microRNA.org site web
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Résumé Le microRNA.org le site Web est une ressource complète (base de données) de prédictions de cibles de microARN et de profils d’expression.
Les prédictions de cibles sont basées sur un développement de l’algorithme de miRanda qui intègre les connaissances biologiques actuelles sur les règles de cibles et sur l’utilisation d’un recueil à jour de microARN de mammifères (voir ci-dessous…).
Les sites cibles prédits par miRanda sont notés pour la probabilité d’une régulation à la baisse de l’ARNm à l’aide de mirSVR, un modèle de régression formé sur la séquence et les caractéristiques contextuelles du duplex miARN::ARNm prédit (voir ci-dessous…)
Les profils d’expression sont dérivés d’un projet de séquençage complet d’un vaste ensemble de tissus et de lignées cellulaires de mammifères d’origine normale et pathologique.
Ce site permet aux utilisateurs d’explorer :
1) L’ensemble des gènes potentiellement régulés par un microARN particulier.
2) La co-occurrence de sites cibles prévus pour plusieurs microARN dans un ARNm.
3) Profils d’expression de microarn dans divers tissus de mammifères.
Nouvelle version de l’algorithme de prédiction de cible de miRanda —
Les prédictions de cible sont effectuées à l’aide de l’algorithme de miRanda qui calcule la complémentarité de séquence optimale entre un ensemble de microARN matures et un ARNm donné à l’aide d’un algorithme de programmation dynamique pondéré.
Pour plus de détails sur les prévisions cibles, voir l’article : Le microRNA.org ressource : cibles et expression. Betel D, Wilson M, Gabow A, Marks DS, Sander C., Nucleic Acids Res. 2008 Jan; 36 (Numéro de base de données): D149-53.
Il y a eu plusieurs corrections et simplifications mineures au code source de miRanda. Les modifications incluent :
1) Arguments de ligne de commande par défaut modifiés en -sc 140-go-9-ge-4-en 1 (pas de filtrage d’énergie);
2) Limite de longueur UTR supprimée;
3) Filtrage de chevauchement des sites cibles prévus resserré; nécessite un chevauchement dans la région de la graine pour filtrer; et
4) Décalages corrigés dans les lignes de sortie « score pour ce balayage » et la sortie -keyval.
Prédiction des sites cibles par miRanda
En raison du filtrage plus flexible des sites cibles prévus par l’interface du site Web, les fabricants ont utilisé un seuil de score d’alignement de 120 au lieu du seuil précédent de 140.
Par défaut, l’interface du site Web filtrera un grand nombre de ces sites à score inférieur, mais vous avez plusieurs critères qui peuvent être ajustés pour vous permettre de les visualiser.
Notation des sites cibles prédits par mirSVR
Les détails de la méthode de notation mirSVR peuvent être trouvés dans l’article: La modélisation complète des cibles de microARN prédit des sites fonctionnels non conservés et non canoniques. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Biologie du génome 2010 11: R90.
En bref, mirSVR est un « modèle de régression » qui calcule une somme pondérée d’un certain nombre de caractéristiques de séquence et de contexte du duplex miARN::ARNm prédit. Les caractéristiques sont largement divisées en trois (3) types:
1) Caractéristiques duplex qui comprend l’appariement de base au niveau de la région de la graine et l’extrémité 3 ‘ du miARN;
2) Caractéristiques de séquence qui comprennent une composition A / U près des sites cibles et l’accessibilité de la structure secondaire; et
3) Caractéristiques globales telles que la longueur de l’UTR, la position relative du site cible dans l’UTR et le score de conservation.
Les scores de régulation descendante mirSVR sont calibrés pour être corrélés linéairement à l’étendue de la régulation descendante et permettent donc de marquer avec précision des gènes avec plusieurs sites cibles par simple addition des scores cibles individuels.
De plus, les scores peuvent être interprétés comme une probabilité empirique de régulation à la baisse, ce qui fournit un guide significatif pour la sélection d’un seuil de score.
De plus, l’approche composite des alignements générés par miRanda et des scores mirSVR permet de prédire judicieusement des sites non canoniques (ceux avec un décalage ou un oscillation GU dans la région de la graine) sans gonfler le nombre de fausses prédictions.
La sortie d’août 2010 de microRNA.org inclut toutes les prédictions de sites cibles qui ont un site de semences 6-mer ou meilleur, ou un score mirSVR = -0.1.
MirSVR prend en compte la conservation lors du calcul d’un score, il n’y a donc plus de seuil prédéfini pour filtrer les sites cibles.
Cependant, les utilisateurs peuvent restreindre l’affichage de l’interface en utilisant la conservation comme critère. La détermination du score de conservation pour les sites cibles prévus est maintenant sensible aux sites qui s’étendent sur des jonctions intron.
La sortie d’août 2010 de microRNA.org contient:
1) 16,228,619 sites cibles de microARN prévus dans 34 911 3’UTR distincts à partir d’isoformes de 19 898 gènes humains.
2) 7 459 149 sites cibles de microARN prédits dans 28 287 3’UTR distincts à partir d’isoformes de 19 231 gènes de souris.
3) 586 068 sites cibles de microARN prédits dans 6 865 3’UTR distincts à partir d’isoformes de 6 256 gènes de rat.
4) 345 671 sites cibles de microARN prédits dans 12 285 3’UTR distincts à partir d’isoformes de 10 532 gènes de mouches des fruits.
5) 230 901 sites cibles de microARN prédits dans 12 228 3’UTR distincts à partir d’isoformes de 10 124 gènes de nématodes.
6) Sites cibles pour 1 100 microARN humains.
7) Sites cibles pour 717 microARN de souris.
8) Sites cibles pour 387 microARNs de rat.
9) Sites cibles pour 186 microARN de mouches des fruits.
10) Sites cibles pour 233 microARN nématodes.
Remarque : Les prédictions de cible de microARN et les données d’expression sont disponibles sous forme de fichiers délimités par des onglets. Voir l’onglet Téléchargements sur le microRNA.org site web.
Configuration système requise
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Fabricant
- Centre de biologie computationnelle (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 États-Unis
- Tél: +1 646 888 2602 ou +1 646 888 2606
- Télécopie: +1 646 422 0717 1275
Site Web du Fabricant microRNA.org site web
Prix Contact fabricant.
Numéro du résumé G6G 20748
Numéro du fabricant G6G 104331