Le brevet original qui est à la base du système d’analyse nCounter a été inventé et autorisé par l’Institute for Systems Biology. Le plan d’affaires a été écrit par Amber Ratcliffe et Aaron Coe et a remporté un financement de démarrage dans plusieurs concours de plans d’affaires. NanoString est issue de l’Institut de Biologie des systèmes et a été fondée en tant que société distincte en 2003 par Krassen Dimitrov, Amber Ratcliffe et Dwayne Dunaway.
En 2004, NanoString a levé son premier financement important dans un financement de série A de 4,3 millions de dollars. Depuis, ils ont levé plusieurs autres rondes de financement pour se développer dans le développement du diagnostic moléculaire. En 2011, NanoString Technologies avait levé près de 70 millions de dollars avec sa série D.
En 2009, Perry Fell qui était PDG depuis 2004, a quitté l’entreprise brusquement et sans explication officielle. Entre 2009 et 2010, la société a fonctionné avec un PDG par intérim, Wayne Burns. Brad Gray, un ancien cadre de Genzyme, a été embauché en tant que président et chef de la direction en 2010.
En juin 2010, l’entreprise n’était pas encore rentable. Dans une interview, Gray a suggéré que NanoString commencerait à développer des diagnostics cliniques. À partir de juillet 2012, NanoString a commencé à indiquer qu’elle allait devenir une entreprise publique en embauchant plusieurs cadres supérieurs ayant une expérience en entreprise publique. NanoString a reçu une désignation de marque CE pour la vente du test de signature génique pronostique du cancer du sein Prosigna (test de cancer du sein à base de PAM50) en Israël et dans l’UE en septembre 2012, et en septembre 2013, NanoString a reçu l’autorisation FDA 510 (k) pour Prosigna.
En 2013, l’introduction en bourse de la société a permis de lever 54 millions de dollars qui ont été utilisés pour étendre les efforts de vente et de marketing de NanoString. En conséquence, le chiffre d’affaires de NanoString a augmenté de 52% au cours de l’exercice 2014-2015.