposée au Moyen-Orient de la lignée des Lévites ashkénazes, basée sur ce qui était auparavant un nombre relativement limité d’échantillons rapportés20, peut maintenant être considérée comme fermement validée. Alors que les fréquences les plus élevées de l’haplogroupe R1a se trouvent en Europe de l’Est18,28, nos données ont révélé une riche variation de l’haplogroupe R1a en dehors de l’Europe, qui est phylogénétiquement distincte des branches R1a typiquement européennes. De toute évidence, R1a-Y2619 est bien imbriqué dans une pléthore de clades-frères proches phylogénétiquement du Moyen-Orient, échantillonnés chez des Azéris iraniens, un Kerman, un Yézidi et un homme d’Ibérie. Cela fournit les preuves nécessaires pour son origine (Fig. 2 et Figure supplémentaire S1). Cependant, la voie de migration exacte de R1a-Y2619 vers l’Europe reste difficile à déterminer. La plupart des documents historiques suggèrent deux grandes voies de migration juive vers l’Europe (Fig. 1)29,30. On considère que la communauté juive ashkénaze a été fondée à la suite d’une migration juive via l’Italie vers la vallée du Rhin, puis la Pologne. Les Juifs séfarades (espagnols) sont considérés comme ayant migré avec l’expansion islamique progressive vers l’Afrique du Nord puis l’Espagne14. Étant donné que R1a-Y2619 est d’origine Moyen-orientale, il est possible que son introduction en Europe ait eu lieu par l’une ou l’autre de ces routes, ou les deux. Naturellement, le fort événement fondateur de R1a-Y2619 chez les Juifs ashkénazes, couplé à la présence de toutes les branches connues de R1a-Y2619 chez les Juifs ashkénazes, tente de déduire que sa route migratoire du Levant était directement liée aux fondateurs ashkénazes. Cependant, ces faits pourraient simplement refléter une expansion au sein des Juifs ashkénazes plutôt qu’une preuve de la première arrivée du R1a-Y2619 avec ou dans la population ashkénaze. Plus déroutant est le fait que les documents généalogiques de la dynastie rabbinique Horowitz, qui porte maintenant le chromosome Y R1a-Y2619, suggèrent leur présence dans la péninsule ibérique au XVe siècle et probablement plus tôt (Fig. 3)17. En fait, des migrations juives répétées qui auraient pu transporter les chromosomes Y R1a-Y2619 en Catalogne sont documentées depuis le 4ème siècle et pendant l’expansion musulmane en Ibérie31. De plus, parce que la Catalogne était à nouveau un territoire chrétien depuis 800 CE, les ancêtres proto-Horowitz R1a-Y2619 pourraient également représenter la migration des Juifs ashkénazes vers l’Ibérie. En conséquence, la présence de R1a-Y2619 en Espagne au 15ème siècle ne pouvait pas établir de preuve de la première arrivée de la lignée R1a-Y2619 dans la Péninsule ibérique, car cela pourrait simplement refléter des mouvements répétés et non enregistrés de Juifs entre l’Europe de l’Est et l’Europe de l’Ouest et la Péninsule ibérique. Des preuves antérieures d’ADNmt et de marqueurs autosomiques ont déjà suggéré un flux génétique probable entre Juifs ashkénazes et Séfarades en Europe32,33,34. Pris ensemble, nos résultats tendent à favoriser une voie unique d’entrée en Europe dans le cadre de la migration et de l’expansion ashkénazes en Europe. Parce que le temps de coalescence de tous les Lévites R1a-Y2619 contemporains est d’environ 1 743 ybp, bien à l’époque de la Diaspora en exil romaine, et que chacune des branches de R1a-Y2619 se trouve chez les Juifs ashkénazes, nos résultats sont incompatibles avec un scénario d’expansion rapide au Levant suivi d’une propagation via plusieurs routes vers l’Europe. Les résultats des échantillons de lévites non ashkénazes R1a-Y2619 suggèrent également une voie d’expansion unique. Si la lignée de Lévites R1a-Y2619 avait déjà été aussi répandue au Levant, les Lévites non Ashkénazes auraient dû se séparer des échantillons de Lévites ashkénazes avant l’époque de la Diaspora et former un groupe différent. Cependant, les résultats montrent que les Lévites non ashkénazes appartiennent à plusieurs sous-branches relativement récemment coalescentes de R1a-Y2619 (Fig. 2 et Figure supplémentaire S1). Ce schéma est plus compatible avec un flux génétique continu de la population ashkénaze vers la population non ashkénaze au cours de la Diaspora, plutôt que de multiples voies d’entrée pour l’haplogroupe R1a-Y2619 vers l’Europe à partir du Levant.
