Il brevetto originale che è la base per il sistema di analisi nCounter è stato inventato e concesso in licenza dall’Institute for Systems Biology. Il business plan è stato scritto da Amber Ratcliffe e Aaron Coe e ha vinto il finanziamento di avviamento in più concorsi di business plan. NanoString è stato filata fuori dell’Istituto per la biologia dei sistemi e fondata come una società separata nel 2003 da Krassen Dimitrov, Amber Ratcliffe e Dwayne Dunaway.
Nel 2004, NanoString ha raccolto il suo primo finanziamento significativo in un finanziamento della serie A di $4.3 M. Da allora hanno sollevato diversi altri round di finanziamento per espandersi nello sviluppo della diagnostica molecolare. A partire dal 2011, NanoString Technologies aveva raccolto quasi $70M con la loro serie D.
Nel 2009, Perry Fell, che era stato CEO dal 2004, ha lasciato la società bruscamente e senza alcuna spiegazione ufficiale. Tra il 2009 e il 2010 la società ha operato con un amministratore delegato ad interim, Wayne Burns. Brad Gray, un ex dirigente di Genzyme, è stato assunto come presidente e CEO nel 2010.
A giugno 2010, la società non era ancora redditizia. In un’intervista, Gray ha suggerito che NanoString avrebbe iniziato a sviluppare la diagnostica clinica. A partire da luglio 2012, NanoString ha iniziato a indicare una mossa per diventare una società pubblica assumendo diversi dipendenti senior con esperienza di società pubblica. NanoString ha ricevuto una designazione con marchio CE per la vendita del test di firma prognostica del gene del cancro al seno Prosigna (PAM50-based breast cancer test) in Israele e nell’UE nel settembre 2012, e nel settembre 2013, NanoString ha ricevuto l’autorizzazione FDA 510(k) per Prosigna.
Nel 2013, l’IPO della società ha raccolto million 54 milioni che sono stati utilizzati per espandere le vendite e gli sforzi di marketing di NanoString. Di conseguenza, le entrate di NanoString sono aumentate del 52% nell’esercizio finanziario 2014-2015.