AdvantagesEdit
Lorsque TopHat est sorti pour la première fois, il était plus rapide que les systèmes précédents. Il a cartographié plus de 2,2 millions de lectures par heure CPU. Cette vitesse a permis à l’utilisateur de traiter et d’expérimenter toute l’ARN-Seq en moins d’une journée, même sur un ordinateur de bureau standard. Tophat utilise Bowtie au début pour analyser les lectures, mais en fait plus pour analyser les lectures qui couvrent les jonctions exon-exon. Si vous utilisez TopHat pour les données ARN-Seq, vous obtiendrez plus de lecture alignée sur le génome de référence.
Un autre avantage pour TopHat est qu’il n’a pas besoin de s’appuyer sur des sites d’épissure connus lors de l’alignement des lectures sur un génome de référence.
Désavantagesedit
TopHat est dans une phase de maintenance et de support faible, et contient des bogues logiciels qui ont engendré un logiciel de post-traitement tiers à corriger. Il a été remplacé par HISAT2, qui est plus efficace et précis et fournit la même fonctionnalité de base (alignement épissé des lectures ARN-Seq).
Les protocoles plus récents sont plus efficaces maintenant, par rapport à TopHat tels que les boutons de manchette, STAR et limma.