Un soutien supplémentaire en faveur d’une voie de migration unique et d’une expansion ultérieure au sein des Juifs ashkénazes émane des schémas d’expansion observés d’haplogroupes ashkénazes supplémentaires. En conséquence, il est important de faire la distinction entre un événement fondateur spécifique du Lévite ashkénaze pour l’haplogroupe R1a-Y2619 qui aurait pu être le résultat d’un statut socio-économique favorable ou autre, et une expansion générale des lignées fondatrices du chromosome Y ashkénaze, y compris les Lévites ashkénazes R1a-Y2619. À cette fin, nous avons étudié une poignée d’autres haplogroupes précédemment décrits comme étant répandus chez les Juifs Ashkénazes19,24,35. Nos résultats montrent que l’expansion de R1a-Y2619 chez les Juifs ashkénazes n’est pas spécifique ou unique à cet haplogroupe. Par exemple, la coalescence de l’haplogroupe G-M377 (Figure supplémentaire S4) et du Q-M242 (Figure Supplémentaire S5), connus pour représenter chacun 5 % de la variation paternelle ashkénaze24, fusionnent respectivement à ~1223 ybp et ~1672 ybp (Tableau 1). La stratégie du chromosome Y adoptée ici nous a permis de résoudre les lignées de l’haplogroupe E en ses infimes sous-branches (Figure supplémentaire S3). Les âges de coalescence des haplogroupes E-Z838, E-PF3780, E-B923 et E-B933, connus pour représenter cumulativement 20 % de la variation paternelle ashkénaze24, ont été estimés à ~1200–1600 ybp. Ce schéma de multiples événements fondateurs, non observé chez les Juifs Espagnols36, confirme que l’ancêtre lévite ashkénaze R1a-Y2619 est entré en Europe par la route ashkénaze plutôt que par l’expansion juive vers la Péninsule ibérique. D’autres modèles sont également clairement visibles dans l’ascendance paternelle juive ashkénaze. L’haplogroupe T-M70, répandu au Moyen-Orient, est également présent chez les Juifs ashkénazes (Figure supplémentaire S6). Les échantillons génotypés ont montré des divisions profondément enracinées indiquant probablement la préservation d’une diversité ancienne de cet haplogroupe au Levant, datant du Pléistocène. Pendant ce temps, le profil observé pour l’haplogroupe R1b-M269 (Figure supplémentaire S7), répandu en Europe occidentale, suggère principalement une introgression ponctuelle répétée des chromosomes Y européens vers la communauté ashkénaze, et est compatible avec les rapports précédents36.
Nous avons en outre comparé la lignée fondatrice la plus fréquente trouvée chez les mâles Cohen ashkénazes, imbriqués dans l’haplogroupe J1a-P58, à la lignée lévite ashkénaze R1a-Y2619. De toute évidence, les membres de la caste des Lévites R1a-Y2619 et de la caste des Cohen J1a-P58 ne partagent pas un ancêtre mâle commun dans le laps de temps du récit biblique. Comme dans le cas des Lévites ashkénazes, la lignée ashkénaze Cohen J1a-P58 a formé un amas serré imbriqué dans un ensemble d’échantillons du Moyen-Orient confirmant son origine, et n’a été partagée dans notre étude qu’avec des Cohènes non ashkénazes (Figure supplémentaire S2). Cependant, différemment du modèle obtenu pour les lévites ashkénazes R1a-Y2619, l’amas fusionne ~ 2 570 ybp, indiquant ainsi le début de son expansion dans la période pré-diaspora. De vastes séquences complètes du chromosome Y provenant d’un plus grand nombre d’échantillons de Cohen provenant d’un plus grand nombre de communautés juives sur le fond d’autres populations levantines, y compris la détermination de variantes spécifiques à la famille et au clan, seraient très instructives pour aborder la constatation que les individus Cohen ashkénazes et non ashkénazes partagent une distribution chevauchante de lignées. En particulier, l’étude de la lignée Cohen la plus dominante imbriquée avec l’haplogroupe prédominant J1-P58, ainsi que les contributions historiques d’experts, pourraient donner un aperçu critique de la compréhension des Hébreux dans l’Ancien Monde. De plus, les études ADN anciennes du Levant peuvent offrir des informations directes. En effet, une étude récente a révélé la présence de chromosomes Y J1a-P58 et J2-M12, fréquents chez les Juifs contemporains, dans deux échantillons cananéens datés de 3 700 ybp37.
