Morgan fungerade som Ginsbergs personliga arkivist och bibliograf från början av 80-talet till författarens död från cancer 1997. Under deras 20-åriga professionella relation blev Morgan ganska nära Ginsberg och har skrivit mycket om Beat Generation och dess nyckeltal.
Bill Morgans intresse för Beats går tillbaka till början av 1970-talet, när han gick i skolan vid University of Pittsburgh. För sin magisteruppsats sammanställde han en bibliografi över verk av Lawrence Ferlinghetti, poet och ägare av City Lights Books, den berömda bokhandeln i San Francisco och en av de viktigaste förläggarna av de tidiga Beat-författarna, framför allt Allen Ginsberg. Efter att ha avslutat sin avhandling uppmuntrades Morgan av redaktörerna vid University of Pittsburgh Press att fortsätta detta projekt med sikte på eventuell publicering. Han fortsatte verkligen sin forskning och arbetade i nära samarbete med Ferlinghetti som sin personliga bibliograf, och efter ett decennium av forskning publicerade han Lawrence Ferlinghetti: A Comprehensive Bibliography (New York: Garland Publishing, 1982).
1980 hade Morgan flyttat till New York City. Medan han fortfarande arbetade med Ferlinghetti-boken hade San Francisco-poeten hänvisat honom till Allen Ginsberg, vars eget personliga bibliotek och arkiv var ovärderliga informationskällor om Beats. Tidiga samråd med poeten växte till ett bestående förhållande som varade från början av 1980-talet till Ginsbergs död 1997. Under dessa år tjänade Morgan som Ginsbergs arkivist och bibliograf och hjälpte poeten att organisera och underhålla sitt ständigt ökande bibliotek och register. Som Ginsbergs bibliograf tillbringade Morgan femton år med och besökte många förlag, redaktörer, forskare och bibliotekssamlingar för att samla tillräcklig information för att dokumentera historien om Ginsbergs fantastiska produktion och den globala uppmärksamhet den har dragit. Resultaten av hans forskning framkom i en bibliografi i två volymer: Allen Ginsbergs verk, 1941-1994: en beskrivande bibliografi och svaret på Allen Ginsberg, 1926-1994: en bibliografi över sekundära källor (Westport, Conn.: Greenwood Press, 1995, 1997). 2006 publicerade Morgan Jag firar mig själv: Allen Ginsbergs något privata liv (New York: Viking, 2006). Han följde det 2010 med skrivmaskinen är helig: den fullständiga, ocensurerade historien om Beat Generation (New York, NY: Free Press, 2010).
Morgan har också författat eller redigerat ett halvt dussin andra verk relaterade till Beats, inklusive samlingar av Ginsbergs uppsatser (avsiktlig prosa: utvalda uppsatser, 1952-1995, New York: Harpercollins, 2000), av poetens sista dikter (död & Fame: Poems, 1993-1997; samediterad med Bob Rosenthal och Peter Hale, New York: Harperflamingo, 1999), och av Gregory Corsos korrespondens (en oavsiktlig självbiografi: de utvalda bokstäverna i Gregory Corso, New York: New Directions, 2003). Genom stadsljus i San Francisco har han publicerat två guider, The Beat Generation i New York: En vandringstur i Jack Kerouacs Stad (1997) och Beat Generation i San Francisco: en litterär rundtur (2003). Den senare uppträdde under femtioårsjubileet av City Lights, som Morgan också bidrog med en serie gratis vandringsturer i North Beach-delen av San Francisco, en gång ett centrum för bohemiskt liv i staden och hem för många av Beats på 1950-och 1960-talet.
under sina decennier av forskning om Beats samlade Morgan kanske de största privata samlingarna av tryckta verk av och om Ferlinghetti och Ginsberg i privata händer. Han fann det allt svårare att behålla dessa två mycket stora och värdefulla samlingar i sin lägenhet i New York och bestämde sig motvilligt för att dela med dem. När han visste att Ferlinghetti var en UNC-Chapel Hill-alumn bestämde han sig hösten 2001 för att erbjuda sin samling av San Francisco-poeten till University of North Carolina i Chapel Hill libraries. Diskussioner med bibliotekets tjänstemän ledde till överföringen av samlingen till Chapel Hill i December samma år, delvis som försäljning och delvis som gåva. Nöjd med resultatet erbjöd Morgan sedan ett liknande arrangemang för sin ännu mer omfattande Allen Ginsberg-samling. Materialet levererades till Rare Book Collection i Wilson Library i augusti 2002.