Les trois adolescents ont été accusés de meurtre et de complot en vue de commettre un meurtre. Un juge a décidé qu’ils devraient être jugés en tant qu’adultes. Ils ont été incarcérés pendant six mois alors que les procureurs se préparaient à les juger. Cependant, alors que le procès de Treadway était sur le point de commencer en janvier 1999, des tests ADN tardifs ont révélé trois gouttes de sang de Stephanie sur une chemise appartenant à Tuite. Sur la base des nouveaux éléments de preuve, les accusations portées contre les garçons ont été rejetées sans préjudice (ce qui permettrait de rétablir les accusations contre les garçons à une date ultérieure).
Embarrassés par le revirement, la police d’Escondido et le procureur du comté de San Diego ont laissé l’affaire languir sans inculpation pendant deux ans. En 2001, le Procureur de district et le département du shérif du comté de San Diego ont demandé que l’affaire soit prise en charge par le Département de la Justice de Californie. En mai 2002, le procureur général a inculpé Tuite du meurtre de Stephanie. Le procès a débuté en février 2004. Le premier jour de la sélection du jury, Tuite s’est éloigné de la salle d’audience pendant l’heure du déjeuner après s’être libéré des menottes; il a quitté le palais de justice et est monté dans un bus. Il a été attrapé quelques heures plus tard. Lors du procès, l’accusation a lié Tuite au meurtre de Stephanie en présentant des preuves circonstancielles et physiques, y compris des preuves que le sang de Stephanie était sur ses vêtements. L’équipe de défense de Tuite a fait valoir que les garçons avaient tué Stéphanie et que le sang de Stéphanie avait été retrouvé sur les vêtements de Tuite à la suite d’une contamination causée par un travail de police négligent. Le 26 mai 2004, le jury a acquitté Tuite de meurtre mais l’a reconnu coupable de l’infraction d’homicide volontaire la moins grave incluse. Le jury a également conclu qu’il avait utilisé une arme mortelle, un couteau. Le tribunal de première instance a condamné Tuite à treize ans de prison. Il a par la suite eu quatre années supplémentaires ajoutées à la peine en raison de sa tentative de fuite.
Les familles des trois garçons ont poursuivi les villes d’Escondido et d’Oceanside. Les Crowes ont conclu un règlement de 7,25 millions de dollars en 2011. En 2012, le juge Kenneth So de la Cour supérieure a rendu la décision rare que Michael Crowe, Treadway et Houser étaient factuellement innocents des accusations, rejetant définitivement la poursuite pénale contre eux.
Tuite a fait appel de sa condamnation devant la Cour d’appel de Californie et a soulevé plusieurs réclamations, y compris une réclamation selon laquelle ses droits au Sixième amendement avaient été violés parce qu’il n’avait pas été autorisé à contre-interroger complètement un témoin à charge. Le 14 décembre 2006, la Cour d’appel a confirmé dans un long avis non publié. La cour a conclu que le juge de première instance avait commis une erreur constitutionnelle en limitant le contre-interrogatoire, mais a jugé l’erreur inoffensive et a confirmé la condamnation. La Cour suprême de Californie a refusé la révision. Le tribunal fédéral de district a rejeté la demande d’habeas corpus de Tuite. Le 8 septembre 2011, un panel de la Cour d’appel des États-Unis pour le Neuvième Circuit a voté 2-1 pour annuler la condamnation pour homicide involontaire de Tuite, jugeant le procès injuste car le juge de première instance a limité le contre-interrogatoire d’un témoin à charge. Le comité a déclaré dans son avis: « Compte tenu de l’absence de preuves liant Tuite au crime, des problèmes liés à la preuve ADN, du verdict d’impasse et de compromis du jury, et du poids et de la position stratégique du témoignage de McCrary, cette affaire est l’une de ces circonstances « inhabituelles » dans lesquelles nous nous trouvons « en équilibre virtuel quant à l’innocuité de l’erreur.’O’Neil c. McAninch, 513 U.S. 432, 435 (1995). Nous devons considérer l’erreur comme affectant le verdict, et nous sommes obligés d’accorder le bref. » Tuite c. Martel, no 09-56267. Il a été noté qu’au cours du procès, l’accusation n’avait pu produire aucune trace de la maison sur les vêtements ou la personne du défendeur et qu’aucune trace de la personne ou des vêtements du défendeur n’avait été trouvée dans la maison, faits que la Cour d’appel a cités et qui ont conduit le Tribunal à conclure à l’absence de preuves.
Tuite a obtenu un nouveau procès, qui a débuté le 24 octobre 2013. Dans les plaidoiries finales, son avocat, Brad Patton, a déclaré aux jurés que Tuite n’avait jamais été dans la maison Crowe et n’aurait pas pu trouver la chambre de Stephanie dans la maison sombre. De plus, les enquêteurs n’ont pas trouvé ses empreintes digitales ni son ADN dans la résidence. Patton a dit que Stéphanie devait être tenue sous une couette pour la garder silencieuse, pendant que quelqu’un d’autre la poignardait. Il a également déclaré que les experts ont témoigné que les taches de sang sur les chemises de Tuite n’étaient pas là lorsque ces chemises ont été évaluées à l’origine, et qu’elles y sont parvenues par contamination lors de l’analyse de la scène de crime. La procureure, la procureure générale adjointe Alana Butler, a déclaré lors de sa plaidoirie finale que Tuite se trouvait dans la zone de la maison Crowe la nuit où Stephanie a été tuée. Il frappait aux portes et cherchait une femme nommée Tracy, contre qui il était en colère parce qu’elle l’avait repoussé quelques années plus tôt. Il était « obsédé et délirant ». Butler a déclaré que Tuite s’est promené dans la maison Crowe vers 22 heures par une porte ouverte. Une fois dans la maison, elle ne pouvait pas dire exactement ce qui s’était passé, mais il est entré dans la chambre de Stéphanie et l’a poignardée au moins neuf fois, et son sang a été retrouvé sur deux chemises qu’il portait lorsqu’il a été contacté par la police le lendemain.
Le 5 décembre 2013, le jury a rendu un verdict de non-culpabilité. Par la suite, un juré a déclaré qu’il n’y avait aucune preuve que Tuite ait jamais été dans la résidence de Crowe cette nuit-là, et que les jurés craignaient que le sang de la victime ait pu pénétrer sur ses chemises par contamination, alors ils ont examiné attentivement cette possibilité.