Il est difficile de simuler le nombre maximal de mâles qui auraient dû être présents lors de la fondation de la communauté juive ashkénaze pour donner le schéma fort des événements fondateurs actuellement observés dans le pool du chromosome Y ashkénaze. Des indices fondamentaux tels que les fréquences des haplogroupes respectifs dans les populations ancestrales de deme et l’ampleur de l’introgression qui s’est produite au fil des générations font défaut. Cependant, les fréquences contemporaines de ces lignées fondatrices du chromosome Y, compte tenu de leurs fréquences très inférieures dans les populations non juives du Moyen-Orient et d’Europe, suggèrent que de telles lignées devaient être présentes à la création de la communauté juive ashkénaze, alors qu’un faible nombre de mâles composait la population fondatrice, et permettant à la dérive de jouer un rôle dans l’établissement de leurs hautes fréquences actuelles. En effet, la reconstruction de l’histoire récente des Juifs ashkénazes à partir de génomes entiers suggérait un goulot d’étranglement de seulement 350 individuels26,38. Il est important de noter que bien que ce goulot d’étranglement ne coïncide pas nécessairement avec la taille effective de la population masculine fondatrice et les événements pour les Juifs ashkénazes, cela nous dit que l’ancêtre lévite ashkénaze R1a-Y2619 était probablement parmi les hommes fondateurs sur lesquels le goulot d’étranglement s’appliquait. En conséquence, les données provenant de séquences d’ADN mitochondrial complètes soutiennent la même notion d’un nombre limité de lignées maternelles fondatrices majeures33.
Prises ensemble, l’ampleur des données présentées ici facilite une résolution presque complète de l’histoire génomique des Lévites chez les Juifs ashkénazes. On peut affirmer avec force que les Lévites ashkénazes contemporains R1a-Y2619 descendent d’un seul ancêtre lévite arrivé en Europe du Levant. L’expansion de sa lignée masculine directe a commencé dans une période compatible avec le modèle d’expansion observé pour plusieurs autres pères fondateurs de la communauté juive ashkénaze. Ainsi, en plus de fournir un aperçu d’une généalogie masculine unique, ces résultats constituent un exemple important et hautement résolu de l’histoire démographique plus générale des lignées juives ashkénazes, hommes et femmes, dans lesquelles un nombre relativement faible de fondateurs apportent une contribution disproportionnée à la variation génomique de la population ashkénaze contemporaine. On peut en outre affirmer que le fait que les hommes lévites non ashkénazes R1a-Y2619 soient bien répartis au sein de la phylogénie des Lévites ashkénazes, plutôt que regroupés séparément, donne plus de crédit au scénario selon lequel le mâle R1a-Y2619 est entré en Europe avec les fondateurs ashkénazes. La question la plus énigmatique – le moment et le lieu où le fondateur du pedigree lévite ashkénaze R1a-Y2619 a obtenu le statut de Lévite – reste en suspens. Cette question pourrait dépasser le cadre des études génétiques utilisant la variation génétique contemporaine, étant donné l’absence à ce jour d’hommes testés dont les lignées se sont ramifiées entre l’époque de l’ancêtre mâle direct partagé de tous les hommes R1a-M582, ~ 3 143 ybp, et l’ancêtre mâle direct partagé des hommes lévites ashkénazes R1a-Y2619 ~ 1 743 ybp. De futures connaissances historiques ou archéologiques pourraient fournir les moyens d’approfondir cette question.