Prima dello stato, le congregazioni battiste vicino a Natchez si organizzarono nel settembre 1807 in un’associazione alla Betel church di Bayou Sara, sebbene l’anno precedente alla Salem church sei chiese si fossero riunite per lo stesso scopo. La Mississippi Baptist Association ha adottato ‘articoli di fede & gospel order’, e pubblicato i loro atti gli anni successivi con molti riferimenti a Thomas Mercer e David Cooper.
Una seconda organizzazione seguita dal titolo della convenzione. La prima Convenzione battista del Mississippi durò solo cinque anni, dal febbraio 1824, quando si riunì per la prima volta alla chiesa di Bogue Chitto nella contea di Pike, al 1829, dopo aver incontrato così tanta resistenza che fu concordato che fosse sciolta nel 1828.
La seconda convenzione fu costituita il 23-4 dicembre 1836. Il suo primo presidente fu Ashley Vaughan e il suo primo corrispondente Sscretary S. S. Lattimore. Lattimore era ancora il suo presidente nel 1852. Il segretario corrispondente quell’anno era W. J. Denson, e il segretario di registrazione era J. T. Freman.
Nel 1857, la convenzione istituì un giornale, il Mississippi Baptist, con J. T. Freeman come direttore.
Nello stesso anno, la convenzione espresse il suo parere sull’abolizione della schiavitù, affermando che si trattava di un tentativo di “sminuire i privilegi sociali, civili e religiosi della popolazione schiava”. Le chiese battiste nello stato praticavano la segregazione da alcuni anni. Il Congresso aveva riferito nel 1938 ” che alcune poche delle nostre Chiese, e alcuni dei nostri amici metodisti, hanno adottato il piano di tenere adunanze separate per i neri; e che un tale corso è generalmente frequentato con un crescente interesse tra di loro”.
Le società femminili erano alcuni dei maggiori sostenitori finanziari della convenzione all’inizio del 19 ° secolo. Nel 1875, la convenzione riconobbe formalmente le organizzazioni femminili.