gruczoły i toksyny
gruczoły pajęczaków są zwykle charakterystyczne dla indywidualnych zamówień. U pająków jedwab jest przechowywany jako lepka ciecz w gruczołach jedwabnych, które znajdują się w jamie brzusznej. Liczba dysz przędzalniczych, przez które wytłaczany jest materiał gruczołowy, jest zmienna. Lepka ciecz, białko, przechodzi przez drobne rurki na końcach dysz przędzalniczych i zmienia się z ciekłej w stałą nić. Strukturalne przegrupowanie cząsteczek białka występuje, gdy jedwab jest pobierany z kropli jedwabiu. Jedwab pseudoscorpionów jest wytwarzany przez przędzalnicę umieszczoną na ruchomym rzucie chelicerae. Nieliczne roztocza wytwarzające jedwab mają gruczoły w okolicy ust.
substancje toksyczne są wydzielane przez specjalne gruczoły znajdujące się w chelicerach pająków, w pedipalpach fałszywych skorpionów i w gruczołach trujących skorpionów. Substancje te i ich działanie różnią się nawet w obrębie gatunków tego samego rzędu. Silnie zasadowa trucizna pająków jest znacznie mniej trująca dla ssaków niż dla stawonogów. Ukąszenia pająków z rodzajów Loxosceles (pustelnik brunatny) i Latrodectus (Czarna Wdowa) mogą powodować dyskomfort u ludzi, podczas gdy ukąszenia wdów mogą powodować poważne choroby. Jad większości skorpionów, wystarczająco toksyczny, aby zabić większość bezkręgowców, zwykle nie jest niebezpieczny dla ludzi. Jednak jadowity niektórych rodzajów skorpionów (Androctonus i Buthus z Afryki, różne gatunki Centruroides z Meksyku, Arizony i Nowego Meksyku) są wysoce toksycznymi truciznami nerwowymi. Toksyczność jadu pseudoskorpionów nie jest znana. Sparowane gruczoły znajdujące się w pobliżu odbytu skorpionów wydzielają określone kwasy (kwas mrówkowy i kwas octowy), które służą jako substancje drażniące i najwyraźniej są używane do obrony. Otwory parowanych gruczołów zapachowych znajdują się na głowotułach długoogonowych; po podrażnieniu zwierzęta te wydzielają płyn zawierający kwas cyjanowy, który prawdopodobnie służy do odpierania drapieżników.