microRNA.org sito web
Categoria Cross-Omics> Knowledge Bases/Databases/Tools
Abstract The microRNA.org sito web è una risorsa completa (database) di previsioni di destinazione microRNA e profili di espressione.
Le previsioni target si basano su uno sviluppo dell’algoritmo miRanda che incorpora le attuali conoscenze biologiche sulle regole target e sull’uso di un compendio aggiornato di microRNA di mammiferi (vedi sotto…).
I siti target predetti da miRanda sono valutati per la probabilità di down-regulation dell’mRNA utilizzando mirSVR, un modello di regressione addestrato sulla sequenza e sulle caratteristiche contestuali del miRNA::mRNA duplex previsto (vedi sotto…)
I profili di espressione sono derivati da un progetto di sequenziamento completo di un ampio insieme di tessuti e linee cellulari di mammiferi di origine normale e malattia.
Questo sito web consente agli utenti di esplorare:
1) L’insieme di geni che sono potenzialmente regolati da un particolare microRNA.
2) La co-occorrenza di siti bersaglio previsti per più microRNA in un mRNA.
3) Profili di espressione di microRNA in vari tessuti di mammiferi.
Nuova versione di Miranda target prediction algorithm
Le predizioni target vengono eseguite utilizzando l’algoritmo miRanda che calcola la complementarità di sequenza ottimale tra un insieme di microRNA maturi e un dato mRNA utilizzando un algoritmo di programmazione dinamica ponderata.
Per ulteriori informazioni dettagliate sulle previsioni degli obiettivi, vedere il documento: microRNA.org risorsa: obiettivi ed espressione. Betel D, Wilson M, Gabow A, Marks DS, Sander C., Nucleic Acids Res. 2008 Jan; 36( Problema del database): D149-53.
Ci sono state diverse correzioni minori e semplificazioni al codice sorgente miRanda. Le modifiche includono:
1) Default argomenti della riga di comando alterato -sc 140 -go -9 -ge -4-it 1 (nessun consumo di filtraggio);
2) Limite UTR lunghezza rimosso;
3) Sovrapposizione di filtraggio del predetto siti di destinazione strette; richiede una sovrapposizione nella regione semi di filtro; e
4) Offset corretto in “il punteggio per questa scansione” linee di uscita e -keyval uscita.
Previsione dei siti di destinazione da parte di miRanda
A causa del filtraggio più flessibile dell’interfaccia del sito Web dei siti di destinazione previsti, i produttori hanno utilizzato una soglia di punteggio di allineamento di 120 anziché la soglia precedente di 140.
Per impostazione predefinita, l’interfaccia del sito filtrerà molti di questi siti con punteggio inferiore, ma hai diversi criteri che possono essere regolati per consentirti di visualizzarli.
Punteggio dei siti target previsti da mirSVR
I dettagli del metodo di punteggio mirSVR possono essere trovati nel documento: La modellazione completa dei target microRNA prevede siti funzionali non conservati e non canonici. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genome Biology 2010 11: R90.
In breve, mirSVR è un “modello di regressione” che calcola una somma ponderata di un numero di caratteristiche di sequenza e contesto del duplex miRNA::mRNA previsto. Le caratteristiche sono divise ampiamente in tre (3) tipi:
1) Caratteristiche duplex che include l’accoppiamento basso alla regione del seme e 3 ‘ estremità del miRNA;
2) Caratteristiche di sequenza che includono la composizione A / U vicino ai siti target e l’accessibilità della struttura secondaria; e
3) Caratteristiche globali come la lunghezza dell’UTR, la posizione relativa del sito target nell’UTR e il punteggio di conservazione.
I punteggi di down-regulation mirSVR sono calibrati per correlare linearmente con l’estensione della down-regulation e quindi consentire un punteggio accurato dei geni con più siti target mediante semplice aggiunta dei singoli punteggi target.
Inoltre, i punteggi possono essere interpretati come una probabilità empirica di down-regulation, che fornisce una guida significativa per la selezione di un taglio di punteggio.
Inoltre, l’approccio composito degli allineamenti generati da miRanda e dei punteggi mirSVR consente la previsione giudiziosa di siti non canonici (quelli con disallineamento o oscillazione GU nella regione del seme) senza gonfiare il numero di false previsioni.
Il rilascio di agosto 2010 di microRNA.org include tutte le previsioni del sito di destinazione che hanno un sito di semi 6-mer o migliore, o un punteggio mirSVR = -0.1.
MirSVR tiene conto della conservazione quando calcola un punteggio, quindi non esiste più alcun cutoff predefinito per filtrare i siti di destinazione.
Tuttavia, gli utenti sono in grado di limitare la visualizzazione dell’interfaccia utilizzando la conservazione come criterio. La determinazione del punteggio di conservazione per i siti target previsti è ora sensibile ai siti che coprono le giunzioni introniche.
Il rilascio di agosto 2010 di microRNA.org contiene:
1) 16,228,619 predetto siti bersaglio microRNA in 34.911 distinti 3 ‘ UTR da isoforme di 19.898 geni umani.
2) 7.459.149 siti bersaglio dei microRNA predetti in 28.287 3 ‘ UTR distinti dalle isoforme di 19.231 geni murini.
3) 586.068 siti bersaglio di microRNA predetti in 6.865 3 ‘ UTR distinti da isoforme di 6.256 geni di ratto.
4) 345.671 siti bersaglio dei microRNA predetti in 12.285 3 ‘ UTR distinti dalle isoforme di 10.532 geni della mosca della frutta.
5) 230.901 predetto siti bersaglio microRNA in 12.228 distinti 3 ‘ UTR da isoforme di 10.124 geni nematodi.
6) Siti target per 1.100 microRNA umani.
7) Siti di destinazione per 717 microRNA del mouse.
8) Siti bersaglio per 387 microRNA di ratto.
9) Siti di destinazione per 186 microRNA della mosca della frutta.
10) Siti bersaglio per 233 microRNA nematodi.
Nota: Le previsioni di destinazione microRNA e i dati di espressione sono disponibili come file delimitati da tabulazioni. Vedere la scheda Download sul microRNA.org sito web.
Requisiti di sistema
Contattare il produttore.
Produttore
- Biologia Computazionale Centro (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 USA
- Tel.: +1 646 888 2602 o +1 646 888 2606
- Fax: +1 646 422 0717 1275
Il Sito Web del produttore microRNA.org sito web
Prezzo Contattare il produttore.
G6G Numero astratto 20748
G6G Numero produttore 104331