Situé dans la zone de transition entre la steppe aride de la Patagonie argentine et les forêts tempérées de hêtres du sud de la Patagonie chilienne, le Parc Patagonie englobe un ensemble d’écosystèmes comprenant des Prairies, des forêts riveraines et des Zones humides.
Les prairies steppiques sèches de la Patagonie argentine se caractérisent par des précipitations minimales, des vents froids et secs et un sol sablonneux.Les montagnes Andines bloquent l’humidité qui s’écoule vers l’ouest, créant cette région aride.Un certain nombre de plantes ont su s’adapter à cet environnement hostile, notamment des arbustes comme le calafate, le quilembay et le yaoyín, et des graminées touffues comme la flechilla et le coirón poa. Ces prairies abritent des animaux robustes tels que la chevêche des terriers, le renard gris, le tuco-tuco, le mara, le tatou, diverses espèces d’aigles et de faucons et des prédateurs clés comme le puma.Une large gamme d’animaux prospèrent dans la périphérie plus habitable du désert et autour des lacs éphémères formés à partir du run des Andes, où des arbres et des herbes aqueuses plus nutritives peuvent pousser.
En se déplaçant vers l’ouest et en gravissant la pente verticale de la cordillère des Andes, la flore et la faune du parc changent considérablement.Le paysage commence à se transformer en forêts, qui se compose principalement de trois espèces de hêtres méridionaux (Nothofagus): lenga, ñire et coiue. Ici, les précipitations peuvent être très élevées, générant des forêts denses, pleines de nutriments provenant d’une litière de feuilles élevée. Ces forêts abritent 370 genres de plantes vasculaires, essentiels à la survie de la faune environnante.Parmi les mammifères importants figurent le cerf huemul, le puma, le renard roux et diverses espèces de chauves-souris en voie de disparition. Les forêts du Parque Patagonia contiennent également une grande diversité d’espèces d’oiseaux, notamment le condor des Andes, le pic de Magellan, le Canard à lunettes, le cygne à cou noir, la chouette pygmée, l’ibis à face noire, le flamant du Chili, le négrito austral, le vanneau austral et une gamme d’amphibiens et de reptiles.
Dans toute la Patagonie, le guanaco, un grand camélidé qui est un parent sauvage du lama, est le plus abondant herbivore.It se nourrit de 75% de toutes les espèces végétales de la steppe patagonienne.Le guanaco agit comme une espèce clé de voûte: il empêche la domination des espèces d’herbes, agit comme disperseur etfertilise, et a des taux de reproduction élevés, fournissant de la nourriture aux carnivores locaux, en particulier aux pumas.
Bien que le parc se trouve sur le côté est des Andes, ses ruisseaux et rivières alimentés par les glaciers se dirigent vers l’océan Pacifique.Leur eau bleu turquoise abrite d’importantes populations de poissons indigènes tels que la perche (Percichthys trucha), le pejerrey patagonico (Patagonina hatcheri) et le puyen. Le saumon atlantique, ainsi que la truite de ruisseau, la truite brune et la truite arc-en-ciel, ont été introduits dans la région.